ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CBASSデータ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.6.0117精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 1QMV解像度 : 2.11→46.55 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.965 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.958 / SU B : 10.618 / SU ML : 0.126 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1 / ESU R : 0.174 / ESU R Free : 0.147 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT' U VALUES : RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.21364 7228 5 % RANDOM Rwork 0.19459 - - - obs 0.19556 136789 99.71 % - all - 144443 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 48.669 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 2.21 Å2 -0 Å2 -4.19 Å2 2- - -3.37 Å2 0 Å2 3- - - 0.4 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.11→46.55 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 13404 0 0 605 14009
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.005 0.02 13751 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg0.949 1.957 18646 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.244 5 1684 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg33.757 23.981 623 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.674 15 2261 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg6.502 15 60 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.066 0.2 2071 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.021 10458
LS精密化 シェル 解像度 : 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.319 542 - Rwork 0.302 9743 - obs - - 97.65 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 10) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.133 -0.7443 0.2939 1.8074 -0.4029 0.8327 0.0016 -0.0149 -0.0153 -0.0099 -0.0222 0.0087 -0.0877 0.0059 0.0206 0.0707 -0.0177 0.0893 0.1862 -0.0302 0.148 6.5953 36.511 64.9383 2 1.6081 -0.1636 1.0677 1.1252 -0.0554 1.8011 -0.0802 0.1649 0.1084 -0.1064 0.0295 -0.0748 -0.1814 0.2133 0.0506 0.1148 -0.0539 0.0896 0.2353 -0.003 0.1009 9.0941 48.5105 41.6369 3 1.519 0.5397 1.1556 1.5882 0.6657 2.1456 -0.1683 -0.1536 0.203 -0.2194 -0.0289 0.2659 -0.3041 -0.2133 0.1972 0.1287 0.0667 -0.0135 0.185 0.0031 0.119 -19.2984 46.5608 23.1823 4 1.3842 0.992 0.6661 3.215 0.738 1.7926 -0.2034 0.0633 0.0253 -0.501 0.1819 0.0873 -0.2672 0.0799 0.0215 0.2321 -0.0444 0.0114 0.1258 0.0437 0.0609 -16.1131 32.3907 0.9694 5 0.784 0.3437 0.3774 3.3362 0.1141 1.1586 -0.0892 0.0287 0.0925 -0.1791 0.0192 0.4536 -0.003 -0.0585 0.07 0.1211 -0.0184 -0.008 0.1304 -0.0082 0.1821 -32.0842 2.6509 0.8616 6 1.0165 -0.5355 0.4659 2.1804 -0.385 1.3218 0.0323 0.1032 -0.0235 -0.0905 0.0699 0.0331 0.0161 0.1114 -0.1023 0.1321 0.0052 0.0234 0.1943 -0.0298 0.071 -14.841 -17.7491 0.8299 7 1.292 -0.2677 0.7751 1.3491 -0.346 2.3182 0.0642 -0.0963 -0.103 -0.1604 0.0534 0.2193 0.1938 -0.1299 -0.1176 0.1043 0.0072 0.0251 0.1784 0.0097 0.1258 -13.0093 -35.0734 29.5013 8 1.0703 0.2231 0.9774 0.9644 0.3127 2.5552 0.0567 0.0528 -0.1051 -0.1305 0.0232 -0.1334 0.0745 0.1107 -0.0798 0.0834 0.0489 0.0772 0.1567 -0.0202 0.1617 10.8922 -32.6327 41.0893 9 0.9308 0.2383 0.2998 3.1963 0.5692 1.2238 0.0705 -0.0965 -0.0021 0.1771 -0.0228 -0.1456 0.0566 -0.073 -0.0477 0.0505 -0.0188 0.0459 0.1679 0.0165 0.1465 10.7086 -13.685 69.1868 10 0.9094 -0.0831 0.1086 3.2664 0.105 0.9237 -0.0021 0.0055 -0.013 0.0516 -0.0272 -0.5676 0.0181 0.0609 0.0293 0.0186 -0.0003 0.0486 0.1326 0.0127 0.286 25.3711 8.3094 67.5752
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A0 - 170 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B0 - 170 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C1 - 168 4 X-RAY DIFFRACTION 4 D0 - 170 5 X-RAY DIFFRACTION 5 E1 - 167 6 X-RAY DIFFRACTION 6 F0 - 169 7 X-RAY DIFFRACTION 7 G1 - 167 8 X-RAY DIFFRACTION 8 H0 - 169 9 X-RAY DIFFRACTION 9 I1 - 169 10 X-RAY DIFFRACTION 10 J0 - 169