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- PDB-4fid: Crystal structure of a heterotrimeric G-Protein subunit from enta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fid
タイトルCrystal structure of a heterotrimeric G-Protein subunit from entamoeba histolytica, EHG-ALPHA-1
要素G protein alpha subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / RAS-LIKE DOMAIN / ALL-HELICAL DOMAIN / GTP BINDING / NUCLEOTIDE BINDING / TRANSDUCER / LIPOPROTEIN / REDUCTIVE METHYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis to cAMP / small GTPase-mediated signal transduction / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / heterotrimeric G-protein complex / G protein activity / cell differentiation / GTPase activity / GTP binding ...chemotaxis to cAMP / small GTPase-mediated signal transduction / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / heterotrimeric G-protein complex / G protein activity / cell differentiation / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / G protein alpha subunit, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Muller, R.E. / Gigure, P.M. / Willard, F.S. / Machius, M. / Temple, B.R. / Siderovski, D.P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Heterotrimeric G-protein Signaling Is Critical to Pathogenic Processes in Entamoeba histolytica.
著者: Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Muller, R.E. / Giguere, P.M. / Machius, M. / Willard, F.S. / Temple, B.R. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2012年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Refinement description
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G protein alpha subunit
B: G protein alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1784
ポリマ－77,2922
非ポリマー8862
水70339
1
A: G protein alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0892
ポリマ－38,6461
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: G protein alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0892
ポリマ－38,6461
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.671, 57.174, 231.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 G protein alpha subunit


分子量: 38645.953 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 22-358 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM1:IMSS / 遺伝子: EHG-ALPHA-1, EHI_140350 / プラスミド: PLIC-HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C4M483
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 291 K / pH: 5.6
詳細: EHG-ALPHA-1 AT 15 MG/ML IN CRYSTALLIZATION BUFFER (50 MM HEPES PH 6.5, 150 MM NACL, 10 MM MGCL2, 10 MM NAF, 30 MICROM ALCL3, AND 50 MICROM GDP) WAS MIXED 1:1 AND EQUILIBRATED AGAINST ...詳細: EHG-ALPHA-1 AT 15 MG/ML IN CRYSTALLIZATION BUFFER (50 MM HEPES PH 6.5, 150 MM NACL, 10 MM MGCL2, 10 MM NAF, 30 MICROM ALCL3, AND 50 MICROM GDP) WAS MIXED 1:1 AND EQUILIBRATED AGAINST CRYSTALLIZATION SOLUTION CONTAINING 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 175 MM K/NA TARTRATE, AND 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.6. 250 MM AMMONIUM ACETATE WAS ADDED TO THE WELL SOLUTION AFTER SETTING THE DROPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97954
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月5日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.9 Å / Num. obs: 43503 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.37
反射 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXAUTOSOLモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.62→45.9 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1172 4.95 %
Rwork0.189 --
obs0.193 23398 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.47 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6672 Å20 Å2-0 Å2
2--0.0515 Å20 Å2
3----2.7187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4900 0 56 39 4995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2056837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7421869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.71020.36442030.2583956X-RAY DIFFRACTION94
2.7102-2.81870.3422180.23794118X-RAY DIFFRACTION100
2.8187-2.9470.28072170.21084133X-RAY DIFFRACTION100
2.947-3.10230.28362080.20824208X-RAY DIFFRACTION100
3.1023-3.29670.27932250.21274103X-RAY DIFFRACTION100
3.2967-3.55110.26452200.18434210X-RAY DIFFRACTION100
3.5511-3.90830.27952120.17264121X-RAY DIFFRACTION100
3.9083-4.47340.23212150.15664194X-RAY DIFFRACTION100
4.4734-5.63440.19872220.15684155X-RAY DIFFRACTION100
5.6344-45.90.23932130.19364152X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9918-2.30174.74514.11370.60433.3283-0.2911-1.3720.73860.28860.3510.03-0.2539-1.29820.00580.12310.0896-0.00070.1147-0.06230.05934.58210.346949.6306
20.84090.2020.90240.74820.08384.2868-0.1184-0.11220.1670.1598-0.04240.1526-0.5363-0.22740.13670.1303-0.01190.04560.0478-0.02930.129820.725717.225871.6897
37.3481-3.16034.83449.4808-1.96353.1755-0.42910.89970.68910.34210.031-0.0039-0.04040.41720.36120.2219-0.1656-0.0160.29010.15840.265131.101118.954176.9766
40.47370.3755-0.90781.7497-2.97095.5927-0.0333-0.1828-0.0691-0.3704-0.1796-0.03620.56860.36160.18390.14150.00740.01890.1256-0.02330.263426.08477.532272.4032
57.97152.28343.9940.65481.1556.36430.1182-0.04610.87740.0213-0.36450.0363-1.2176-0.01140.2530.4167-0.2331-0.03680.23080.02060.404426.970926.858166.959
60.6554-0.08940.80010.2308-0.48471.6836-0.9181-0.19230.92360.15970.3012-0.2303-1.3469-0.2290.22220.1523-0.17990.1025-0.47970.01840.26711.49517.423251.6409
70.101-1.10520.26091.998-0.4591.0521-0.0123-0.0769-0.08070.00620.030.27620.0514-0.1387-0.01280.004-0.00350.0210.08190.00020.19786.38350.428256.9855
80.62310.1757-1.29782.4421-1.21752.0461-0.0192-0.0774-0.0617-0.38830.0744-0.49480.18760.2594-0.07420.1206-0.00340.04280.1005-0.11950.250614.1963-9.363150.4215
95.0494-2.6528-5.57334.56871.21477.0892-0.5888-0.19180.3348-0.34880.21850.87980.19180.62540.20270.1011-0.0222-0.11290.1101-0.00610.3038.0545-2.88742.9239
103.4468-3.93830.90035.6429-4.09418.5510.7480.01290.9692-0.157-0.8928-0.78070.27831.32890.08970.12930.02190.12470.278-0.04090.333720.01337.844448.6571
119.2901-4.6801-5.99764.04564.27114.7951-0.42831.9133-0.24960.1493-0.5629-0.04710.7839-3.21211.03620.28420.08340.05980.7313-0.0510.1905-4.147243.0399101.7775
121.2498-0.7302-1.8563.18612.2322.27510.08160.5576-0.1186-0.1333-0.30330.4223-0.1174-0.56690.27850.1984-0.0935-0.02470.4456-0.06520.188-0.396824.001895.2382
137.25830.66784.70940.3181.65437.5724-0.01280.3286-0.80260.35990.00280.0081.20790.1474-0.00120.465-0.08610.13040.1245-0.04120.207818.41125.023187.9049
140.8194-1.0978-0.21070.87660.35970.847-0.259-0.0357-0.21150.37-0.1338-0.1660.60890.00510.40770.5127-0.18670.22350.1854-0.07360.278211.15038.188692.4642
151.2605-1.161-1.81924.54782.88012.2513-0.10510.7727-0.192-0.0994-0.54970.5713-0.0686-1.07740.6040.2417-0.19160.06410.5717-0.18820.3305-3.073523.962195.9401
164.2661-4.183-3.87864.06043.80414.7003-1.57170.1941-0.42470.3411-0.1630.50680.4328-0.42730.97380.0575-0.05570.40940.48610.1342-0.67231.087639.418996.1778
178.563-4.7585-2.39272.72121.78452.34940.8909-0.17421.033-0.6709-0.2268-0.7016-0.2287-0.2239-0.62130.32250.00090.16840.2214-0.0330.29784.527243.4529100.1885
182.83490.73570.2150.8110.84811.13290.31870.3620.19110.123-0.0369-0.05130.15420.013-0.22150.21840.00250.02380.2711-0.04390.205517.999331.438104.9197
197.3949-5.5681-0.35324.74920.09820.077-0.2776-0.67610.81420.60720.0935-0.7440.22410.04480.03440.33940.0661-0.13480.3055-0.05850.235717.395435.9953114.6774
200.4698-0.7110.28423.0704-1.34830.6214-0.1907-0.3299-0.13580.84510.2935-0.09710.0428-0.209-0.01040.4325-0.06160.01120.41050.01620.22484.731330.3271111.1639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 22:34 OR RESID 503:513 ) )A22 - 34
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 22:34 OR RESID 503:513 ) )A503 - 513
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 35:107 )A35 - 107
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 108:113 )A108 - 113
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 114:144 )A114 - 144
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 145:154 )A145 - 154
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 155:184 )A155 - 184
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 185:274 )A185 - 274
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 275:303 )A275 - 303
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 318:323 )A318 - 323
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 324:337 )A324 - 337
12X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND ( RESID 23:26 OR RESID 502:505 ) )B23 - 26
13X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND ( RESID 23:26 OR RESID 502:505 ) )B502 - 505
14X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 27:69 )B27 - 69
15X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 70:95 )B70 - 95
16X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 96:147 )B96 - 147
17X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 148:180 )B148 - 180
18X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 181:198 )B181 - 198
19X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 199:209 )B199 - 209
20X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 210:274 )B210 - 274
21X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 275:318 )B275 - 318
22X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 319:335 )B319 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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