PDB-6gg5: Crystal structure of M2 PYK in complex with Tryptophan.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gg5

タイトル

Crystal structure of M2 PYK in complex with Tryptophan.

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / Glycolysis / Pyruvate Kinase Activity

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

McNae, I.W. / Yuan, M. / Walkinshaw, M.D.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: An allostatic mechanism for M2 pyruvate kinase as an amino-acid sensor.
著者: Yuan, M. / McNae, I.W. / Chen, Y. / Blackburn, E.A. / Wear, M.A. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Hupp, T. / Walkinshaw, M.D.

履歴

登録	2018年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gg5.cif.gz	695.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gg5.ent.gz	580.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/6gg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/6gg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gg3C 6gg4C 6gg6C 4fxjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gg4-d 4qg9-d 3qv9-1 4fxj-d 1ykj-2 4j3u-d 3khd-d 22389 6se9-1 4p6v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (14) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.880, 70.576, 168.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	23 - 531	43 - 551
2	1	PRO	PRO	B	B	23 - 531	43 - 551
1	2	VAL	VAL	A	A	23 - 530	43 - 550
2	2	VAL	VAL	C	C	23 - 530	43 - 550
1	3	VAL	VAL	A	A	23 - 530	43 - 550
2	3	VAL	VAL	D	D	23 - 530	43 - 550
1	4	VAL	VAL	B	B	23 - 530	43 - 550
2	4	VAL	VAL	C	C	23 - 530	43 - 550
1	5	VAL	VAL	B	B	23 - 530	43 - 550
2	5	VAL	VAL	D	D	23 - 530	43 - 550
1	6	PRO	PRO	C	C	23 - 531	43 - 551
2	6	PRO	PRO	D	D	23 - 531	43 - 551

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58 分子量: 60204.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10-16% PEG 3350, 100 mM sodium Cacodylate, 50 mM MgCl2, 100 mM KCl PH範囲: 7.2-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9174 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→72.54 Å / Num. obs: 36606 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3.2→3.283 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4fxj

4fxj

解像度: 3.2→72.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.847 / SU B: 68.313 / SU ML: 0.489 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.563 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26523	1769	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22836	-	-	-
obs	0.23016	34029	97.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.959 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.93 Å²	0 Å²	1.35 Å²
2-	-	-5.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→72.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14102	0	104	27	14233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	14468
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.972	19558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.957	3	32365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.21	5	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.025	23.465	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.608	15	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.401	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	15993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.216	2.599	7366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.216	2.599	7365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.237	3.895	9192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.237	3.895	9193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.708	2.677	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.708	2.677	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.397	4.005	10363
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.731	30.253	15494
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.731	30.253	15495
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	31578	0.05
1	2	B	31578	0.05
2	1	A	25670	0.05
2	2	C	25670	0.05
3	1	A	25738	0.04
3	2	D	25738	0.04
4	1	B	25902	0.05
4	2	C	25902	0.05
5	1	B	25966	0.04
5	2	D	25966	0.04
6	1	C	25932	0.05
6	2	D	25932	0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	149	-
R_work	0.342	2493	-
obs	-	-	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4082	-0.1395	0.2859	0.1055	-0.05	0.554	-0.002	0.0635	0.0433	-0.0065	-0.0166	0.0074	0.0471	0.1197	0.0185	0.4516	0.0683	0.012	0.6768	-0.002	0.0169	377.689	-76.59	205.753
2	0.2193	-0.2019	0.0534	0.4498	-0.1483	0.5335	-0.0457	-0.0185	-0.0708	-0.0056	0.0744	-0.0712	-0.0946	-0.1425	-0.0288	0.4143	0.0652	0.0482	0.6261	-0.0032	0.1016	318.749	-36.116	207.976
3	0.3733	-0.3795	-0.0394	0.4238	0.0431	0.6371	-0.0756	-0.0053	-0.0111	0.0114	0.0885	0.0139	0.0013	0.002	-0.0129	0.5007	0.0028	0.0119	0.5891	-0.0014	0.0018	337.028	-48.349	175.719
4	0.7388	-0.2705	-0.1216	0.5917	-0.182	0.4424	-0.0047	-0.084	-0.025	0.0446	0.0037	0.0307	-0.0172	0.0337	0.001	0.4642	0.0114	-0.0058	0.6138	0.0201	0.0026	347.748	-80.673	230.661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 605
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	23 - 605
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	23 - 531
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	23 - 531

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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