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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fw4
タイトルCrystal Structure of the LpxC in complex with N-[(1S,2R)-2-HYDROXY-1-(HYDROXYCARBAMOYL)PROPYL]-4-(4-PHENYLBUTA-1,3-DIYN-1-YL)BENZAMIDE inhibitor
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3P3 / ACETATE ION / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the LpxC
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,72216
ポリマ－133,6764
非ポリマー2,04612
水7,116395
1
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8473
ポリマ－33,4191
非ポリマー4282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9394
ポリマ－33,4191
非ポリマー5203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9985
ポリマ－33,4191
非ポリマー5794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9394
ポリマ－33,4191
非ポリマー5203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.674, 89.332, 170.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / Protein envA / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 33418.875 Da / 分子数: 4 / 変異: C43S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: envA, lpxC, PA4406 / プラスミド: pMOCR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI
参照: UniProt: P47205, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 407分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-3P3 / N-[(1S,2R)-2-hydroxy-1-(hydroxycarbamoyl)propyl]-4-(4-phenylbuta-1,3-diyn-1-yl)benzamide / 4-(4-フェニルブタン-1,3-ジイン-1-イル)-N-[(2S,3R)-1-オキソ-1-(ヒドロキシアミノ)-3-(以下略)


分子量: 362.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 24-30% PEG8000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.9, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 55241 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.229 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.19-2.233.70.43827770.872199.9
2.23-2.273.70.4226930.889199.6
2.27-2.313.70.36127050.915199.7
2.31-2.363.70.31728010.956199.9
2.36-2.413.70.27927440.9441100
2.41-2.473.70.26127100.895199.7
2.47-2.533.70.24728010.9671100
2.53-2.63.80.21627470.9141100
2.6-2.673.80.18627150.984199.7
2.67-2.763.80.17328031.0291100
2.76-2.863.80.1527351.0551100
2.86-2.973.80.13228161.084199.9
2.97-3.113.80.11727031.106199.9
3.11-3.273.80.10527811.323199.9
3.27-3.483.80.09527571.6111100
3.48-3.743.80.09227661.993199.9
3.74-4.123.80.0827542.137199.9
4.12-4.723.80.06527751.918199.7
4.72-5.943.80.05328361.38199.9
5.94-503.70.04828221.504199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→43.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9393 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9244 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 2800 5.08 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 55119 99.84 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.95 Å2 / Biso mean: 33.8191 Å2 / Biso min: 13.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1021 Å20 Å21.1217 Å2
2--3.9007 Å20 Å2
3----3.7986 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.248 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→43.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9224 0 134 395 9753
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4884SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes236HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1500HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10874HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1268SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12385SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10874HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15624HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.64
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 199 4.86 %
Rwork0.1917 3893 -
all0.1946 4092 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30120.4738-0.02040.7653-0.41460.64040.0004-0.09080.10790.01320.00030.0187-0.0413-0.0299-0.00070.01440.03940.0609-0.06020.00320.0276-4.3379-4.588334.1936
20.30920.20891.06810.3178-0.39142.3062-0.0039-0.10160.03170.02130.0095-0.06560.0036-0.0027-0.0057-0.0186-0.01950.0129-0.0106-0.0307-0.02387.2681-9.949739.5132
30.03510.1062-0.04570.1064-0.01130.08580.0016-0.00740.0012-0.0021-0.0072-0.007-0.00250.01450.00560.0244-0.0122-0.07680.0194-0.0505-0.03219.1307-10.591443.6539
40.04830.3831-1.07530.4707-0.61760.31920.0266-0.03770.07010.05860.07360.0326-0.07320.0491-0.1001-0.0158-0.00570.0064-0.020.00330.0233-4.7537-9.869931.9933
50.78620.75580.38480.4402-0.37750.59770.00320.0170.03370.01470.01050.0128-0.02760.0056-0.01370.0399-0.03680.0258-0.08060.0340.02857.7146-2.010116.8627
60.3951-0.1020.66370.1203-0.10940.06410.00210.0079-0.00590.00020.0079-0.0075-0.00540.0269-0.0101-0.0047-0.0139-0.0012-0.0391-0.00170.032416.2709-23.487420.1652
70.57940.7826-0.22640.8613-0.01090.86570.02330.0694-0.1007-0.0476-0.005-0.01210.0041-0.0488-0.0183-0.01770.00240.0236-0.0460.00150.03992.5209-24.201215.9196
80.29230.03870.1390.4551-0.12560.05010.00180.0157-0.0034-0.0295-0.04190.0333-0.0075-0.05330.0401-0.04940.032-0.00910.00270.01750.0211-6.9427-20.800423.157
90.2852-2.01550.3321.6825-0.71652.2757-0.0138-0.036-0.04240.03980.02020.02190.0587-0.0297-0.0064-0.0133-0.04440.0263-0.03690.0320.0257-4.98-33.011935.8508
100.55460.027-0.37620.45580.29931.24720.0072-0.0046-0.0287-0.09490.0013-0.0063-0.0402-0.0253-0.0085-0.02940.00850.0091-0.02010.0079-0.00332.4539-19.352321.8445
110.034-0.010.24830.1128-0.11050.04140.0023-0.0051-0.0045-0.00720.0107-0.0148-0.01630.007-0.013-0.0556-0.02570.0490.01440.00290.048318.1033-11.132621.9139
120.6493-0.13940.87310.5355-0.25930.0016-0.00240.0160.0194-0.02940.01110.0143-0.002-0.0426-0.00870.0014-0.03280.0477-0.02760.04190.01672.1565-0.542913.7842
130.4256-0.2213-0.53060.81030.06610.31520.01170.0747-0.11040.01290.00460.00040.0554-0.0341-0.01630.0009-0.0321-0.0509-0.05330.00120.0197-4.3299-69.761451.142
140.087-1.189-0.35820.7949-0.13330.6803-0.00540.0499-0.0072-0.0168-0.0019-0.03930.0338-0.01120.0074-0.0029-0.00030.00790.0011-0.0588-0.00916.7671-67.482444.5546
150.99110.26651.23850.6102-0.39490.80450.0240.0762-0.066-0.07030.03740.0630.03930.0719-0.0614-0.01130.00690.0015-0.0336-0.0148-0.0103-1.0475-63.189751.3153
160.7837-1.2270.01260.51-0.2390.78590.0034-0.022-0.0376-0.00320.0150.02240.01920.0028-0.01830.01990.0252-0.0208-0.06610.01150.02767.8702-72.27468.8361
170.35670.3519-0.59980.0595-0.04280.3380.00250.00210.00970.00920.004-0.00950.00510.0138-0.00660.0201-0.0160.0124-0.0387-0.00640.022316.2507-50.915665.2083
180.9294-0.9114-0.32321.0020.52240.5710.0123-0.06420.09110.0581-0.00650.00350.0038-0.0462-0.0058-0.0237-0.0148-0.0324-0.01190.00970.0052.1391-49.853769.3267
190.52380.2868-0.32670.3845-0.00960.00150.0032-0.0206-0.02140.0178-0.03210.0344-0.0065-0.05410.0288-0.0595-0.03820.01810.01680.01780.0142-6.9606-53.539262.1678
200.0464-0.16470.020.5147-0.76320.7204-0.0030.0053-0.0015-0.01930.0042-0.0040.0169-0.0023-0.00120.0395-0.00550.0226-0.00330.0381-0.00081.6871-40.322744.8328
210.14031.0043-0.3740.7475-0.38381.41340.02490.00840.029-0.0304-0.02370.0035-0.0479-0.058-0.0012-0.02250.0458-0.0039-0.03610.00720.0116-9.1717-42.833453.6296
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310.6022-0.2893-0.58360.0715-0.14010.18930.00120.02060.00960.0001-0.0118-0.0104-0.01780.03260.0106-0.0165-0.00560.01220.0844-0.0299-0.06851.5659-58.93183.3294
320.5878-0.26240.28680.001-0.44851.8163-0.01140.044-0.0253-0.0062-0.0173-0.015-0.0173-0.01710.02870.012-0.00220.0604-0.02190.0164-0.0232-11.049-61.2481-0.5774
331.09740.54381.08720.0602-1.22630.9219-0.00730.03380.0164-0.0326-0.00660.0215-0.069-0.08110.0138-0.05980.0292-0.00050.0112-0.0241-0.0075-20.9229-59.57093.4615
340.15630.3167-0.23040.99571.15530.15480.00590.0292-0.0424-0.0055-0.0008-0.03850.06610.0118-0.00510.0856-0.089-0.0377-0.0495-0.025-0.0171-18.7405-81.25094.5672
350.4644-0.3843-0.33330.6082-0.14591.9769-0.0054-0.0009-0.0444-0.01750.00570.0129-0.06970.0541-0.0003-0.0471-0.01190.0199-0.02860.0108-0.0336-10.8113-61.69317.2792
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390.01370.1023-0.23860.95150.85870.4803-0.00370.01010.0301-0.03490.00460.0123-0.01970.027-0.00090.05220.0383-0.00180.02010.0614-0.0854-8.8776-4.992357.0671
400.8879-0.0840.23150.672-0.07540.0888-0.00520.00390.0050.00350.00770-0.01560.013-0.00240.03990.01140.0227-0.03580.01470.0179-6.0323-1.680266.3932
410.88210.11620.61820.04490.84091.88760.00950.0576-0.0261-0.0553-0.03880.1036-0.1118-0.04310.0294-0.03120.0575-0.01230.01540.0252-0.0343-19.196-9.216365.0346
420.3048-0.1293-0.37340.2681-0.36070.3711-0.0123-0.0083-0.0248-0.02030.0154-0.02210.04460.0123-0.00310.03940.0792-0.006-0.0179-0.0129-0.0437-8.6438-26.817767.1921
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451.0733-1.0421-1.14280.00190.44651.84270.0046-0.01990.00250.02540.00540.00580.0363-0.0957-0.01-0.045-0.001-0.0048-0.0319-0.02240.0138-20.8672-11.596480.3494
460.08640.15330.03260.13810.06780-0.0012-0.00530.0104-0.00210.0006-0.0003-0.0066-0.00360.00060.0251-0.04860.0025-0.02310.01970.0142-13.447910.667677.8041
471.2389-0.306-0.23381.19460.24052.63020.0036-0.06450.0170.04710.0006-0.0242-0.0831-0.0152-0.0043-0.0676-0.0001-0.0121-0.04660.0056-0.0633-12.7922-9.944178.521
480.14830.1799-0.23370.13620.88020.053-0.0029-0.0126-0.0025-0.01420.00470.00660.0018-0.0286-0.00180.02090.02580.003-0.00580.0031-0.0084-15.0875-31.638268.2016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|0 - 38}A0 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2{A|39 - 67}A39 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3{A|68 - 73}A68 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4{A|74 - 120}A74 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5{A|121 - 134}A121 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6{A|135 - 144}A135 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7{A|145 - 178}A145 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8{A|179 - 193}A179 - 193
9X-RAY DIFFRACTION9{A|194 - 226}A194 - 226
10X-RAY DIFFRACTION10{A|227 - 268}A227 - 268
11X-RAY DIFFRACTION11{A|269 - 280}A269 - 280
12X-RAY DIFFRACTION12{A|281 - 299}A281 - 299
13X-RAY DIFFRACTION13{B|0 - 38}B0 - 38
14X-RAY DIFFRACTION14{B|39 - 59}B39 - 59
15X-RAY DIFFRACTION15{B|60 - 120}B60 - 120
16X-RAY DIFFRACTION16{B|121 - 134}B121 - 134
17X-RAY DIFFRACTION17{B|135 - 144}B135 - 144
18X-RAY DIFFRACTION18{B|145 - 178}B145 - 178
19X-RAY DIFFRACTION19{B|179 - 193}B179 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20{B|194 - 204}B194 - 204
21X-RAY DIFFRACTION21{B|205 - 230}B205 - 230
22X-RAY DIFFRACTION22{B|231 - 253}B231 - 253
23X-RAY DIFFRACTION23{B|254 - 286}B254 - 286
24X-RAY DIFFRACTION24{B|287 - 299}B287 - 299
25X-RAY DIFFRACTION25{C|-2 - 10}C-2 - 10
26X-RAY DIFFRACTION26{C|11 - 45}C11 - 45
27X-RAY DIFFRACTION27{C|46 - 59}C46 - 59
28X-RAY DIFFRACTION28{C|60 - 70}C60 - 70
29X-RAY DIFFRACTION29{C|71 - 114}C71 - 114
30X-RAY DIFFRACTION30{C|115 - 131}C115 - 131
31X-RAY DIFFRACTION31{C|132 - 143}C132 - 143
32X-RAY DIFFRACTION32{C|144 - 167}C144 - 167
33X-RAY DIFFRACTION33{C|168 - 191}C168 - 191
34X-RAY DIFFRACTION34{C|192 - 221}C192 - 221
35X-RAY DIFFRACTION35{C|222 - 280}C222 - 280
36X-RAY DIFFRACTION36{C|281 - 299}C281 - 299
37X-RAY DIFFRACTION37{D|-2 - 10}D-2 - 10
38X-RAY DIFFRACTION38{D|11 - 39}D11 - 39
39X-RAY DIFFRACTION39{D|40 - 59}D40 - 59
40X-RAY DIFFRACTION40{D|60 - 70}D60 - 70
41X-RAY DIFFRACTION41{D|71 - 119}D71 - 119
42X-RAY DIFFRACTION42{D|120 - 134}D120 - 134
43X-RAY DIFFRACTION43{D|135 - 145}D135 - 145
44X-RAY DIFFRACTION44{D|146 - 173}D146 - 173
45X-RAY DIFFRACTION45{D|174 - 195}D174 - 195
46X-RAY DIFFRACTION46{D|196 - 205}D196 - 205
47X-RAY DIFFRACTION47{D|206 - 282}D206 - 282
48X-RAY DIFFRACTION48{D|283 - 299}D283 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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