+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vdr | ||||||
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Title | Human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with 3',3'-cdIMP | ||||||
Components | Cyclic GMP-AMP synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / STING / cGAMP | ||||||
Function / homology | Function and homology information cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.042 Å | ||||||
Authors | Byrnes, L.J. / Hall, J.D. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2017 Title: The catalytic mechanism of cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) and implications for innate immunity and inhibition. Authors: Hall, J. / Ralph, E.C. / Shanker, S. / Wang, H. / Byrnes, L.J. / Horst, R. / Wong, J. / Brault, A. / Dumlao, D. / Smith, J.F. / Dakin, L.A. / Schmitt, D.C. / Trujillo, J. / Vincent, F. / ...Authors: Hall, J. / Ralph, E.C. / Shanker, S. / Wang, H. / Byrnes, L.J. / Horst, R. / Wong, J. / Brault, A. / Dumlao, D. / Smith, J.F. / Dakin, L.A. / Schmitt, D.C. / Trujillo, J. / Vincent, F. / Griffor, M. / Aulabaugh, A.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vdr.cif.gz | 306.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vdr.ent.gz | 248.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vdr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/5vdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/5vdr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5vdoC 5vdpC 5vdqC 5vdsC 5vdtC 5vduC 5vdvC 5vdwC 4o67S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 42536.102 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 161-521 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MB21D1, C6orf150 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-9B7 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 18-20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate pH 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.04→55.901 Å / Num. obs: 16476 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 65.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Highest resolution: 3.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.491 / Rpim(I) all: 0.463 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4O67 Resolution: 3.042→55.901 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 253.79 Å2 / Biso mean: 84.0409 Å2 / Biso min: 20.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.042→55.901 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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