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万見
- PDB-1nw2: The crystal structure of the mutant R82E of Thioredoxin from Alic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nw2
タイトルThe crystal structure of the mutant R82E of Thioredoxin from Alicyclobacillus acidocaldarius
要素THIOREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / Thermostability / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bartolucci, S. / De Simone, G. / Galdiero, S. / Improta, R. / Menchise, V. / Pedone, C. / Pedone, E. / Saviano, M.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: An integrated structural and computational study of the thermostability of two thioredoxin mutants from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Bartolucci, S. / De Simone, G. / Galdiero, S. / Improta, R. / Menchise, V. / Pedone, C. / Pedone, E. / Saviano, M.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1999
タイトル: Prediction and Experimental Testing of Bacillus acidocaldarius Thioredoxin Stability.
著者: Pedone, E. / Cannio, R. / Saviano, M. / Rossi, M. / Bartolucci, S.
履歴
登録2003年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN
B: THIOREDOXIN
C: THIOREDOXIN
D: THIOREDOXIN
E: THIOREDOXIN
F: THIOREDOXIN
G: THIOREDOXIN
H: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,85228
ポリマ－92,4588
非ポリマー1,39420
水12,016667
1
A: THIOREDOXIN
B: THIOREDOXIN
C: THIOREDOXIN
D: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,12516
ポリマ－46,2294
非ポリマー89612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
2
E: THIOREDOXIN
F: THIOREDOXIN
G: THIOREDOXIN
H: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,72712
ポリマ－46,2294
非ポリマー4988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15160 Å2
ΔGint-390 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
4
A: THIOREDOXIN
B: THIOREDOXIN
C: THIOREDOXIN
D: THIOREDOXIN
ヘテロ分子

E: THIOREDOXIN
F: THIOREDOXIN
G: THIOREDOXIN
H: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,85228
ポリマ－92,4588
非ポリマー1,39420
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area13480 Å2
ΔGint-365 kcal/mol
Surface area35240 Å2
手法PISA
5
A: THIOREDOXIN
B: THIOREDOXIN
C: THIOREDOXIN
D: THIOREDOXIN
ヘテロ分子

E: THIOREDOXIN
F: THIOREDOXIN
G: THIOREDOXIN
H: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,85228
ポリマ－92,4588
非ポリマー1,39420
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area13460 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area35260 Å2
手法PISA
6
A: THIOREDOXIN
B: THIOREDOXIN
C: THIOREDOXIN
D: THIOREDOXIN
ヘテロ分子

E: THIOREDOXIN
F: THIOREDOXIN
G: THIOREDOXIN
H: THIOREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,85228
ポリマ－92,4588
非ポリマー1,39420
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area35560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.61, 60.21, 82.95
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.30, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
THIOREDOXIN / E.C.1.8.1.9 / TRX


分子量: 11557.211 Da / 分子数: 8 / 変異: R82E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P80579, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Peg 8000, calcium acetate, CACODYLATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH8.
325 %PEG80001reservoir
40.2 Mcalcium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9072 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 52158 / Num. obs: 52158 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 85.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 234705 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.7 % / Rmerge(I) obs: 0.262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx


解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 5263 10 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.228 52158 --
obs0.228 52158 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6480 0 55 667 7202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.56
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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