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- PDB-4g0r: Structural characterization of H-1 Parvovirus: comparison of infe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g0r
タイトルStructural characterization of H-1 Parvovirus: comparison of infectious virions to replication defective particles
要素
  • Capsid protein VP1
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
キーワードvirus/dna / Beta-barrel / ssDNA binding / ssDNA / icosahedral virus / virus / virus capsid protein / cell / virus-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種H-1 parvovirus (ウイルス)
H-1 PARVOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Halder, S. / Agbandje-McKenna, M. / Nam, H.-J. / Govindasamy, L. / Vogel, M. / Dinsart, C. / Salome, N. / McKenna, R.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural characterization of h-1 parvovirus: comparison of infectious virions to empty capsids.
著者: Halder, S. / Nam, H.J. / Govindasamy, L. / Vogel, M. / Dinsart, C. / Salome, N. / McKenna, R. / Agbandje-McKenna, M.
履歴
登録2012年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,03112
ポリマ－84,3452
非ポリマー68610
水2,360131
1
A: Capsid protein VP1
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,101,844720
ポリマ－5,060,713120
非ポリマー41,131600
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 425 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,15460
ポリマ－421,72610
非ポリマー3,42850
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 510 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,18472
ポリマ－506,07112
非ポリマー4,11360
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP1
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 5.1 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,101,844720
ポリマ－5,060,713120
非ポリマー41,131600
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)255.400, 350.400, 271.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.53702998, 0.31422001, 0.78285003), (-0.71579999, -0.66079003, -0.22579999), (0.44635001, -0.68163002, 0.57979)44.9926, 60.86179, -0.02758
3generate(0.30596, -0.25233001, 0.91799998), (-0.95156002, -0.05042, 0.30329001), (-0.03024, -0.96632999, -0.25554001)-17.84276, 40.11497, 86.7983
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22generate(-0.45225, -0.72189999, 0.52376002), (0.89153999, -0.34933999, 0.28830999), (-0.02517, 0.59733999, 0.80159003)57.10633, -76.28209, 15.01482
23generate(-0.53702998, -0.71579999, 0.44635001), (0.31423, -0.66079003, -0.68162), (0.78285003, -0.22579999, 0.57979)67.73991, 26.05963, -21.4642
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26generate(-0.46740001, 0.24998, 0.84797001), (0.24998, -0.88266999, 0.398), (0.84797001, 0.39798999, 0.35007)36.15557, -42.82709, -10.08345
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41generate(0.98269999, -0.13578001, 0.12597001), (-0.18395001, -0.79474998, 0.57839), (0.02158, -0.59154999, -0.80598003)-7.41285, -27.37906, 120.70518
42generate(0.53272998, 0.59647, -0.60035002), (-0.35561001, -0.48594999, -0.79837), (-0.76795, 0.63880002, -0.04677)70.34859, 76.62088, 119.67934
43generate(0.60799003, 0.60519999, -0.51388001), (0.60519999, -0.77222002, -0.19340999), (-0.51388001, -0.19340999, -0.83577001)59.70868, -25.47762, 156.82974
44generate(0.50331998, 0.74554002, 0.43685001), (-0.25972, 0.61269999, -0.74642003), (-0.82415003, 0.26223001, 0.50200999)2.1092, 67.0005, 86.16218
45generate(0.99339002, -0.02209, 0.11263), (-0.10004, 0.31446001, 0.94397998), (-0.05627, -0.94901001, 0.31018001)-7.19242, -57.43878, 50.21573
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47generate(0.52460003, 0.62559998, 0.57743001), (0.62559003, -0.74330002, 0.23694), (0.57743001, 0.23694, -0.78130001)-8.74899, -55.86823, 83.62868
48generate(0.99339002, -0.10003, -0.05627), (-0.02209, 0.31446999, -0.94901001), (0.11263, 0.94397998, 0.31018001)4.22509, 65.55832, 39.45545
49generate(0.57235003, 0.66456997, 0.48038), (0.68932998, -0.07266, -0.72079003), (-0.44411001, 0.74369001, -0.49969)-5.23058, 4.8119, 129.66624
50generate(-0.99708998, -0.00257, -0.07615), (-0.00256, -0.99773997, 0.06718), (-0.07615, 0.06718, 0.99483001)132.36584, -4.37772, 5.19989
51generate(0.57235003, 0.68932998, -0.44411001), (0.66456997, -0.07266, 0.74369001), (0.48038, -0.72079003, -0.49969)57.26312, -92.60579, 70.77505
52generate(0.42605999, -0.36285001, 0.82874), (0.68248999, -0.47242001, -0.55770999), (0.59388, 0.80321997, 0.04636)-19.45959, -5.77561, 26.63229
53generate(0.40083, -0.27728999, -0.87317997), (-0.19125, 0.90676999, -0.37575001), (0.89596999, 0.31760001, 0.31042999)97.19367, 37.5818, -10.46185
54generate(-0.37432, 0.92583001, 0.05209), (0.31265, 0.07312, 0.94704998), (0.87300003, 0.37079, -0.31683001)84.02524, -83.93491, 33.40279
55generate(-0.47178999, 0.30184001, -0.82844001), (-0.64213997, 0.52623999, 0.55743003), (0.60421002, 0.79496002, -0.05445)149.75621, 3.22372, 32.78895
56generate(0.30596, -0.95156002, -0.03024), (-0.25233001, -0.05042, -0.96632999), (0.91799998, 0.30329001, -0.25554001)46.25617, 81.39556, 26.39338
57generate(0.98269999, -0.18395001, 0.02159), (-0.13578001, -0.79474998, -0.59154999), (0.12597001, 0.57837999, -0.80598003)-0.35692, 48.63725, 114.05568
58generate(0.45056999, 0.67522001, -0.58401), (-0.89004999, 0.39052999, -0.23515999), (0.06929, 0.62575001, 0.77693999)74.47799, 72.5939, 10.66388
59generate(0.42605001, 0.68248999, 0.59388), (-0.36285001, -0.47242001, 0.80321997), (0.82874, -0.55769998, 0.04636)-3.58394, -31.18159, 11.67122
60generate(0.3669, -0.38404, -0.84728998), (-0.91927999, -0.01014, -0.39348), (0.14252, 0.92325997, -0.35676)97.6048, 85.15772, 82.63463
詳細T=1 symmetry

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / Coat protein VP1


分子量: 81341.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) H-1 parvovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P03136
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3003.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) H-1 PARVOVIRUS (ウイルス)

-
非ポリマー , 6種, 141分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DC / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 307.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P / コメント: dCMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS HAVE DEPOSITED THE CORRECT SEQUENCE IN THE GENBANK DATABASE ACCESSION CODE JX505432.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The reservoir solution contained 1-3% (w/v) polyethylene glycol 8000 (PEG 8000), 150 mM NaCl, and 8mM CaCl2.2H2O as precipitants in 10 mM Tris. The drops were prepared by mixing equivolume of ...詳細: The reservoir solution contained 1-3% (w/v) polyethylene glycol 8000 (PEG 8000), 150 mM NaCl, and 8mM CaCl2.2H2O as precipitants in 10 mM Tris. The drops were prepared by mixing equivolume of virus solution (10mg/ml) in Tris-HCl Buffer (10 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 8mM CaCl2.2H2O) with reservoir solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu Block
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 1210268 / Num. obs: 1127217 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.378 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 56289 4.3 %
Rwork0.216 --
obs--86.7 %
溶媒の処理Bsol: 29.2406 Å2
原子変位パラメータBiso max: 131.9 Å2 / Biso mean: 33.126 Å2 / Biso min: 14.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.118 Å2-0 Å21.62 Å2
2--1.979 Å2-0 Å2
3---1.139 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4375 194 40 131 4740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.365
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0362
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1642.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.80.311152820.319856510384780
2.8-2.910.289754530.291810164710710082.5
2.91-3.040.275454440.275110463311007784.7
3.04-3.20.262156960.259310612411182086.2
3.2-3.40.238757620.237310852811429087.9
3.4-3.660.225656880.22311004211573089.1
3.66-4.030.205457500.205911044511619589.4
4.03-4.620.1757770.170611203811781590.6
4.62-5.810.167858590.16911081911667889.6
5.81-500.191655780.189310808711366586.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る