PDB-5ol8: Structure of human mitochondrial transcription elongation factor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ol8

タイトル

Structure of human mitochondrial transcription elongation factor (TEFM) C-terminal domain

要素

Transcription elongation factor, mitochondrial

キーワード

TRANSCRIPTION / Elongation Factor / Mitochondria / Resolvase / RNA Polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / positive regulation of mitochondrial transcription / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial transcription / transcription elongation factor activity / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hillen, H.S. / Parshin, A.V. / Agaronyan, K. / Morozov, Y. / Graber, J.J. / Chernev, A. / Schwinghammer, K. / Urlaub, H. / Anikin, M. / Cramer, P. / Temiakov, D.

資金援助

米国,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health	RO1 GM104231	米国
German Research Foundation	SFB860	ドイツ
German Research Foundation	SPP1935	ドイツ
European Research Council	693023	ドイツ
Volkswagen Foundation		ドイツ

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Mechanism of Transcription Anti-termination in Human Mitochondria.
著者: Hillen, H.S. / Parshin, A.V. / Agaronyan, K. / Morozov, Y.I. / Graber, J.J. / Chernev, A. / Schwinghammer, K. / Urlaub, H. / Anikin, M. / Cramer, P. / Temiakov, D.

履歴

登録	2017年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ol8.cif.gz	359.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ol8.ent.gz	295.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ol8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/5ol8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/5ol8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ol9C 5olaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lhp-d 6qwn-4 6bcf-2 5lhq-d 6fb0-d 4z1x-1 6bch-3 3mxa-d 6bcg-2 6fb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription elongation factor, mitochondrial

B: Transcription elongation factor, mitochondrial

C: Transcription elongation factor, mitochondrial

D: Transcription elongation factor, mitochondrial

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Transcription elongation factor, mitochondrial

B: Transcription elongation factor, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transcription elongation factor, mitochondrial

D: Transcription elongation factor, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homodimer.
74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.480, 112.540, 88.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-527- HOH

#1: タンパク質	Transcription elongation factor, mitochondrial 分子量: 37187.785 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 51-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEFM, C17orf42 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q96QE5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Limited proteolysis with ArgC at RT for 20min. BIS-TRIS pH 5.5-6.5, MgCl2, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.0, 0.9765

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9765	1

反射

解像度: 1.9→46.233 Å / Num. obs: 70199 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17.92

反射シェル

解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5.04 % / R_merge(I) obs: 2.49 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 4740 / CC_1/2: 0.35 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.233 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2278	3503	5 %
R_work	0.1954	-	-
obs	0.197	70119	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.233 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6724	0	24	129	6877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6888
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.506	9276
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.474	4156
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1156

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.926	0.4633	125	0.4829	2406	X-RAY DIFFRACTION	88
1.926-1.9535	0.5173	128	0.4538	2439	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9535-1.9827	0.4105	136	0.4315	2575	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9827-2.0136	0.4505	142	0.4279	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0136-2.0467	0.4113	142	0.3814	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0467-2.0819	0.3614	141	0.3518	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0819-2.1198	0.3581	140	0.3042	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1198-2.1606	0.3073	141	0.2832	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1606-2.2047	0.3037	142	0.2907	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2047-2.2526	0.3657	140	0.2704	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2526-2.305	0.293	140	0.2619	2649	X-RAY DIFFRACTION	98
2.305-2.3627	0.3091	141	0.2473	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3627-2.4265	0.2962	143	0.2347	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4265-2.4979	0.2699	141	0.2368	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4979-2.5785	0.2814	141	0.2273	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5785-2.6707	0.2626	142	0.2264	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6707-2.7776	0.2578	141	0.2089	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7776-2.904	0.2838	140	0.2187	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
2.904-3.0571	0.2215	142	0.2158	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0571-3.2486	0.2334	143	0.2032	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2486-3.4993	0.2169	142	0.1904	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4993-3.8513	0.2066	139	0.1756	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8513-4.4082	0.2108	144	0.148	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4082-5.5524	0.1603	141	0.1424	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5524-46.2464	0.1723	146	0.159	2753	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7232	0.9535	-0.0989	1.4816	0.1156	0.2928	0.3742	-1.0593	0.4891	0.8964	-0.3539	0.7183	-0.4451	-0.6585	-0.0046	0.8989	-0.0857	0.1262	0.9508	-0.0184	0.5803	-4.6639	98.2854	-10.5554
2	2.5835	1.2242	0.2953	2.3476	0.6792	0.1362	0.4668	-0.1726	-0.4027	0.3089	0.1791	-0.7642	-0.4961	0.2852	-0.0009	0.443	-0.049	-0.0193	0.4772	0.0488	0.5584	9.6316	97.6402	-23.3098
3	1.2563	1.0278	0.3803	3.0229	-0.4594	0.3882	0.4199	-0.0623	-0.1869	0.6592	-0.1184	-0.9821	0.3892	-0.1146	0.0002	0.541	-0.1497	-0.1439	0.694	0.0591	0.9467	14.5754	99.1151	-17.1483
4	0.3863	0.0673	-0.2537	0.3877	-0.1712	0.1269	0.2587	0.3315	-1.1768	-0.3773	-0.026	-0.1774	0.2057	0.4367	0	0.787	-0.0357	0.112	0.7044	0.0108	0.6309	8.4449	91.56	-40.1461
5	1.0031	0.8039	-0.3176	3.7944	2.2123	3.9667	0.0214	-0.0602	0.0338	0.1489	0.028	-0.56	-0.1378	-0.1457	0.0005	0.4512	-0.0149	-0.0144	0.5079	0.0624	0.5752	3.9317	92.5795	-26.9882
6	2.8482	1.4824	-0.8838	1.5915	0.8633	1.9655	-0.3224	0.0826	0.3601	-0.7049	0.4116	0.2288	-0.747	-0.1104	0.0008	0.5869	-0.0832	-0.0284	0.4418	0.0448	0.5062	-0.9436	94.3576	-32.8903
7	3.0039	0.7934	0.076	1.3319	1.3541	1.733	0.1911	-0.3087	0.3079	0.4828	-0.2057	0.3169	-0.2908	-0.3651	0.0002	0.6001	-0.0091	-0.0323	0.5717	0.0046	0.495	-0.0503	102.0365	-20.9425
8	0.5003	0.6194	0.3756	0.4753	0.4782	0.4949	0.0529	-0.5192	0.3547	0.8147	0.217	-0.6562	-1.3775	0.6513	0.0032	0.9735	-0.2355	-0.1484	0.8018	0.0067	1.0507	17.6997	112.2832	-14.2379
9	0.6762	-1.1372	0.6847	3.9366	-0.2615	1.5818	0.0817	0.3947	-0.1611	-0.6496	0.2611	-2.4534	-0.0726	1.1663	0.009	0.5337	-0.2099	0.0275	0.8215	-0.0916	1.368	22.5923	104.6868	-23.3348
10	1.9001	1.2306	1.4671	3.5211	0.6419	1.2373	-0.0195	-0.1079	0.2857	0.3086	-0.0587	-0.295	-0.4886	-0.7976	-0.0002	0.6072	-0.0592	-0.1116	0.5309	0.0187	0.5717	6.4201	105.2921	-17.1265
11	2.5569	1.5951	1.7688	3.9561	0.6553	4.5353	0.2664	0.0198	-0.5881	-0.32	-0.1106	-0.2136	0.7481	-0.0215	0	0.5528	-0.0239	0.0097	0.4742	0.0193	0.5562	-5.7771	69.3206	-37.1827
12	0.1203	-0.3294	-0.3184	0.4473	0.4023	0.438	-0.3518	-0.9353	0.5758	-0.1447	-0.2203	1.4926	0.1582	-1.1929	-0.0005	0.6417	0.0491	0.0109	0.8684	-0.0729	0.7251	-17.4349	88.1526	-29.7497
13	1.6104	1.3223	1.5118	3.0728	1.7729	2.6501	-0.068	-0.0241	0.0584	-0.3597	-0.0336	-0.1186	-0.0598	-0.2514	-0.0001	0.4289	-0.0358	0.0307	0.4537	0.0277	0.4662	-7.1182	83.1681	-34.0064
14	3.0901	1.7195	-0.3889	2.5306	1.7834	1.7932	0.0451	0.5696	-0.3637	-0.3536	0.0298	-0.0396	0.1936	0.1691	0.0005	0.5388	-0.0194	-0.0183	0.492	0.0339	0.5277	-4.9034	74.6645	-43.2593
15	0.1056	0.6922	0.7403	0.6947	0.8247	0.568	0.1476	0.1446	-0.2074	0.0814	-0.3789	0.1735	0.2006	-0.6319	-0.0001	0.7913	-0.1529	-0.0921	0.7831	-0.0392	0.7581	-19.5344	58.9408	-44.8637
16	3.1487	2.3876	2.2787	4.4344	0.5247	6.0697	0.1128	-0.3849	0.0719	0.1871	-0.2634	0.2318	0.5664	-1.2165	-0.0001	0.5568	-0.144	-0.0125	0.6647	-0.0363	0.5552	-17.156	67.1775	-39.1044
17	4.1004	0.2108	-0.3628	4.8222	-2.5778	3.7718	0.0554	-0.1939	0.326	0.3398	-0.2008	0.0205	-0.6025	-0.019	0.0001	0.5454	-0.0034	0.0264	0.5041	-0.0063	0.4969	-39.9717	131.92	-79.045
18	1.9015	-0.3384	0.237	1.9711	-0.5416	1.1863	0.0952	1.3336	-0.1123	-1.8336	-0.149	-0.0809	0.5876	0.9107	0.0003	0.812	-0.0109	0.0928	0.7605	0.125	0.6891	-28.4825	115.7493	-84.2622
19	2.6866	-2.4108	0.4665	3.2491	-2.259	2.7819	0.2454	-0.2507	0.1375	-0.2216	-0.1936	0.1703	-0.0469	-0.2278	-0	0.4872	-0.0337	0.0273	0.4998	0.0562	0.4891	-38.9986	119.8194	-75.9279
20	1.844	-1.1319	0.7289	1.3116	-2.2985	3.1514	0.1415	0.1326	0.1523	-0.4258	0.061	0.3222	-0.1055	-0.5087	0.0001	0.6897	0.0613	-0.0114	0.6043	0.0067	0.5861	-48.0434	134.3282	-90.3321
21	2.8668	-0.4688	0.3967	4.3626	-2.6022	3.3352	0.2736	0.303	0.0305	-0.3986	-0.4101	-0.1423	0.1802	0.1018	0	0.5445	0.0713	0.0632	0.4995	0.0383	0.4913	-39.5921	133.7314	-90.5976
22	3.7025	-1.7703	2.2637	6.0322	-0.1789	3.1563	-0.13	-0.0053	0.1174	0.2458	0.0326	-0.8145	-0.0086	0.1258	-0.0039	0.497	-0.0569	-0.013	0.5663	0.0639	0.5599	-22.5177	102.9984	-63.1136
23	3.1689	-2.2328	1.5993	5.9613	-2.139	2.3118	-0.1483	-0.4202	0.092	0.4038	0.2567	0.133	0.1401	-0.2611	-0.0004	0.5691	-0.0618	0.0555	0.6043	0.0316	0.4622	-36.0846	108.7201	-66.1244
24	2.4406	-1.8964	1.7754	4.2536	-2.1371	2.8496	-0.0032	0.0484	0.1072	-0.2459	-0.0557	-0.3257	-0.0318	0.2048	-0.0002	0.4937	-0.0727	0.0636	0.5028	0.0606	0.4836	-29.5118	106.4308	-71.9015
25	3.0705	-2.0221	-1.1838	2.1082	0.4755	0.8721	0.1099	-0.7205	-0.8394	0.2349	0.1039	-0.5462	0.8152	-0.2183	-0	0.9108	-0.161	-0.0852	0.7976	0.2269	0.7321	-25.5101	88.0803	-56.4039
26	3.5726	0.8983	2.2838	2.9038	1.867	2.3869	0.2012	-1.785	0.4026	1.0361	-0.207	0.5656	0.0161	-1.15	-0.1342	1.0007	-0.1645	-0.0186	1.3938	0.1205	0.4478	-33.451	96.5089	-48.564
27	0.6796	-0.2111	1.2444	3.1753	0.0901	2.0908	0.2696	0.1034	-0.0831	0.1536	-0.0972	-0.3909	0.0637	-0.0292	-0.0002	0.4953	0.0116	-0.0512	0.532	0.0553	0.5073	-23.0536	96.0617	-62.5471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 153 through 168 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 169 through 186 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 187 through 198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 199 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 209 through 240 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 241 through 261 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 262 through 296 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 297 through 318 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 319 through 337 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 338 through 357 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 153 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 197 through 208 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 209 through 261 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 262 through 296 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 297 through 318 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 319 through 357 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 153 through 196 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 197 through 222 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 223 through 272 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 273 through 318 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 319 through 357 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 153 through 196 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 197 through 240 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 241 through 284 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 285 through 318 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 319 through 337 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 338 through 357 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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