PDB-4fyk: Crystal structure of rcl with 5'-phiosphorothioate-adenosine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fyk

タイトル

Crystal structure of rcl with 5'-phiosphorothioate-adenosine

要素

Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

キーワード

HYDROLASE / Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Labesse, G. / Padilla, A. / Kaminski, P.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the oncoprotein Rcl bound to three nucleotide analogues.
著者: Padilla, A. / Amiable, C. / Pochet, S. / Kaminski, P.A. / Labesse, G.

履歴

登録	2012年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fyk.cif.gz	238.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fyk.ent.gz	194.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fyk_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fyk_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4fyk_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	4fyk_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/4fyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fyhC 4fyiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kxn-2 2ckg-1 3gib-d 4kxn-1 4hab-2 2xre-3 4fyi-2 4kxl-1 7atu-3 1nqd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

B: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

C: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

D: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

ヘテロ分子

70.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

B: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

D: Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.380, 128.772, 57.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase / c-Myc-responsive protein Rcl 分子量: 17173.334 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 11-151 / 変異: D69N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rcl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O35820, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SRA / ADENOSINE -5'-THIO-MONOPHOSPHATE / アデノシン5′-チオりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 363.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆PS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→35.9 Å / Num. all: 61110 / Num. obs: 56650 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→35.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 5.58 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22172	2882	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19366	-	-	-
obs	0.1951	53716	92.42 %	-
all	-	61110	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→35.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3942	0	107	626	4675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.189	1.973	5738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.257	3.009	7061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.054	5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.535	22.622	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.389	15	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.88	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.244	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.559	1.5	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.132	1.5	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.04	2	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.487	3	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.382	4.5	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	141	-
R_work	0.264	2668	-
obs	-	-	63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4999	0.2313	-0.1733	0.2874	-0.0282	0.7428	0.0008	0.0137	-0.0011	-0.0655	0.0148	0.0047	-0.0078	0.0154	-0.0156	0.0664	-0.0239	0.0271	0.0182	-0.0195	0.0338	20.5424	16.1449	0.8556
2	0.1196	-0.0557	0.0173	0.5079	0.0115	0.7134	0.0333	0.0094	-0.0036	0.065	-0.0229	0.0212	-0.0056	0.0476	-0.0104	0.0484	-0.0246	0.0163	0.0295	-0.0189	0.0411	16.8369	16.5863	24.046
3	0.5393	0.1948	-0.1966	0.3294	0.0341	0.7443	0.0154	0.0179	-0.0291	-0.0494	0.0232	0.0306	-0.0259	0.0365	-0.0385	0.0569	-0.0235	0.0213	0.0259	-0.0177	0.0367	63.1696	80.9261	28.669
4	0.3327	-0.1862	-0.1422	0.4136	-0.007	0.7	0.0398	-0.035	0.0112	0.0379	-0.0184	0.0037	-0.0063	0.0787	-0.0214	0.0498	-0.0285	0.0121	0.0386	-0.0174	0.0319	59.71	81.3212	51.7682
5	0.1307	0.191	0.0805	0.2824	0.1197	0.0511	0.0028	0.0032	-0.0225	-0.0028	0.0078	-0.0252	-0.0059	0.0059	-0.0105	0.0637	-0.0424	0.0202	0.0292	-0.0197	0.044	39.0001	47.6947	24.3144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 148
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	10 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	201
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	301 - 472
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	301 - 465
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	301 - 457
12	X-RAY DIFFRACTION	5	D	301 - 432

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