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- PDB-1pkm: THE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CAT MUSCLE (M1) PYRUVA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pkm
タイトルTHE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CAT MUSCLE (M1) PYRUVATE KINASE, AT A RESOLUTION OF 2.6 ANGSTROMS
要素M1 PYRUVATE KINASE
キーワードKINASE / PYRUVATE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Allen, S.C. / Muirhead, H.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Refined three-dimensional structure of cat-muscle (M1) pyruvate kinase at a resolution of 2.6 A.
著者: Allen, S.C. / Muirhead, H.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992
タイトル: The Cooperative Binding of Fructose-1,6-Bisphosphate to Yeast Pyruvate Kinase
著者: Murcott, T.H.L. / Gutfreund, H. / Muirhead, H.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1986
タイトル: The Structure of Cat Muscle Pyruvate Kinase
著者: Muirhead, H. / Clayden, D.A. / Barford, D. / Lorimer, C.G. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Schiltz, E. / Schmitt, W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of Cat Muscle Pyruvate Kinase at a Resolution of 2.6 Angstroms
著者: Stuart, D.I. / Levine, M. / Muirhead, H. / Stammers, D.K.
履歴
登録1995年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET SHEET A IS AN EIGHT-STRANDED PARALLEL BETA-BARREL. SHEET B1 IS A SEVEN-STRANDED PREDOMINANTLY ...SHEET SHEET A IS AN EIGHT-STRANDED PARALLEL BETA-BARREL. SHEET B1 IS A SEVEN-STRANDED PREDOMINANTLY ANTI-PARALLEL BETA-BARREL. TO REPRESENT A BARREL, THE PDB REPEATS THE THE FIRST STRAND AS THE LAST STRAND. SHEET B2 IS FORMED FROM TWO SHORT ANTI-PARALLEL STRANDS. SHEET C IS A TWISTED PREDOMINANTLY PARALLEL FIVE-STRANDED SHEET.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M1 PYRUVATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9981
ポリマ－57,9981
非ポリマー00
水00
1
A: M1 PYRUVATE KINASE

A: M1 PYRUVATE KINASE

A: M1 PYRUVATE KINASE

A: M1 PYRUVATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,9914
ポリマ－231,9914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area16930 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area72120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.400, 115.300, 131.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 M1 PYRUVATE KINASE / PK


分子量: 57997.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Felis catus (イエネコ) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P11979, pyruvate kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: unknown / 詳細: Stammers, D.K., (1975) J. Mol. Biol., 95, 213.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113-17 mg/mlprotein11
250 %satammonium sulfate12
320 mMsodium phosphate12

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: FILM / 検出器: FILM / 日付: 1978年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 15441 / % possible obs: 74 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射
*PLUS
Num. obs: 15440 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
MOSCOデータ削減
3DSCALEデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.175 -
obs-15441
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3976 0 0 0 3976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 15440 / Rfactor obs: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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