PDB-4eig: CA1698 camel antibody fragment in complex with DHFR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eig

タイトル

CA1698 camel antibody fragment in complex with DHFR

要素

CA1698 camel antibody fragment
Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM / NADP binding / OXIDOREDUCTASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Oyen, D. / Srinivasan, V.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Mechanistic analysis of allosteric and non-allosteric effects arising from nanobody binding to two epitopes of the dihyrofolate reductase of Escherichia coli.
著者: Oyen, D. / Wechselberger, R. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Barlow, J.N.

履歴

登録	2012年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eig.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eig.ent.gz	95.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eig	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eizC 4ej1C 4fhbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ton-1 1rz5-d 4ypn-d 6fie-d 5gg5-d 4d2t-1 1rgs-d 4jcc-d 4g3d-4 6ao1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (9) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: CA1698 camel antibody fragment

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.270, 72.270, 140.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 18019.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 抗体	CA1698 camel antibody fragment 分子量: 13625.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG w/v 1500, 0.1M Tris, 0.1M Ammonium Sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月15日
放射	モノクロメーター: monochromator (horizontally side diffracting Silicon 111 crystal) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→37.475 Å / Num. obs: 14192 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345	225	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→37.475 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	715	5.04 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1744	14192	98.89 %
all	-	14351	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.177 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.871 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.871 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.742 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.475 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2109	0	0	84	2193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	2937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.103	765
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.6933	0.2749	147	0.2058	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6933-2.9643	0.2649	154	0.1934	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9643-3.393	0.2427	152	0.1723	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
3.393-4.2738	0.1911	121	0.167	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2738-37.4796	0.1924	141	0.1607	2733	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3051	0.3775	0.3449	2.2616	2.0541	3.4347	0.0184	-0.2064	0.1171	0.2909	-0.0347	-0.1803	-0.2858	-0.0921	0.0349	0.3845	-0.0274	-0.1298	0.0909	-0.0413	0.2066	23.5391	15.9293	16.5912
2	4.8059	-1.3605	0.8866	6.3838	2.8816	1.8622	0.1696	-0.7878	0.2777	0.9475	-0.2103	0.0759	-0.4123	-0.2842	0.0276	0.6694	-0.0555	-0.0499	0.2833	-0.0559	0.216	21.4015	14.4084	31.8658
3	0.4316	0.1606	-0.0473	0.9856	1.3476	2.0699	0.0376	-0.184	0.3841	0.1948	-0.0942	0.0345	-0.5218	-0.1394	0.2674	0.6339	0.0603	-0.1123	0.1609	-0.1011	0.3263	20.5548	23.8958	17.275
4	2.4508	2.8605	-0.7442	3.9745	0.4219	2.8398	-0.0288	-0.1245	0.5	0.1003	-0.0953	0.4863	-0.8697	-0.0591	-0.0345	1.0435	-0.0862	-0.2058	0.2744	0.0212	0.4026	29.1101	29.8149	8.5421
5	3.398	1.3952	0.3454	7.3738	3.2879	2.039	-0.0537	-0.0777	0.358	0.212	0.1011	-0.383	-0.5669	0.1311	-0.1566	0.5425	-0.0613	-0.0601	0.1356	0.0661	0.2909	29.2695	20.7324	6.2667
6	6.2952	1.0916	-3.0053	2.1553	-1.3814	1.8111	0.397	-0.6466	-0.8694	1.3782	0.2122	-1.3529	1.5204	1.6408	-0.6334	0.564	0.1261	-0.1396	0.3292	0.0495	0.3992	28.6916	-10.8353	11.0891
7	0.7221	-0.7253	0.8123	1.3064	-1.0915	1.151	0.1466	0.1705	0.0025	-0.3541	-0.1383	-0.0157	0.0913	0.0702	-0.0291	0.7014	0.234	-0.0662	0.3003	-0.0573	0.2207	26.963	-13.4631	-10.8082
8	1.2695	-1.0458	-2.3807	2.2687	2.5075	7.5453	-0.2054	0.0241	-0.3403	-0.1623	-0.2612	0.042	0.4904	-0.1626	0.4139	0.3185	-0.0305	-0.0794	0.0961	0.0094	0.2871	21.1927	-7.3598	10.2756
9	5.3708	-2.4059	-4.753	4.5187	1.1715	4.7664	0.3319	-0.5667	0.2511	-0.2869	0.0838	-1.3494	-0.0434	1.1819	-0.3794	0.2123	0.024	-0.0168	0.3391	-0.0699	0.4506	32.1788	-0.6669	1.7607
10	7.6552	-3.0577	-6.6482	5.6053	2.8189	7.9071	0.3736	0.2996	0.4709	-0.2684	-0.2729	0.2153	-0.6337	-0.2992	-0.2079	0.2844	0.0248	-0.0463	0.0887	-0.0199	0.1919	20.1539	3.0868	4.1827
11	2.7197	-1.2125	-1.3783	0.9663	2.1509	6.5047	0.0242	0.0981	0.3688	-0.2485	0.0119	0.1623	0.0562	-0.3299	-0.0586	0.2492	-0.0493	-0.0852	0.1006	-0.0271	0.2334	19.2064	-1.1778	-0.6978
12	4.3792	3.2947	-5.0625	8.3257	-6.3733	7.0338	-0.0362	0.2656	-0.1266	-0.447	0.1938	0.6599	0.8094	-0.3359	-0.1383	0.2654	0.0026	-0.0905	0.0828	0.0008	0.2959	19.6717	-7.907	2.2049
13	5.27	-0.2342	4.4958	8.7006	3.8933	5.7631	0.5783	1.4702	0.1211	-1.4736	-0.2869	-0.28	-0.4559	0.6426	-0.3194	0.58	0.1685	0.0743	0.3932	-0.0281	0.2509	28.1311	-5.4719	-11.9835
14	7.9765	-4.5856	-6.3097	6.33	5.6464	6.3253	0.3531	-0.1063	-0.0771	0.1407	-0.0925	-0.3851	0.2153	0.2041	-0.305	0.1964	0.0098	-0.0513	0.1663	-0.0067	0.2672	29.875	-3.7208	4.696
15	2.0686	-1.2087	-0.8155	5.0645	2.9326	5.2637	0.2471	0.1199	-0.0572	-0.1268	-0.1983	-0.5048	0.4162	0.0765	-0.3049	0.2401	0.0419	-0.1118	0.1275	-0.0032	0.3615	29.9975	-4.0795	6.0526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:50)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 51:85)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 86:129)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 130:141)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 142:159)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 1:7)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 8:17)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 18:32)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 33:45)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 46:56)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 57:75)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 76:82)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 83:90)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 91:98)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 99:117)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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