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Yorodumi- PDB-5v84: CECR2 in complex with Cpd6 (6-allyl-N,2-dimethyl-7-oxo-N-(1-(1-ph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v84 | ||||||
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Title | CECR2 in complex with Cpd6 (6-allyl-N,2-dimethyl-7-oxo-N-(1-(1-phenylethyl)piperidin-4-yl)-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-4-carboxamide) | ||||||
Components | Cat eye syndrome critical region protein 2 | ||||||
Keywords | Transcription/Inhibitor / Bromodomain / SBDD / Transcription-Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CERF complex / neural fold formation / inner ear receptor cell stereocilium organization / cytoskeleton-dependent cytokinesis / apoptotic DNA fragmentation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / execution phase of apoptosis / cochlea development / single fertilization / vesicle-mediated transport ...CERF complex / neural fold formation / inner ear receptor cell stereocilium organization / cytoskeleton-dependent cytokinesis / apoptotic DNA fragmentation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / execution phase of apoptosis / cochlea development / single fertilization / vesicle-mediated transport / cytoskeleton organization / neural tube closure / euchromatin / chromatin remodeling / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Murray, J.M. / Kiefer, J.R. / Jayaran, H. / Bellon, S. / Boy, F. | ||||||
Citation | Journal: ACS Med Chem Lett / Year: 2017 Title: GNE-886: A Potent and Selective Inhibitor of the Cat Eye Syndrome Chromosome Region Candidate 2 Bromodomain (CECR2). Authors: Crawford, T.D. / Audia, J.E. / Bellon, S. / Burdick, D.J. / Bommi-Reddy, A. / Cote, A. / Cummings, R.T. / Duplessis, M. / Flynn, E.M. / Hewitt, M. / Huang, H.R. / Jayaram, H. / Jiang, Y. / ...Authors: Crawford, T.D. / Audia, J.E. / Bellon, S. / Burdick, D.J. / Bommi-Reddy, A. / Cote, A. / Cummings, R.T. / Duplessis, M. / Flynn, E.M. / Hewitt, M. / Huang, H.R. / Jayaram, H. / Jiang, Y. / Joshi, S. / Kiefer, J.R. / Murray, J. / Nasveschuk, C.G. / Neiss, A. / Pardo, E. / Romero, F.A. / Sandy, P. / Sims, R.J. / Tang, Y. / Taylor, A.M. / Tsui, V. / Wang, J. / Wang, S. / Wang, Y. / Xu, Z. / Zawadzke, L. / Zhu, X. / Albrecht, B.K. / Magnuson, S.R. / Cochran, A.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v84.cif.gz | 192.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v84.ent.gz | 154.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v84.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v84 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3nxbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16639.842 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 404-518 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CECR2, KIAA1740 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9BXF3 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-96V / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 / Details: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 1, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→43.81 Å / Num. obs: 21604 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 72.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NXB Resolution: 2.7→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.381 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.376 / SU Rfree Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.242
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Displacement parameters | Biso max: 174.89 Å2 / Biso mean: 84.34 Å2 / Biso min: 44.05 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→43.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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