+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k8z | ||||||
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Title | KOD Polymerase in binary complex with dsDNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information intron homing / intein-mediated protein splicing / exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | ||||||
Authors | Bergen, K. / Betz, K. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A. | ||||||
Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2013 Title: Structures of KOD and 9N DNA Polymerases Complexed with Primer Template Duplex Authors: Bergen, K. / Betz, K. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4k8z.cif.gz | 363.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4k8z.ent.gz | 289.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4k8z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/4k8z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4k8xC 1wnsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 90060.461 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D141A, E143A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus kodakarensis (archaea) / Strain: KOD1 / Gene: pol, pol TK0001, TK0001 / Plasmid: pET24a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-DE3 / References: UniProt: P77933, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules TP
#2: DNA chain | Mass: 4898.191 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Primer |
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#3: DNA chain | Mass: 3656.406 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA Template |
-Non-polymers , 4 types, 371 molecules
#4: Chemical | ChemComp-NCO / | ||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 3 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 50mM Na-Cacodylate, 20mM MgCl2, 1mM Cobalt(III)-hexamminechloride, 1mM Spermine, 20%v/v 2-propanol, , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.00002 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 28, 2012 Details: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator Dynamically bendable mirror |
Radiation | Monochromator: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00002 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.29→49.324 Å / Num. all: 49885 / Num. obs: 49755 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.81 / Redundancy: 16.15 % / Biso Wilson estimate: 43.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 16.65 |
Reflection shell | Resolution: 2.29→2.35 Å / Redundancy: 13.16 % / Rmerge(I) obs: 1.888 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique all: 3506 / Rsym value: 1.965 / % possible all: 96.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1WNS Resolution: 2.29→45.05 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.838 / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / Phase error: 22.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.07 Å2 / Biso mean: 46.8922 Å2 / Biso min: 20.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→45.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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