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- PDB-4nqq: Crystal structure of mouse P-cadherin extracellular domains EC1-EC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqq
タイトルCrystal structure of mouse P-cadherin extracellular domains EC1-EC2
要素Cadherin-3
キーワードCELL ADHESION / Extracellular cadherin (EC) domain / Cell-Cell adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of keratinocyte proliferation / Adherens junctions interactions / positive regulation of melanin biosynthetic process / retina homeostasis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / keratinization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of keratinocyte proliferation / Adherens junctions interactions / positive regulation of melanin biosynthetic process / retina homeostasis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / keratinization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / adherens junction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell-cell adhesion / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like ...Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Cadherin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Brasch, J. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural and energetic determinants of adhesive binding specificity in type I cadherins.
著者: Vendome, J. / Felsovalyi, K. / Song, H. / Yang, Z. / Jin, X. / Brasch, J. / Harrison, O.J. / Ahlsen, G. / Bahna, F. / Kaczynska, A. / Katsamba, P.S. / Edmond, D. / Hubbell, W.L. / Shapiro, L. / Honig, B.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-3
B: Cadherin-3
C: Cadherin-3
D: Cadherin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,05827
ポリマ－93,9254
非ポリマー1,13323
水1,36976
1
A: Cadherin-3
B: Cadherin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,49713
ポリマ－46,9622
非ポリマー53511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
2
C: Cadherin-3
D: Cadherin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,56114
ポリマ－46,9622
非ポリマー59812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.085, 188.700, 53.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Cadherin-3 / Placental cadherin / P-cadherin


分子量: 23481.229 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domains EC1-EC2, UNP residues 100-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh3, Cdhp / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: P10287
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 38% PEG 6000, Bis-Tris pH 6.5, 0.35M Calcium chloride, 0.01M Copper (II) chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日
放射モノクロメーター: Bent single Si(111) crystal (horizontal focusing and deflection)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. all: 21058 / Num. obs: 20958 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.3 %
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345data collection softwareデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1186)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QVI

2qvi


解像度: 3.2→20 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1048 5 %
Rwork0.228 --
obs0.23 20958 99.2 %
all-21058 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6547 0 23 76 6646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8969230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2062502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.3680.38051410.27892692X-RAY DIFFRACTION95
3.368-3.57790.3061470.26032788X-RAY DIFFRACTION99
3.5779-3.85230.28351490.23192831X-RAY DIFFRACTION100
3.8523-4.23670.2811490.21092827X-RAY DIFFRACTION100
4.2367-4.84210.24731510.19092874X-RAY DIFFRACTION100
4.8421-6.07210.26491510.23312877X-RAY DIFFRACTION100
6.0721-19.9990.23691600.23273021X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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