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万見
- PDB-4k8z: KOD Polymerase in binary complex with dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k8z
タイトルKOD Polymerase in binary complex with dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*(2DA))-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / intein-mediated protein splicing / exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / endonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / LAGLIDADG-like domain / Intein / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / Homing endonuclease, LAGLIDADG / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain ...DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / LAGLIDADG-like domain / Intein / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / Homing endonuclease, LAGLIDADG / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Homing endonuclease / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Bergen, K. / Betz, K. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Structures of KOD and 9N DNA Polymerases Complexed with Primer Template Duplex
著者: Bergen, K. / Betz, K. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.classification
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.02026年8月12日Group: Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / pdbx_nonpoly_atom_coordination ...chem_comp / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order
Item: _chem_comp.formula / 解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*(2DA))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9257
ポリマ－98,6153
非ポリマー3104
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area36330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.870, 111.780, 67.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 90060.461 Da / 分子数: 1 / 変異: D141A, E143A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: pol, pol TK0001, TK0001 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P77933, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*(2DA))-3')


分子量: 3656.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Template

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非ポリマー , 4種, 371分子

#4: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50mM Na-Cacodylate, 20mM MgCl2, 1mM Cobalt(III)-hexamminechloride, 1mM Spermine, 20%v/v 2-propanol, , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月28日
詳細: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→49.324 Å / Num. all: 49885 / Num. obs: 49755 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.81 / 冗長度: 16.15 % / Biso Wilson estimate: 43.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 16.65
反射 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / 冗長度: 13.16 % / Rmerge(I) obs: 1.888 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique all: 3506 / Rsym value: 1.965 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1243)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WNS

1wns


解像度: 2.29→45.05 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.838 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 2516 5.06 %random
Rwork0.1807 ---
all0.1827 49755 --
obs0.1827 49743 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.07 Å2 / Biso mean: 46.8922 Å2 / Biso min: 20.67 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→45.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6209 529 16 367 7121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.729520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2542703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031129
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2895-2.33350.36231350.3126248296
2.3335-2.38120.33361350.26182574100
2.3812-2.43290.26921320.22992607100
2.4329-2.48950.24461340.22032601100
2.4895-2.55180.26591490.21442561100
2.5518-2.62080.26231200.20742619100
2.6208-2.69790.26621440.20952610100
2.6979-2.7850.2571500.20782607100
2.785-2.88450.25291380.20282575100
2.8845-2.99990.2391320.2032630100
2.9999-3.13640.23281270.20422628100
3.1364-3.30180.25061490.19822616100
3.3018-3.50860.27471450.18652622100
3.5086-3.77930.22711440.1752639100
3.7793-4.15940.17921300.15822671100
4.1594-4.76070.17421530.1392652100
4.7607-5.99580.1941510.16052691100
5.9958-45.05890.16961480.16112842100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3080.3547-0.3812.56410.94862.9648-0.20710.2456-0.0508-0.5490.1192-0.3131-0.0962-0.01290.08850.3257-0.04170.03510.23640.04420.257182.603433.9534-1.6092
22.8674-0.7566-1.18514.00691.06182.86580.08760.06480.0434-0.2638-0.13240.1097-0.2929-0.26140.04440.24810.0374-0.04840.22630.00770.1672171.616349.567123.9651
30.54680.22610.11661.4185-0.3985-0.017-0.0066-0.0316-0.1320.01390.0045-0.10530.1046-0.0321-0.00620.28070.02430.05350.254-0.00410.2775170.926815.457115.2712
41.3779-0.8886-0.03583.7472-0.18271.0882-0.1147-0.33710.1320.34240.10030.2017-0.1712-0.07490.0070.2376-0.00840.00110.3653-0.06850.348148.761922.169931.826
57.9458-3.2151-0.4752.92740.91862.8478-0.21840.338-0.2042-0.47860.02060.5609-0.1466-0.39840.14750.3534-0.0414-0.04210.2729-0.07360.5137145.269122.903415.0004
67.3534-0.1354-1.64651.1833-0.73643.7205-0.06260.9853-0.8696-0.45910.20380.5836-0.1128-0.3518-0.1720.37860.0552-0.07030.3511-0.10030.6634141.238422.928516.3368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:156)A1 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 157:304)A157 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 305:532)A305 - 532
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 533:756)A533 - 756
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resseq 3:16)T3 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resseq 1:11)P1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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