+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fxj | ||||||
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Title | Structure of M2 pyruvate kinase in complex with phenylalanine | ||||||
Components | Pyruvate kinase isozymes M1/M2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TIM Barrel / Phenylalanine binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / protein tyrosine kinase activity / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / phosphorylation / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Walkinshaw, M.D. / Morgan, H.P. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: M2 pyruvate kinase provides a mechanism for nutrient sensing and regulation of cell proliferation. Authors: Morgan, H.P. / O'Reilly, F.J. / Wear, M.A. / O'Neill, J.R. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Hupp, T. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fxj.cif.gz | 720.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fxj.ent.gz | 601.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fxj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fxj_validation.pdf.gz | 494.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4fxj_full_validation.pdf.gz | 505.6 KB | Display | |
Data in XML | 4fxj_validation.xml.gz | 63.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4fxj_validation.cif.gz | 86.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4fxfC 3bjtS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 60164.203 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: codon_optimised / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: OIP3, PK2, PK3, PKM, PKM2, pyruvate Kinase M2 / Plasmid: pET28a_M2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 / References: UniProt: P14618, pyruvate kinase #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-PHE / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | H379N SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P14618 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 10-16% PEG 3350, 100 mM sodium Cacodylate, 50 mM MgCl2, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→80.7 Å / Num. obs: 44252 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 2.9 / Observed criterion σ(I): 2.9 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 50.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rsym value: 0.189 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.06 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 27597 / Rsym value: 0.7 / % possible all: 90 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BJT Resolution: 2.9→56.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 52.835 / SU ML: 0.442 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.545 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.122 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→56.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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