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- PDB-4fn0: Crystal structure of mouse nectin-2 extracellular fragment D1-D2,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fn0
タイトルCrystal structure of mouse nectin-2 extracellular fragment D1-D2, 2nd crystal form
要素Poliovirus receptor-related protein 2
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin-like domain / Ig domain / viral entry receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular anatomical entity morphogenesis / Nectin/Necl trans heterodimerization / coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / sperm mitochondrion organization / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of viral entry into host cell ...cellular anatomical entity morphogenesis / Nectin/Necl trans heterodimerization / coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / sperm mitochondrion organization / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of mast cell activation / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of viral entry into host cell / spermatid nucleus differentiation / acrosome assembly / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / Adherens junctions interactions / zonula adherens / cilium organization / cell-cell contact zone / fertilization / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / apical junction complex / natural killer cell mediated cytotoxicity / spermatid development / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell adhesion molecule binding / cytoskeleton organization / establishment of localization in cell / cell-cell junction / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Harrison, O.J. / Brasch, J. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Nectin ectodomain structures reveal a canonical adhesive interface.
著者: Harrison, O.J. / Vendome, J. / Brasch, J. / Jin, X. / Hong, S. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Troyanovsky, R.B. / Troyanovsky, S.M. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2012年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22012年9月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poliovirus receptor-related protein 2
B: Poliovirus receptor-related protein 2
C: Poliovirus receptor-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6459
ポリマ－74,7603
非ポリマー3,8856
水28816
1
A: Poliovirus receptor-related protein 2
ヘテロ分子

A: Poliovirus receptor-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7716
ポリマ－49,8402
非ポリマー2,9314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
2
B: Poliovirus receptor-related protein 2
C: Poliovirus receptor-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2596
ポリマ－49,8402
非ポリマー2,4194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.022, 117.022, 158.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISAA32 - 2511 - 220
21HISHISBB32 - 2511 - 220
12ARGARGAA32 - 2491 - 218
22ARGARGCC32 - 2491 - 218
13ARGARGBB32 - 2491 - 218
23ARGARGCC32 - 2491 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Poliovirus receptor-related protein 2 / Nectin-2 / Herpes virus entry mediator B / Herpesvirus entry mediator B / HveB / Murine herpes ...Nectin-2 / Herpes virus entry mediator B / Herpesvirus entry mediator B / HveB / Murine herpes virus entry protein B / mHveB / Poliovirus receptor homolog


分子量: 24920.076 Da / 分子数: 3 / 断片: extracellular domain (D1-D2, UNP residues 32-250) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pvrl2, Mph, Pvr, Pvs / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32507
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.64 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 13% w/v PEG3350, 0.42 M sodium isothiocyanate, 0.1 M MES, pH 6.0, cryoprotectant: 15% 2R,3R-butane-di-ol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
放射モノクロメーター: Bent single Si(111) crystal (horizontal focusing and deflection)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→40 Å / Num. all: 18438 / Num. obs: 18438 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.35-3.475.740.54199.4
3.47-3.61199.8
3.61-3.77199.7
3.77-3.97199.8
3.97-4.22199.9
4.22-4.55199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FMK

4fmk


解像度: 3.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 64.147 / SU ML: 0.475 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.556 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29333 942 5.1 %RANDOM
Rwork0.24693 ---
obs0.24921 17484 99.26 %-
all-18438 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 135.057 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.28 Å24.14 Å2-0 Å2
2--8.28 Å2-0 Å2
3----12.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5108 0 259 16 5383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6432.0117542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9943.0039067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1045656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05622.107242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.54815815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3261566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.23 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A7178
12B7178
21A7101
22C7101
31B7130
32C7130
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 75 -
Rwork0.293 1132 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.53411.903-1.67474.01174.524819.4824-0.15260.218-0.43340.15230.20480.3393-0.3643-0.6357-0.05230.1570.0640.06420.06850.06690.2858-0.7274-7.50213.962
28.229-2.1549-0.82513.506910.698312.619-0.62732.941-3.1423-0.1216-0.51910.94422.3562-0.45821.14641.6341-0.50130.69271.4594-1.23371.999710.5493-33.7798-17.3563
35.49311.4588-3.69371.9912.800619.6282-0.44660.6433-0.2895-0.36040.40510.30740.71050.50540.04150.29930.1075-0.02890.62860.08750.415950.0151-33.2091-35.5983
414.732-4.8579-12.32844.58735.434613.7041-0.1873-0.88990.2165-0.16150.1673-0.3708-0.21090.78740.020.26890.2304-0.08350.3415-0.03650.493129.8417-17.6332-1.9353
52.61391.1242.02676.2591-3.876119.4272-0.1132-0.3870.37250.2990.08910.01020.1951-0.22730.02410.1328-0.13060.04440.9332-0.07040.360956.0856-25.8951-60.7712
63.4342-1.42812.95538.8628-9.503210.9684-1.5158-0.04291.88671.16042.60391.5092-2.2051-2.7891-1.08821.83211.23080.45182.89441.4212.939640.87270.1181-89.9061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2A150 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3B32 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4B150 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5C32 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6C150 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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