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- PDB-2pmv: Crystal Structure of Human Intrinsic Factor- Cobalamin Complex at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pmv
タイトルCrystal Structure of Human Intrinsic Factor- Cobalamin Complex at 2.6 A Resolution
要素Gastric intrinsic factor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Cobalamin transport protein Alpha6-Alpha6 motif two domain protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CBLIF causes IFD / Defective AMN causes MGA1 / Defective CUBN causes MGA1 / cargo receptor ligand activity / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / cobalamin transport / cobalt ion transport / cobalamin binding / microvillus / lysosomal lumen ...Defective CBLIF causes IFD / Defective AMN causes MGA1 / Defective CUBN causes MGA1 / cargo receptor ligand activity / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / cobalamin transport / cobalt ion transport / cobalamin binding / microvillus / lysosomal lumen / endosome / apical plasma membrane / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel ...Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Cobalamin binding intrinsic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mathews, F.S. / Gordon, M.M. / Chen, Z. / Rajashankar, K.R. / Ealick, S.E. / Alpers, D.H. / Sukumar, N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human intrinsic factor: Cobalamin complex at 2.6-A resolution
著者: Mathews, F.S. / Gordon, M.M. / Chen, Z. / Rajashankar, K.R. / Ealick, S.E. / Alpers, D.H. / Sukumar, N.
履歴
登録2007年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gastric intrinsic factor
B: Gastric intrinsic factor
C: Gastric intrinsic factor
D: Gastric intrinsic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,3038
ポリマ－173,7944
非ポリマー3,5104
水8,269459
1
A: Gastric intrinsic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2033
ポリマ－43,4481
非ポリマー1,7552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Gastric intrinsic factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4481
ポリマ－43,4481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Gastric intrinsic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2033
ポリマ－43,4481
非ポリマー1,7552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Gastric intrinsic factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4481
ポリマ－43,4481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.100, 67.300, 147.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer.

-
要素

#1: タンパク質
Gastric intrinsic factor / Intrinsic factor / IF / INF


分子量: 43448.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27352
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% PEG20000, 100mM MES, 20mM CaCL2 and 9mM BaCL2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 1.6059 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6059 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 61149 / Num. obs: 55707 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 54.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→37.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 491016.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1529 3 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 50885 93.4 %-
all-54502 --
原子変位パラメータBiso mean: 56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9760 0 238 459 10457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 238 3.2 %
Rwork0.31 7090 -
obs--81.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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