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- PDB-4fhb: Enhancing DHFR catalysis by binding of an allosteric regulator na... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fhb | ||||||
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Title | Enhancing DHFR catalysis by binding of an allosteric regulator nanobody (Nb179) | ||||||
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![]() | Oxidoreductase/protein binding / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oyen, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanistic analysis of allosteric and non-allosteric effects arising from nanobody binding to two epitopes of the dihyrofolate reductase of Escherichia coli. Authors: Oyen, D. / Wechselberger, R. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Barlow, J.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 123.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 18019.340 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 14880.334 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-FOL / ![]() |
#4: Chemical | ChemComp-NAP / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.49 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2M sodium chloride, 0.1M Na HEPES, 25% w/v PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2012 |
Radiation | Monochromator: Bartels monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.8→44 Å / Num. all: 262820 / Num. obs: 10672 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.591 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→42.379 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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