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万見
- PDB-4ffz: Crystal Structure of DENV1-E111 fab fragment bound to DENV-1 DIII... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ffz
タイトルCrystal Structure of DENV1-E111 fab fragment bound to DENV-1 DIII (Western Pacific-74 strain).
要素
  • DENV1-E111 fab fragment (heavy chain)
  • DENV1-E111 fab fragment (light chain)
  • Envelope protein E
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / structural genomics / antibody fab fragment / Flavivirus / Dengue virus / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / immunoglobulin-like domain / viral envelope protein / virion / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Austin, S.K. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Differential Neutralization of DENV-1 Genotypes by an Antibody that Recognizes a Cryptic Epitope.
著者: Austin, S.K. / Dowd, K.A. / Shrestha, B. / Nelson, C.A. / Edeling, M.A. / Johnson, S. / Pierson, T.C. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.
履歴
登録2012年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
L: DENV1-E111 fab fragment (light chain)
H: DENV1-E111 fab fragment (heavy chain)
X: Envelope protein E
Y: DENV1-E111 fab fragment (light chain)
Z: DENV1-E111 fab fragment (heavy chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0596
ポリマ－119,0596
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope protein E
L: DENV1-E111 fab fragment (light chain)
H: DENV1-E111 fab fragment (heavy chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5303
ポリマ－59,5303
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
2
X: Envelope protein E
Y: DENV1-E111 fab fragment (light chain)
Z: DENV1-E111 fab fragment (heavy chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5303
ポリマ－59,5303
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.865, 52.013, 136.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21Y
12L
22Y
13H
23Z
14A
24X

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'L' and (resseq 1:106)) or (chain 'H' and (resseq 1:112))L0
211(chain 'Y' and (resseq 1:106)) or (chain 'Z' and (resseq 1:112))Y0
112chain 'L' and (resseq 107:212)L107 - 212
212chain 'Y' and (resseq 107:212)Y107 - 212
113chain 'H' and (resseq 113:212)H113 - 212
213chain 'Z' and (resseq 113:212)Z113 - 212
114chain 'A'A299 - 395
214chain 'X'X299 - 395

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 11999.771 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 573-679 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded
由来: (組換発現) Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
株: Nauru/West Pac/1974 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P17763, UniProt: Q88640*PLUS
#2: 抗体 DENV1-E111 fab fragment (light chain)


分子量: 23797.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 DENV1-E111 fab fragment (heavy chain)


分子量: 23732.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 6000, 0.1M MES, 1% glycerol., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.007 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.305
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 11029 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.8-3.9740.5141.9113841.04498.6
3.97-4.184.10.35513521.02998.2
4.18-4.444.10.23213561.03598.3
4.44-4.794.10.18613651.00898.8
4.79-5.274.10.15313761.00298.5
5.27-6.034.10.14413891.04898.3
6.03-7.594.10.11213961.04997.8
7.59-503.80.05614110.95295.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.7.3位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AEH,4FFY

4aeh

4ffy


解像度: 3.8→43.448 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.3 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2776 563 5.12 %
Rwork0.2366 --
obs0.2375 10996 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 84.262 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 245.83 Å2 / Biso mean: 158.043 Å2 / Biso min: 93.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9365 Å20 Å29.6015 Å2
2--39.7128 Å20 Å2
3----46.6493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→43.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8180 0 0 0 8180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85911424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3392994
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11L1794X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
12Y1794X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
21L831X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
22Y831X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
31H720X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
32Z720X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
41A745X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
42X745X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8004-4.18250.28611380.30882527266591
4.1825-4.78690.27291410.25662606274794
4.7869-6.02780.27091360.23022630276694
6.0278-40.62540.27751380.20552675281392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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