PDB-6gg6: Crystal structure of M2 PYK in complex with Serine.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gg6

タイトル

Crystal structure of M2 PYK in complex with Serine.

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / Glycolysis / Pyruvate Kinase Activity

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

McNae, I.W. / Yuan, M. / Walkinshaw, M.D.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: An allostatic mechanism for M2 pyruvate kinase as an amino-acid sensor.
著者: Yuan, M. / McNae, I.W. / Chen, Y. / Blackburn, E.A. / Wear, M.A. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Hupp, T. / Walkinshaw, M.D.

履歴

登録	2018年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gg6.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gg6.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/6gg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/6gg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gg3C 6gg4C 6gg5C 4fxjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bjf-d 1pkm-1 1a49-1 6wp4-1 3bjt-d 4yj5-d 2vgg-d 3srd-d 1a5u-1 4g1n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (14) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

E: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

484 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
242 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
242 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.350, 108.940, 124.340
Angle α, β, γ (deg.)	89.72, 71.13, 66.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 531 / Label seq-ID: 42 - 551

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58 分子量: 60204.250 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10-16% PEG 3350, 100 mM sodium Cacodylate, 50 mM MgCl2, 100 mM KCl PH範囲: 7.2-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.96→116.5 Å / Num. obs: 88052 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.96→3.04 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4fxj

4fxj

解像度: 2.96→116.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 55.781 / SU ML: 0.418 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.469 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25159	4203	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23603	-	-	-
obs	0.23677	82638	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0.27 Å²	0.3 Å²
2-	-	0.91 Å²	0.34 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.96→116.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31232	0	112	0	31344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	31888
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	30968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.163	1.975	43072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.887	3	71752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.329	5	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.316	23.78	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.413	15	5784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.052	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	35288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.003	7.866	16352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.003	7.866	16351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.577	11.798	20416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.577	11.798	20417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.471	8.013	15536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.471	8.013	15531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.712	11.965	22643
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.363	92.239	33961
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.363	92.238	33961
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	32074	0.01
1	2	B	32074	0.01
2	1	A	32064	0
2	2	C	32064	0
3	1	A	32066	0.01
3	2	D	32066	0.01
4	1	A	32024	0.01
4	2	E	32024	0.01
5	1	A	32044	0
5	2	F	32044	0
6	1	A	32074	0.01
6	2	G	32074	0.01
7	1	A	32030	0.01
7	2	H	32030	0.01
8	1	B	32052	0.01
8	2	C	32052	0.01
9	1	B	32048	0.01
9	2	D	32048	0.01
10	1	B	32046	0.01
10	2	E	32046	0.01
11	1	B	32046	0.01
11	2	F	32046	0.01
12	1	B	32056	0.01
12	2	G	32056	0.01
13	1	B	32058	0.01
13	2	H	32058	0.01
14	1	C	32026	0.01
14	2	D	32026	0.01
15	1	C	32042	0.01
15	2	E	32042	0.01
16	1	C	32068	0
16	2	F	32068	0
17	1	C	32062	0.01
17	2	G	32062	0.01
18	1	C	32042	0.01
18	2	H	32042	0.01
19	1	D	32012	0.01
19	2	E	32012	0.01
20	1	D	32016	0.01
20	2	F	32016	0.01
21	1	D	32052	0.01
21	2	G	32052	0.01
22	1	D	31998	0.01
22	2	H	31998	0.01
23	1	E	32014	0.01
23	2	F	32014	0.01
24	1	E	32038	0.01
24	2	G	32038	0.01
25	1	E	32044	0.01
25	2	H	32044	0.01
26	1	F	32032	0.01
26	2	G	32032	0.01
27	1	F	32034	0.01
27	2	H	32034	0.01
28	1	G	32040	0.01
28	2	H	32040	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.96→3.037 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	315	-
R_work	0.374	6087	-
obs	-	-	98.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3788	0.0676	0.0516	1.2176	0.0845	0.072	0.0471	0.1638	0.0844	-0.0021	-0.0764	0.066	0.0672	-0.035	0.0293	0.0789	-0.0184	-0.008	0.1367	-0.0188	0.1307	-100.488	-43.1545	-69.5897
2	0.6873	0.1653	-0.0339	1.4013	-0.2744	0.0547	0.1651	0.034	-0.0869	0.5176	-0.1742	0.0201	-0.0997	0.0352	0.0092	0.3278	-0.0941	-0.031	0.039	0.006	0.1004	-91.4424	-59.9895	-39.9465
3	0.6106	-0.0123	-0.2969	0.4914	-0.2093	0.2682	0.0607	-0.1763	0.0254	-0.0237	-0.0239	-0.0483	-0.0096	0.1129	-0.0368	0.0557	-0.0236	-0.0675	0.1342	-0.0283	0.1488	-45.7725	-22.4314	-42.8276
4	0.5551	0.0487	0.2295	0.3283	0.015	0.2575	0.0665	0.0161	0.2484	0.1182	-0.0094	0.1412	0.0587	0.0459	-0.0572	0.0702	-0.0092	0.0431	0.0243	-0.0388	0.3102	-72.3572	0.7527	-41.8659
5	0.4137	0.0904	0.1186	0.2841	0.1137	0.2038	0.0656	0.0089	0.0722	0.0644	-0.016	0.0933	-0.0078	0.0566	-0.0495	0.1501	-0.0676	0.0269	0.0462	-0.0312	0.1288	-161.9487	-40.5888	-101.5226
6	0.4352	0.1318	-0.2495	0.8567	-0.0858	0.2007	0.1266	-0.1243	-0.0618	0.021	-0.0925	-0.2018	-0.0397	0.0936	-0.0342	0.0837	-0.0641	-0.0591	0.1165	-0.0015	0.154	-135.4346	-63.6907	-100.1908
7	0.5018	0.5379	-0.0859	0.8929	-0.0915	0.0733	-0.1373	0.2236	0.0452	-0.0243	0.1647	0.0084	0.069	-0.0526	-0.0274	0.1177	-0.0953	-0.045	0.1786	-0.0415	0.1093	-188.4201	-85.9308	-128.6204
8	0.4794	0.3033	0.038	0.6269	-0.1557	0.1186	0.0424	0.0026	-0.0239	0.1409	-0.1031	-0.0193	0.0044	0.0216	0.0607	0.167	-0.0496	-0.009	0.0379	-0.0355	0.1644	-181.5521	-101.2484	-97.6547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 604
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	22 - 604
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	22 - 604
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	22 - 604
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	22 - 604
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	22 - 604
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	22 - 604
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	22 - 604

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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