PDB-4f1i: Crystal structure of SeMet TDP2 from Caenorhabditis elegans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f1i

タイトル

Crystal structure of SeMet TDP2 from Caenorhabditis elegans

要素

5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / 5'-tyrosyl DNA phosphodiesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shi, K. / Kurahashi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for recognition of 5'-phosphotyrosine adducts by Tdp2.
著者: Shi, K. / Kurahashi, K. / Gao, R. / Tsutakawa, S.E. / Tainer, J.A. / Pommier, Y. / Aihara, H.

履歴

登録	2012年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f1i.cif.gz	152.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f1i.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4f1hC 4fpvC 4fvaC 4gewC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gew-1 1nw2-6 5kms-1 5lrw-d 2r10-d 4tn7-d 6umr-d 4nwz-3 6rxb-d 4z13-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase

ヘテロ分子

A: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.685, 100.685, 121.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase 分子量: 41505.898 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 21-362 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: Y63D3A.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9XWG3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6 詳細: PEG 6.000, 0.3M ammonium chloride, and 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月9日
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 23342 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.126 / R_sym value: 0.126 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.828 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	ice	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.185 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	1134	5.11 %
R_work	0.1822	-	-
obs	0.1845	22208	99.95 %
all	-	22208	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9055 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.9055 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.8111 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2626	0	48	142	2816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.878	3652
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.538	999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	389
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	469

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.6139	0.3206	125	0.2543	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6139-2.7517	0.2833	168	0.2282	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7517-2.9241	0.2611	154	0.2061	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9241-3.1498	0.2811	157	0.2097	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1498-3.4667	0.2618	130	0.191	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4667-3.9681	0.2058	128	0.1641	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9681-4.9984	0.1656	128	0.1425	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9984-46.193	0.2363	144	0.1931	2825	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4211	0.1844	-0.5642	2.2503	-6.9002	2.1396	-0.725	0.7781	0.2501	-0.5867	-0.4641	-0.8419	-1.1869	1.0302	1.258	0.6787	-0.1844	-0.088	0.5306	-0.0544	0.5287	31.2339	75.7892	76.4529
2	2.1267	2.0765	6.2776	1.9573	2.088	2.0562	-0.0926	0.6126	0.7296	0.2044	0.5224	-0.677	-1.221	0.2087	-0.3694	0.6731	0.1401	-0.0834	0.5171	-0.0553	0.6243	34.9322	75.1928	92.5234
3	6.9477	-0.7319	-2.8275	0.3452	-0.0094	1.4675	0.0642	1.8325	0.4876	0.5336	-0.5451	-0.9994	1.1793	-0.8244	-0.044	1.1828	-0.3535	-0.1142	0.9158	-0.0046	1.0844	46.2109	77.1931	86.6136
4	2.0609	5.6923	-2.5234	5.3593	0.1451	1.1692	0.4863	-1.3961	1.024	0.5893	-0.3289	-0.6626	-1.6228	0.9423	0.0118	0.8327	-0.3431	-0.0757	1.4622	-0.2194	1.0081	56.5934	66.7399	85.1138
5	2.0579	-4.018	0.1107	2.0279	5.4216	1.208	-0.1734	-0.3331	0.0776	1.911	-0.3917	-1.6377	0.9749	1.1276	0.3544	0.7737	0.1404	-0.1068	1.2433	-0.1841	0.9577	50.7674	58.6293	86.4667
6	2.7117	2.3709	5.4199	7.3052	5.5508	5.8598	-0.8264	1.458	-0.3808	-0.9109	1.7606	-1.907	-0.4396	2.7095	-0.8747	0.738	-0.1158	-0.0177	1.4052	-0.3147	0.8815	53.8582	58.3089	76.0165
7	0.3765	-1.0524	-0.8632	7.9565	4.6964	2.5018	-0.3189	-0.2258	0.0286	0.9003	-0.0376	0.2223	1.0946	-0.4619	0.4186	0.8109	0.1989	-0.0848	1.0036	-0.2501	0.5772	44.4531	38.4087	77.4859
8	2.8306	-1.0421	-7.0993	2.6068	-0.1918	2.2847	-0.0445	-0.5019	-0.4036	0.7052	-0.0872	-0.0472	0.7534	0.831	0.1724	0.4979	-0.0586	0.0043	0.4963	0.0405	0.4496	53.9063	20.7897	64.512
9	5.7434	-1.1196	-3.6172	6.7251	1.5314	6.9319	-0.0227	0.4352	-0.3556	-0.4218	-0.138	-0.2808	0.6635	-0.045	0.1725	0.3578	-0.0008	0.0055	0.283	-0.0318	0.2928	57.0926	13.8651	44.344
10	4.8948	0.311	-1.0393	6.3167	-0.7147	2.9218	-0.2344	0.7341	-0.3968	-0.7279	0.0137	0.2262	0.7835	-0.8625	0.2798	0.3729	-0.0673	0.027	0.4585	-0.0746	0.3548	47.6442	15.3998	44.0249
11	2.8668	-6.1337	2.3697	2.6422	-8.0521	2.4774	-0.4798	-1.0482	0.0104	1.1704	0.8173	0.3309	-0.9122	-1.3626	-0.7252	0.5748	-0.0115	0.0099	0.7855	-0.0729	0.6787	40.5355	22.8796	54.8256
12	7.4411	1.4666	-4.4394	8.9794	-3.5266	4.3692	-0.0811	0.9449	0.2514	-0.8768	0.2292	0.1508	0.1149	-0.2966	-0.1575	0.3686	0.0211	-0.0215	0.5539	0.0441	0.3041	48.9011	31.2773	39.5225
13	6.5963	2.4915	-7.1773	5.0441	-2.7349	2.9131	0.1503	0.0372	0.3196	-0.0002	0.1644	0.3819	-0.1054	-0.392	-0.3291	0.2087	0.0036	0.0005	0.4293	0.0275	0.2591	48.2281	27.7579	52.7362
14	3.1658	-8.1317	-1.6304	9.756	5.4285	6.9887	0.304	-0.1029	0.2347	-0.5346	-0.2617	-0.1179	-0.9286	0.4947	-0.048	0.4288	0.0015	0.0768	0.3632	0.065	0.4098	58.6911	37.9396	41.211
15	3.2912	-0.3014	-1.6908	3.7652	-1.0696	6.1731	0.358	0.0549	0.4076	0.5428	-0.2683	0.1555	-0.7218	-0.5275	-0.0894	0.3734	-0.0007	0.0296	0.2915	-0.0303	0.3283	52.113	34.6099	53.3863
16	2.1857	3.2019	-3.153	2.1461	0.3969	2.1688	2.138	0.3607	2.2215	-1.0016	-0.3718	-0.2733	-3.3604	-0.1212	-1.6073	0.9697	-0.1044	0.1814	0.6312	0.1058	0.601	63.265	41.1689	48.8979
17	2.3735	-6.336	-0.9778	9.3331	-1.6714	2.3453	0.0036	-0.9014	1.3609	1.0236	0.2064	-0.5325	-1.0999	0.5002	-0.3112	0.5427	-0.0474	0.0771	0.4894	-0.0592	0.5332	60.0557	35.1846	58.4235
18	6.0966	-1.8531	-4.5062	7.9401	4.3094	2.9657	-0.0346	-0.6089	0.2692	0.1451	0.1701	-0.3492	0.0377	1.0135	-0.3254	0.3437	-0.0364	0.0092	0.384	0.0084	0.3427	71.222	23.3314	48.6547
19	5.1819	-2.8219	-5.0991	4.032	1.864	7.6857	0.3857	0.518	0.0036	-0.2494	-0.4251	-0.3695	-0.2046	-0.4168	0.2896	0.3535	-0.0226	-0.0037	0.3661	0.0091	0.3392	66.1899	28.0899	47.6259
20	6.4369	-4.623	-5.4788	6.7545	5.4766	4.4253	-0.2361	-0.3828	-0.1816	0.2404	0.3193	-0.0526	0.7045	0.4539	-0.0178	0.3459	0.0117	0.0223	0.2949	0.0306	0.3097	64.3228	16.978	52.2645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 21:27)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 28:34)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 35:41)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 42:52)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 53:61)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 62:89)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 90:114)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 115:123)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 124:161)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 162:193)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 194:201)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 202:217)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 218:235)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 236:251)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 252:276)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 277:281)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 282:290)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 291:311)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 312:329)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 330:362)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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