PDB-5kms: The structure of type II NADH dehydrogenase from Caldalkalibacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kms

タイトル

The structure of type II NADH dehydrogenase from Caldalkalibacillus thermarum complexed with NAD+ at 2.5 angstrom resolution.

要素

FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / NADH DEHYDROGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

aerobic electron transport chain / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldalkalibacillus thermarum TA2.A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Cook, G.M. / Aragao, D. / Nakatani, Y.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The mechanism of catalysis by type-II NADH:quinone oxidoreductases.
著者: Blaza, J.N. / Bridges, H.R. / Aragao, D. / Dunn, E.A. / Heikal, A. / Cook, G.M. / Nakatani, Y. / Hirst, J.

履歴

登録	2016年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月29日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / diffrn_source Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kms.cif.gz	309.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kms.ent.gz	247.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kms_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kms_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5kms_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	5kms_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/5kms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/5kms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kmpC 5kmqC 5kmrC 4nwzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nwz-3 5wed-1 5kmr-1 4nwz-4 6bdo-2 5kmq-1 5wed-2 6bdo-1 1qu0-d 1nw2-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

C: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

D: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

ヘテロ分子

182 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

D: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.883, 114.014, 130.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase 分子量: 44571.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldalkalibacillus thermarum TA2.A1 (バクテリア) 遺伝子: CathTA2_0279 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: F5L3B8
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bicine/Tris buffer pH8.5 including 10% (v/v) PEG 4000, 25% (v/v) ethylene glycol and 1mM NADH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.9 Å / Num. obs: 73912 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 48 Å² / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 1.508 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 42902 / CC_1/2: 0.613 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NWZ

4nwz

解像度: 2.5→47.89 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	3725	5.04 %
R_work	0.214	-	-
obs	0.216	73869	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11498	0	256	215	11969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	16429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.665	4089
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1927
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2096

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5317	0.3783	137	0.3133	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5317-2.565	0.359	123	0.3091	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.6001	0.3501	107	0.2866	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6001-2.6373	0.3094	118	0.2863	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6373-2.6766	0.368	139	0.2841	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6766-2.7184	0.3162	114	0.2743	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7184-2.763	0.3416	131	0.2836	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-2.8106	0.3	122	0.2732	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8106-2.8617	0.3063	137	0.2854	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.9168	0.3229	133	0.2653	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9168-2.9763	0.2988	134	0.2679	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9763-3.041	0.3186	128	0.2725	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.1117	0.3421	131	0.2562	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1117-3.1895	0.2922	139	0.247	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1895-3.2758	0.2848	130	0.2441	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2758-3.3721	0.2579	166	0.2381	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3721-3.4809	0.2586	141	0.23	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4809-3.6053	0.2421	137	0.219	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-3.7496	0.2534	143	0.2119	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7496-3.9202	0.2378	169	0.2045	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9202-4.1268	0.2199	147	0.1969	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1268-4.3851	0.2049	142	0.1867	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3851-4.7235	0.1959	158	0.1712	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7235-5.1983	0.2335	139	0.1752	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1983-5.9493	0.1853	158	0.1953	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9493-7.4908	0.2237	155	0.1868	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4908-47.9007	0.1816	147	0.164	2659	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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