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- PDB-4fqx: Crystal structure of HLA-DM bound to HLA-DR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fqx
タイトルCrystal structure of HLA-DM bound to HLA-DR1
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 4
  • Synthetic peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune complex / peptide loading / peptide editing / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / autolysosome membrane / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / autolysosome membrane / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / CD4 receptor binding / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / detection of bacterium / negative regulation of T cell proliferation / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / cognition / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / cell surface / signal transduction / : / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Sethi, D.K. / Pos, W. / Wucherpfennig, K.W.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the HLA-DM-HLA-DR1 Complex Defines Mechanisms for Rapid Peptide Selection.
著者: Pos, W. / Sethi, D.K. / Call, M.J. / Schulze, M.S. / Anders, A.K. / Pyrdol, J. / Wucherpfennig, K.W.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
E: Synthetic peptide
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7046
ポリマ－92,2805
非ポリマー4241
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14950 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area34790 Å2
手法PISA
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2262
ポリマ－45,2262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
3
E: Synthetic peptide
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4784
ポリマ－47,0543
非ポリマー4241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.190, 121.649, 138.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, ... , 4種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain / MHC class II antigen DMA / Really interesting new gene 6 protein


分子量: 22992.891 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: DM alpha chain, DMA, HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, HLA-DMA, RING6
プラスミド: pEE14.1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: P28067
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain / MHC class II antigen DMB / Really interesting new gene 7 protein


分子量: 22233.170 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 19-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: DM beta chain, DMB, HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, HLA-DMB, RING7
プラスミド: pEE14.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: P28068
#4: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 22111.936 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 26-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HLA-DR1 alpha chain, HLA-DRA, HLA-DRA1, MHC CLASS II MOLECULE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01903
#5: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class II antigen DRB1*1 / DR-1 / DR1


分子量: 23735.449 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 30-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: beta chain, HLA-DR1, HLA-DRB1, MHC CLASS II MOLECULE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 126分子 E

#3: タンパク質・ペプチド Synthetic peptide


分子量: 1206.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 34280 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.693.30.533195
2.69-2.83.40.387198.8
2.8-2.933.50.252198.6
2.93-3.083.50.178198.5
3.08-3.283.50.113198
3.28-3.533.40.071198.3
3.53-3.883.50.053197.6
3.88-4.453.40.041197.3
4.45-5.63.40.043196.5
5.6-503.30.034194.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.599→36.141 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1742 5.1 %
Rwork0.194 --
obs0.1964 34135 97.06 %
all-34135 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.9118 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.599→36.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6044 0 28 124 6196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1888530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9572252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5991-2.67560.3241240.26392509X-RAY DIFFRACTION92
2.6756-2.76190.33121540.2632691X-RAY DIFFRACTION98
2.7619-2.86060.33941540.26192674X-RAY DIFFRACTION99
2.8606-2.97510.33291420.26112712X-RAY DIFFRACTION98
2.9751-3.11040.3031440.25492700X-RAY DIFFRACTION98
3.1104-3.27430.28161440.23352714X-RAY DIFFRACTION98
3.2743-3.47930.25441390.20982748X-RAY DIFFRACTION98
3.4793-3.74770.24271400.19112696X-RAY DIFFRACTION98
3.7477-4.12430.24471420.17892720X-RAY DIFFRACTION98
4.1243-4.720.17971500.14552707X-RAY DIFFRACTION97
4.72-5.94240.19461660.15412717X-RAY DIFFRACTION96
5.9424-36.14480.21391430.18552805X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30780.2333-0.05880.2424-0.16370.4352-0.38990.14040.27820.0321-0.279-0.2093-0.9460.5463-0.3460.7234-0.6064-0.28110.39160.19570.5557-7.628.4382-12.9916
20.0175-0.0025-0.01240.00520.0055-0.00190.05510.1532-0.0389-0.01940.01520.02120.02910.10590.00260.4759-0.27020.07150.98780.02770.94460.2837-7.8231-27.2399
30.1097-0.07180.08040.07350.02240.3766-0.16940.26420.16870.027-0.1123-0.2596-0.49560.2481-0.20860.4184-0.136-0.00550.53260.1140.4144-9.6157-4.9859-23.9651
40.31370.103-0.20640.4312-0.2320.2542-0.33480.1020.25630.1428-0.06850.0595-0.8394-0.2896-0.16591.19660.0147-0.36210.10940.11290.538-20.152714.2929-13.2402
50.032-0.0496-0.03370.04530.04030.02090.1294-0.0058-0.0485-0.1113-0.20380.2393-0.24450.0920.00020.6531-0.0558-0.1470.46770.10890.5298-27.46933.6563-30.9583
60.5788-0.1952-0.44180.08370.15190.323-0.39240.3025-0.0355-0.0293-0.3865-0.0619-0.2515-0.5354-0.1850.9649-0.1889-0.28590.44450.19940.4366-30.662.0788-43.6638
70.00430.00010.00620.0149-0.00360.00750.187-0.05320.1357-0.0193-0.0328-0.0876-0.0283-0.09110.00060.5087-0.0387-0.03010.5078-0.10080.647-26.6457-11.648123.1359
80.0019-0.01240.00860.0434-0.0140.0886-0.1127-0.10490.0480.1202-0.0153-0.0043-0.26840.046700.2640.0074-0.02690.34350.00410.3424-23.3604-12.22092.4233
90.06910.0026-0.02280.02670.0180.02310.0491-0.14710.16050.0017-0.02320.1635-0.4029-0.0065-00.47030.0051-0.0550.4307-0.01490.3632-21.8755-9.408310.2287
100.17970.0538-0.01530.02990.03650.0451-0.0770.1986-0.0386-0.0425-0.0376-0.00870.06640.02860.00010.31180.0024-0.00580.34160.01540.3466-21.0661-26.934-6.9073
110.0606-0.06130.04320.0625-0.01160.06710.10080.2278-0.0013-0.0189-0.05550.0935-0.1125-0.102600.2496-0.0086-0.00910.33370.01320.3221-17.3665-22.5874-8.1483
120.07220.00570.02650.10590.00530.0129-0.07530.0891-0.19770.0752-0.1009-0.00540.30190.1355-0.00030.41120.0650.00690.42410.02450.4473-13.8362-31.3782-13.7832
130.0169-0.0218-0.01180.004-0.05110.04380.1264-0.00540.1471-0.1808-0.0320.06340.0864-0.11380.00030.21980.0607-0.02770.39270.04520.2835-21.041-25.036710.7711
140.13720.11840.06470.19890.03840.14190.1022-0.05360.19290.1788-0.0567-0.0772-0.1003-0.38490.00410.26530.13860.01880.4028-0.00150.3886-37.7612-12.481714.4692
150.26950.1834-0.16930.1374-0.11810.1088-0.14170.2438-0.0714-0.2025-0.0448-0.02760.0042-0.0974-0.01180.26240.0616-0.00350.22740.11270.5071-34.017-4.6354-12.0245
160.06790.00890.01740.082-0.07360.0611-0.2140.16020.11410.01030.16410.0296-0.1654-0.046600.254-0.0666-0.02570.30790.00850.2637-38.4544-23.537-26.0701
170.129-0.0556-0.08540.1088-0.04540.0781-0.0297-0.04190.0473-0.27840.0948-0.18560.08530.064400.4172-0.0449-0.00520.3090.0170.3803-33.9992-24.8818-23.477
180.0103-0.00040.03250.0415-0.02510.0386-0.18420.44430.1161-0.2934-0.04450.13030.0918-0.099200.4012-0.0083-0.04980.47360.06560.4154-39.5034-17.5744-30.1457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 15:137 )C15 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 138:147 )C138 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 148:200 )C148 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 3:133 )D3 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND RESID 134:157 )D134 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 158:193 )D158 - 193
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 87:93 )E87 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 2:45 )A2 - 45
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 46:76 )A46 - 76
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 77:101 )A77 - 101
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 102:154 )A102 - 154
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 155:181 )A155 - 181
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID -5:17 )B-5 - 17
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 18:84 )B18 - 84
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 85:97 )B85 - 97
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 98:144 )B98 - 144
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 145:170 )B145 - 170
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 171:190 )B171 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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