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- PDB-4g59: Crystal structure of the murine cytomegalovirus MHC-I homolog m15... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g59
タイトルCrystal structure of the murine cytomegalovirus MHC-I homolog m152 with ligand RAE-1 gamma
要素
  • M152 protein
  • Retinoic acid early-inducible protein 1-gamma
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC-I Fold / Immunoevasion / Stress induced ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell lectin-like receptor binding / cellular response to exogenous dsRNA / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space ...natural killer cell lectin-like receptor binding / cellular response to exogenous dsRNA / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I-like protein M157, N-terminal domain / Immunoglobulin-like - #2920 / Retinoic acid early-inducible protein 1 / MHC class I-like protein M157 / Class I Histocompatibility antigen, NKG2D ligand, domains 1 and 2 / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 - #30 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : ...: / MHC class I-like protein M157, N-terminal domain / Immunoglobulin-like - #2920 / Retinoic acid early-inducible protein 1 / MHC class I-like protein M157 / Class I Histocompatibility antigen, NKG2D ligand, domains 1 and 2 / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 - #30 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid early-inducible protein 1-gamma / M152 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Wang, R. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis of mouse cytomegalovirus m152/gp40 interaction with RAE1gamma reveals a paradigm for MHC/MHC interaction in immune evasion.
著者: Wang, R. / Natarajan, K. / Revilleza, M.J. / Boyd, L.F. / Zhi, L. / Zhao, H. / Robinson, H. / Margulies, D.H.
履歴
登録2012年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid early-inducible protein 1-gamma
C: M152 protein
B: Retinoic acid early-inducible protein 1-gamma
D: M152 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7298
ポリマ－119,8444
非ポリマー8854
水1,35175
1
A: Retinoic acid early-inducible protein 1-gamma
C: M152 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3654
ポリマ－59,9222
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
2
B: Retinoic acid early-inducible protein 1-gamma
D: M152 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3654
ポリマ－59,9222
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.443, 99.800, 68.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid early-inducible protein 1-gamma / RAE-1-gamma


分子量: 23201.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Raet1c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O08604
#2: タンパク質 M152 protein


分子量: 36720.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: m152 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q83156
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG3350, 0.2M KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月29日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 47756 / Num. obs: 45215 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.44→2.54 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD entries 2O5N, 1JFM

2o5n

1jfm


解像度: 2.44→47.516 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 2240 4.95 %
Rwork0.201 --
obs0.2032 45208 94.22 %
all-47756 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→47.516 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6915 0 56 75 7046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2699672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2392647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.48950.2913950.27622220X-RAY DIFFRACTION78
2.4895-2.54740.29231240.2552470X-RAY DIFFRACTION86
2.5474-2.61110.32941220.25622509X-RAY DIFFRACTION89
2.6111-2.68170.28021550.24272556X-RAY DIFFRACTION91
2.6817-2.76060.30151210.23952635X-RAY DIFFRACTION92
2.7606-2.84970.32161550.23792641X-RAY DIFFRACTION94
2.8497-2.95160.27751330.24072723X-RAY DIFFRACTION96
2.9516-3.06970.3091360.25052715X-RAY DIFFRACTION96
3.0697-3.20940.2851500.23622764X-RAY DIFFRACTION97
3.2094-3.37860.26851390.21522761X-RAY DIFFRACTION97
3.3786-3.59020.28221570.21422784X-RAY DIFFRACTION98
3.5902-3.86730.22441430.19252818X-RAY DIFFRACTION99
3.8673-4.25620.22611480.16992818X-RAY DIFFRACTION99
4.2562-4.87160.18781520.15282823X-RAY DIFFRACTION99
4.8716-6.13560.221590.18222833X-RAY DIFFRACTION99
6.1356-47.5250.21011510.18412898X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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