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万見
- PDB-4g3b: Crystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3b
タイトルCrystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alpha4F3d
要素alpha4F3d
キーワードDE NOVO PROTEIN / alpha helix / de novo designed / fluorinated protein / coiled-coil
機能・相同性ACETYL GROUP
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Comparison of the structures and stabilities of coiled-coil proteins containing hexafluoroleucine and t-butylalanine provides insight into the stabilizing effects of highly fluorinated ...タイトル: Comparison of the structures and stabilities of coiled-coil proteins containing hexafluoroleucine and t-butylalanine provides insight into the stabilizing effects of highly fluorinated amino acid side-chains.
著者: Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha4F3d
B: alpha4F3d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1113
ポリマ－7,0672
非ポリマー441
水88349
1
A: alpha4F3d
B: alpha4F3d
ヘテロ分子

A: alpha4F3d
B: alpha4F3d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2226
ポリマ－14,1344
非ポリマー882
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.819, 39.251, 41.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operationsi: -x-1, -y, z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド alpha4F3d


分子量: 3533.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
#2: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 55% PEG400, 0.1M Tris pH 7.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 16392

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER1.6.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.19→11.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9355 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1872 831 5.07 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1782 16392 --
原子変位パラメータBiso max: 75.77 Å2 / Biso mean: 15.5709 Å2 / Biso min: 5.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5063 Å20 Å20 Å2
2--1.0122 Å20 Å2
3---0.494 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.127 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→11.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数482 0 3 49 534
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d193SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes18HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes68HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it520HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd12SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion46SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact575SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d520HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg717HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion12.4
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.27 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1587 161 5.64 %
Rwork0.1376 2696 -
all0.1388 2857 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3839-0.04670.15732.3805-1.37183.1191-0.00670.06660.0591-0.0726-0.0439-0.0590.00420.08840.0506-0.02560.0043-0.004-0.0330.0044-0.0044-8.0006-0.637214.9524
21.32240.3657-0.69921.2428-0.3644.1336-0.01590.0531-0.0121-0.0365-0.01830.01260.0946-0.01030.0342-0.02340.00440.0003-0.0278-0.0065-0.0005-14.8816-7.277817.494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|26 }A1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|26 }B1 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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