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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fdo | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with CT319 | ||||||
要素 | oxidoreductase DprE1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ALPHA+BETA / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / ペリプラズム / oxidoreductase activity / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å | ||||||
データ登録者 | Batt, S.M. / Besra, G.S. / Futterer, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Structural basis of inhibition of Mycobacterium tuberculosis DprE1 by benzothiazinone inhibitors. 著者: Batt, S.M. / Jabeen, T. / Bhowruth, V. / Quill, L. / Lund, P.A. / Eggeling, L. / Alderwick, L.J. / Futterer, K. / Besra, G.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fdo.cif.gz | 183 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fdo.ent.gz | 141.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fdo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/4fdo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52391.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: dprE1, MT3898, Rv3790 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P72056, UniProt: P9WJF1*PLUS, 酸化還元酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-0T5 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 36% ethylene glycol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月21日 / 詳細: Varimax |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→45.25 Å / Num. all: 23613 / Num. obs: 23613 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: DprE1 - monoclinic crystal form 解像度: 2.403→41.86 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.347 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.403→41.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 39.4006 Å / Origin y: 8.9742 Å / Origin z: 4.3822 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |