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- PDB-3mxa: Molecular basis of engineered meganuclease targeting of the endog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mxa
タイトルMolecular basis of engineered meganuclease targeting of the endogenous human RAG1 locus
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
  • scV3V2(G19S)
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / ETHANOL / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of engineered meganuclease targeting of the endogenous human RAG1 locus.
著者: Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Grizot, S. / Daboussi, F. / Smith, J. / ...著者: Munoz, I.G. / Prieto, J. / Subramanian, S. / Coloma, J. / Redondo, P. / Villate, M. / Merino, N. / Marenchino, M. / D'Abramo, M. / Gervasio, F.L. / Grizot, S. / Daboussi, F. / Smith, J. / Chion-Sotinel, I. / Paques, F. / Duchateau, P. / Alibes, A. / Stricher, F. / Serrano, L. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
履歴
登録2010年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scV3V2(G19S)
C: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,16012
ポリマ－55,6185
非ポリマー5417
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.000, 172.390, 46.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 scV3V2(G19S)


分子量: 40968.719 Da / 分子数: 1 / 変異: G19S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS

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DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4261.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量: 3013.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4311.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 3062.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.

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非ポリマー , 4種, 127分子

#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 400, 0.1M MES pH 6.5, 5% ethanol, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日 / 詳細: Bent cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→35.24 Å / Num. all: 27076 / Num. obs: 27057 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.29→2.41 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3874 / Rsym value: 0.049 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→28.95 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1337 5.04 %RANDOM
Rwork0.1741 ---
obs0.1767 26535 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.888 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 980 28 120 3534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2585021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7851378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.25521390.19952450X-RAY DIFFRACTION99
2.3822-2.47750.25781340.18612469X-RAY DIFFRACTION100
2.4775-2.59020.26341260.18662505X-RAY DIFFRACTION100
2.5902-2.72670.24751230.18442472X-RAY DIFFRACTION100
2.7267-2.89730.26791200.19562522X-RAY DIFFRACTION100
2.8973-3.12080.271390.20462497X-RAY DIFFRACTION100
3.1208-3.43440.21481240.17682529X-RAY DIFFRACTION100
3.4344-3.93030.23691260.16642531X-RAY DIFFRACTION100
3.9303-4.94780.16691430.1342551X-RAY DIFFRACTION100
4.9478-28.95220.19571630.15912672X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.95610.48180.57840.93160.58742.4361-0.0052-0.01250.02090.0050.0311-0.09630.1344-0.2321-0.03280.1328-0.05640.06110.1946-0.02680.1086-23.029511.3113-26.8451
21.4557-0.0883-0.32360.3932-0.27460.29620.3703-0.62690.34630.0177-0.23570.08460.6108-0.6485-0.10030.355-0.58660.12250.592-0.16940.239
31.7437-0.2343-0.15540.890.09130.031-0.0346-0.25040.0482-0.28520.2998-0.0928-0.3379-0.0059-0.20790.3367-0.132-0.0070.27540.05150.1166
42.0704-0.1679-0.52710.7145-0.0510.3131-0.4699-0.08870.0629-0.18430.5788-0.4269-0.13970.3203-0.18480.2536-0.1653-0.12690.456-0.16320.2495
50.7848-0.27141.08940.93480.69362.87070.1156-0.33420.0935-0.10110.4683-0.44260.1024-0.385-0.43350.4382-0.1806-0.16030.6647-0.11660.5346
60.48420.1402-0.4670.0666-0.09460.5145-0.32050.1079-0.1177-0.4520.1423-0.0310.06330.49280.13650.2945-0.23970.0490.4915-0.01520.0977
70.2002-0.0410.52010.30990.17631.63320.0779-0.1564-0.0340.0175-0.0341-0.04880.5554-0.9231-0.04940.458-0.44470.03990.5009-0.0250.2506
精密化 TLSグループSelection details: chain F and resid 615:624)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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