登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fpv |
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タイトル | Crystal structure of D. rerio TDP2 complexed with single strand DNA product |
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要素 | - DNA (5'-D(P*TP*GP*CP*AP*G)-3')
- Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2
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キーワード | Hydrolase/DNA / 5'-phosphotyrosyl-DNA diesterase / Hydrolase-DNA complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / convergent extension involved in gastrulation / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / determination of left/right symmetry / gastrulation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PML body / double-strand break repair ...tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / convergent extension involved in gastrulation / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / determination of left/right symmetry / gastrulation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PML body / double-strand break repair / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm類似検索 - 分子機能 UBA-like domain / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / UBA-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | ![](img/tx_fish.gif) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.73 Å |
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データ登録者 | Shi, K. / Kurahashi, K. / Aihara, H. |
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: Structural basis for recognition of 5'-phosphotyrosine adducts by Tdp2. 著者: Shi, K. / Kurahashi, K. / Gao, R. / Tsutakawa, S.E. / Tainer, J.A. / Pommier, Y. / Aihara, H. |
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履歴 | 登録 | 2012年6月22日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2012年10月31日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2013年1月2日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2017年11月15日 | Group: Refinement description / カテゴリ: software |
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改定 1.3 | 2024年2月28日 | Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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改定 1.4 | 2024年3月13日 | Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details |
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