+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fxf | ||||||
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Title | Structure of M2 pyruvate kinase in complex with phenylalanine | ||||||
Components | Pyruvate kinase isozymes M1/M2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TIM Barrel / ATP binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information programmed cell death / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...programmed cell death / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / collagen-containing extracellular matrix / protein tyrosine kinase activity / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / phosphorylation / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Walkinshaw, M.D. / Morgan, H.P. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: M2 pyruvate kinase provides a mechanism for nutrient sensing and regulation of cell proliferation. Authors: Morgan, H.P. / O'Reilly, F.J. / Wear, M.A. / O'Neill, J.R. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Hupp, T. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fxf.cif.gz | 764.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fxf.ent.gz | 634.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fxf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fxf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4fxjC 3bjtS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ADCB
#1: Protein | Mass: 60164.203 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: codon_optimised / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: OIP3, PK2, PK3, PKM, PKM2, pyruvate Kinase M2 / Plasmid: pET28a_M2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 / References: UniProt: P14618, pyruvate kinase #5: Sugar | ChemComp-FBP / |
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-Non-polymers , 5 types, 444 molecules
#2: Chemical | ChemComp-OXL / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | H379N SEQUENCE CONFLICT IN UNP ENTRY P14618 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 10-16% PEG 8000, 100 mM sodium Cacodylate, 50 mM MgCl2, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→66.09 Å / Num. obs: 79477 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2.55 / Observed criterion σ(I): 2.55 / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.62 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 36105 / Rsym value: 0.757 / % possible all: 93.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BJT Resolution: 2.55→51.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 22.711 / SU ML: 0.231 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.304 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.578 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→51.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.55→2.619 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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