PDB-4fhb: Enhancing DHFR catalysis by binding of an allosteric regulator na...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fhb

タイトル

Enhancing DHFR catalysis by binding of an allosteric regulator nanobody (Nb179)

要素

Dihydrofolate reductaseジヒドロ葉酸レダクターゼ
Nb179

キーワード

Oxidoreductase/protein binding /

Nanobody (ナノボディ) /

Dihydrofolate reductase (ジヒドロ葉酸レダクターゼ) /

Allosteric activator (アロステリック効果) /

Reductase (還元酵素) / Oxidoreductase-protein binding complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methotrexate binding /

dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / dihydrofolate metabolic process /

NADP+ binding /

folic acid binding / folic acid metabolic process / glycine biosynthetic process /

ジヒドロ葉酸レダクターゼ /

dihydrofolate reductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Oyen, D.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Mechanistic analysis of allosteric and non-allosteric effects arising from nanobody binding to two epitopes of the dihyrofolate reductase of Escherichia coli.
著者: Oyen, D. / Wechselberger, R. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Barlow, J.N.

履歴

登録	2012年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fhb.cif.gz	123.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fhb.ent.gz	103.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fhb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eigC 4eizC 4ej1C 3k74 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ej1-1 4lee-2 3ong-2 6nx3-2 4qw2-2 3rfj-d 4iyt-d 6nx3-1 6u33-d 4q1q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (11) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

D: Nb179

ヘテロ分子

34.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.889, 72.889, 254.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase / ジヒドロ葉酸レダクターゼ分子量: 18019.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0ABQ4, ジヒドロ葉酸レダクターゼ
#2: 抗体	Nb179 分子量: 14880.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸 / 葉酸分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₇O₆
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M Na HEPES, 25% w/v PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月28日
放射	モノクロメーター: Bartels monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→44 Å / Num. all: 262820 / Num. obs: 10672 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→42.379 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	506	4.77 %	RANDOM
R_work	0.2174	-	-	-
all	0.2212	10599	-	-
obs	0.2212	10599	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.591 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8152 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.8152 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.6304 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.379 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2190	0	80	0	2270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.174	3183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.458	818
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	331
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-3.0818	0.3357	121	0.2465	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0818-3.5276	0.3542	126	0.2194	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5276-4.4436	0.2751	123	0.1982	2505	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0479	-0.6102	0.886	5.3433	-1.2253	1.725	-0.0694	0.5578	0.0568	-0.6277	0.0252	0.5229	-0.1271	0.1831	-0.1031	0.3666	-0.1118	0.0636	0.3426	-0.0568	0.2724	25.8863	-13.1973	19.5116
2	6.8251	-2.5396	1.4906	2.9717	1.1418	1.7454	0.3517	-0.1882	0.092	0.3427	-0.2253	0.9668	0.0433	-0.3722	-0.1882	0.2975	-0.0468	0.0816	0.3575	0.2404	0.7763	16.6695	-19.62	26.2122
3	3.7846	0.7925	-0.4485	4.7535	1.0173	1.581	-0.0731	0.3898	-0.9792	-0.8644	0.2469	0.9946	0.0104	-0.1325	0.0919	0.3958	-0.0457	-0.231	0.2686	-0.0008	0.8525	12.5431	-18.0086	9.9691
4	1.8858	0.0183	-1.8282	1.6606	0.6183	6.2825	0.0077	0.3052	-0.2662	-0.3819	0.1232	1.5068	-0.6893	-1.138	-0.3444	0.3512	0.0762	-0.122	0.2133	0.1238	0.8376	7.2947	-9.7791	12.6454
5	4.8148	-0.9572	0.0736	2.9638	-0.5502	2.5068	-0.2421	0.3968	1.0023	-0.0082	0.4793	0.3678	-0.7072	0.2392	-0.0816	0.7594	-0.1397	0.0531	0.2644	0.0291	0.5037	22.4023	-5.9481	20.2888
6	1.4911	-0.9792	-0.2054	2.3378	1.0583	2.6047	0.0099	-0.3073	0.3007	-0.0186	0.2434	0.4867	-0.8729	0.1553	-0.1399	0.3903	-0.035	0.2331	0.3192	0.0046	0.3978	24.0688	-12.1075	32.314
7	8.7749	-4.1839	0.0211	4.6258	-0.8783	7.078	0.0894	0.0761	0.6075	0.1948	-0.1449	-0.0942	-0.6601	-0.2689	-1.4843	0.7597	-0.0401	0.4074	0.269	0.0275	0.4907	18.583	-6.3395	30.5291
8	4.364	0.1282	0.6267	2.2151	0.9698	1.0852	0.0789	-1.0515	-0.1619	0.0413	0.0398	-0.0269	0.4619	-0.1383	0.0369	0.3054	0.0452	-0.0302	0.4349	-0.2528	0.3378	41.9313	0.3474	43.3629
9	2.3769	0.1012	0.1817	2.2022	0.5251	1.5266	-0.3976	-0.1872	0.5258	-0.3584	0.5671	-0.5184	-0.3398	0.5984	-0.012	0.4922	-0.0673	0.1489	0.2453	-0.3215	0.3183	46.5317	-2.5868	33.0343
10	1.1094	0.5243	1.7413	3.9233	1.3247	2.8015	0.0738	-0.4432	0.1218	-0.2191	0.355	-0.8111	-0.0044	0.2852	-0.3427	0.5063	0.0157	-0.0479	0.4642	-0.2753	0.334	47.6057	-4.4727	41.6411
11	6.2163	4.4744	3.9501	4.3857	2.6519	3.7444	-0.0054	-0.2872	0.7022	-0.0004	0.1304	-0.1875	-0.0204	0.0794	0.1755	0.5424	-0.053	0.0267	0.2534	-0.1329	0.3972	39.0899	0.2394	30.6528
12	4.9882	0.7261	5.6101	3.409	-0.6568	7.9222	-0.2664	0.1217	0.3357	-0.8309	0.5338	0.1512	-0.149	0.0231	-0.1553	0.5687	-0.0766	-0.041	0.4343	-0.201	0.4739	46.3101	5.8405	37.3542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:24)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 25:35)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 36:72)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 73:96)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 97:129)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 130:150)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 151:159)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resseq 3:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resseq 34:67)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 68:91)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 92:112)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resseq 113:129)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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