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- PDB-4f5c: Crystal structure of the spike receptor binding domain of a porci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f5c
タイトルCrystal structure of the spike receptor binding domain of a porcine respiratory coronavirus in complex with the pig aminopeptidase N ectodomain
要素
  • Aminopeptidase N
  • PRCV spike protein
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / virus entry / cellular receptor / aminopeptidase N / glycosylation / virus membrane / metalloprotease / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / peptide binding / virus receptor activity / angiogenesis / cell differentiation / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell ...alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / peptide binding / virus receptor activity / angiogenesis / cell differentiation / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD) / Zincin-like fold - #20 / Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Immunoglobulin-like - #1910 / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain ...Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD) / Zincin-like fold - #20 / Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Immunoglobulin-like - #1910 / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Zincin-like fold / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha Horseshoe / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminopeptidase N / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Porcine respiratory coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Santiago, C. / Reguera, J. / Gaurav, M. / Ordono, D. / Enjuanes, L. / Casasnovas, J.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural bases of coronavirus attachment to host aminopeptidase N and its inhibition by neutralizing antibodies.
著者: Reguera, J. / Santiago, C. / Mudgal, G. / Ordono, D. / Enjuanes, L. / Casasnovas, J.M.
履歴
登録2012年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
B: Aminopeptidase N
E: PRCV spike protein
F: PRCV spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,35429
ポリマ－314,5264
非ポリマー5,82825
水724
1
A: Aminopeptidase N
E: PRCV spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,16814
ポリマ－157,2632
非ポリマー2,90512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminopeptidase N
F: PRCV spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,18615
ポリマ－157,2632
非ポリマー2,92313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)220.859, 87.938, 176.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 99:140 or resseq 150:185 or resseq...
211chain B and (resseq 99:140 or resseq 150:185 or resseq...

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Aminopeptidase N / AP-N / pAPN / Alanyl aminopeptidase / Aminopeptidase M / AP-M / Microsomal aminopeptidase / gp130


分子量: 108896.977 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-963 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: ANPEP / 細胞株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P15145, membrane alanyl aminopeptidase
#2: タンパク質 PRCV spike protein / S protein


分子量: 48365.875 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 17-445) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine respiratory coronavirus (ウイルス)
株: HOL87 / 細胞株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q84852

-
糖 , 2種, 23分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.9 Å / Num. all: 56405 / Num. obs: 54019 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→24.912 Å / SU ML: 0.97 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 2732 5.07 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2034 51169 95.69 %-
all-53840 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.776 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4755 Å20 Å2-21.4329 Å2
2--3.3572 Å2-0 Å2
3---7.1184 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16697 0 366 4 17067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8823876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1646372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033020
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A6271X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B6271X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.25510.3641360.32592572X-RAY DIFFRACTION97
3.2551-3.31410.32431370.30372586X-RAY DIFFRACTION97
3.3141-3.37770.36891390.29042564X-RAY DIFFRACTION97
3.3777-3.44650.361270.28152568X-RAY DIFFRACTION97
3.4465-3.52120.31761360.26792591X-RAY DIFFRACTION97
3.5212-3.60290.28621630.24072519X-RAY DIFFRACTION97
3.6029-3.69270.25541350.22432558X-RAY DIFFRACTION97
3.6927-3.79230.25331130.22282571X-RAY DIFFRACTION96
3.7923-3.90340.2541400.21132515X-RAY DIFFRACTION96
3.9034-4.02890.29151660.20972577X-RAY DIFFRACTION97
4.0289-4.17230.25991410.19842557X-RAY DIFFRACTION96
4.1723-4.33850.21691230.18032555X-RAY DIFFRACTION96
4.3385-4.53480.23491580.17042528X-RAY DIFFRACTION96
4.5348-4.77230.20961430.16322540X-RAY DIFFRACTION95
4.7723-5.0690.19041270.15872553X-RAY DIFFRACTION95
5.069-5.45660.2051230.15942569X-RAY DIFFRACTION95
5.4566-5.99870.23091210.18862550X-RAY DIFFRACTION95
5.9987-6.85090.26011460.2122534X-RAY DIFFRACTION94
6.8509-8.57260.22581300.18262537X-RAY DIFFRACTION93
8.5726-24.91240.1981280.19192564X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3155-0.2861-0.63541.177-0.00571.67480.34490.7464-0.3957-0.6873-0.50140.40010.5853-0.16560.25980.99270.2111-0.14490.981-0.3730.78232.4084-54.6425-87.1212
23.2056-4.3773.89457.138-5.91845.0298-0.37940.50070.8223-0.22050.0752-0.311-0.56060.62680.25811.7128-0.3579-0.31211.6851-0.1761.167722.7127-68.9678-95.054
30.9197-0.46350.1740.7169-0.33041.0145-0.28340.29670.1052-0.3374-0.6412-0.26110.36970.00720.18970.87560.0201-0.0780.6362-0.35190.917133.8206-55.0567-86.7265
44.763-0.60373.05991.4952-0.64533.45270.20210.1127-0.0334-0.44030.0502-0.1498-0.302-0.13180.13970.56070.0555-0.0680.4086-0.23910.533430.5969-49.865-74.7175
51.0706-0.2676-0.26572.06960.41121.68390.1436-0.1011-0.50250.08970.2385-0.01290.3935-0.0567-0.25450.52180.0228-0.19120.3998-0.06230.450823.2931-49.6137-61.5001
61.5328-0.15060.89311.6460.18182.11110.19460.1887-0.1534-0.1228-0.04080.14660.2489-0.1652-0.17090.18560.0128-0.03990.3739-0.00360.298611.2934-28.1555-75.7457
72.49090.33561.69581.1217-0.26481.0737-0.1494-0.12140.3216-0.06840.05270.1857-0.1678-0.37750.06230.29690.09670.0850.38-0.06860.369114.0244-9.4169-60.8095
82.20350.31580.69821.5929-1.21642.15070.01270.2052-0.0631-0.2866-0.1407-0.2010.23750.18950.0750.35720.00930.0820.2733-0.05140.31542.0419-15.7824-56.6205
91.34330.0726-0.40561.11310.31661.1659-0.35620.25120.2189-1.0759-0.2945-0.2401-1.11070.2590.37581.5885-0.2252-0.3250.69470.53210.953679.3782-40.2721-55.9404
100.1076-0.0487-0.10480.79791.32382.0596-0.69020.04220.5999-0.8343-0.1689-0.6085-0.85730.7410.27252.1892-0.32790.01441.22340.38320.79387.1957-35.9586-61.5768
112.0253-0.68940.90441.21070.73842.2151-0.43010.72760.0519-1.078-0.3320.4025-0.7471-0.45050.41781.2268-0.1896-0.40590.43050.4860.73870.5243-45.2225-49.4972
120.5880.4340.15692.402-0.06030.993-0.25510.00680.4264-0.3572-0.08170.4926-0.3031-0.28890.25960.63070.0496-0.19590.45790.11190.744866.4547-50.2294-33.5724
131.0383-0.09760.33922.17910.61851.34860.01510.14670.2552-0.2063-0.1686-0.5759-0.26290.24510.13040.411-0.04790.02450.3960.12680.536386.6209-70.2005-37.5217
142.69-0.37170.48352.4734-0.52424.11810.33560.2715-0.3899-0.06950.1412-0.79270.00130.3269-0.02290.37540.05030.03390.6427-0.0070.700193.7295-87.8451-34.4266
151.958-0.18980.02710.8710.27381.62140.0117-0.1380.01910.1032-0.18490.0435-0.0694-0.06050.10850.3970.01080.04950.2640.00290.368363.3781-89.3663-31.6694
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173.27172.2208-3.4944.9198-3.84276.03850.103-0.2298-0.14130.44950.11810.21370.13810.5612-0.15990.49010.12090.14550.6140.08130.442215.0872-34.3986-19.1057
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215.92912.1053-1.763.35150.10522.78120.0451-0.2910.57210.2926-0.06560.2284-0.58010.1745-0.22080.6935-0.11330.09090.63320.17930.45638.7234-28.7616-19.7698
220.93370.60832.51784.53991.4656.7938-0.0048-0.59420.67471.02670.16230.1776-0.57660.4924-0.13051.1173-0.18170.04250.9146-0.04620.8571-0.6593-37.5054-4.9909
230.0986-0.0784-0.10190.04960.07340.10150.14210.0439-0.6754-0.44310.3353-0.73911.20440.8907-0.46041.12180.22470.19191.3913-0.48181.085632.5408-68.043321.3101
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250.42280.3285-0.59560.6161-1.04135.21710.1742-0.09040.32430.14440.2960.19410.2102-0.2367-0.10620.88810.08710.09111.0525-0.25760.943238.215-73.8516-4.9273
263.70052.20341.33742.58190.55210.55040.18610.2682-0.41330.02140.2299-0.28730.8061.1364-0.2281.19120.305-0.05591.2985-0.14180.863646.7848-79.125911.8733
276.5892.60864.51366.76521.46676.5128-0.3592-0.5288-0.8571-0.06740.127-0.55140.76180.08410.01190.83370.03920.26541.1125-0.19890.620642.3644-82.3122-4.1127
283.6447-1.1185-3.19352.5156-0.22394.5144-0.336-0.2318-0.58820.8634-0.02560.15520.34250.46960.24631.49740.0639-0.00371.4701-0.42311.36844.2879-77.391219.6245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 61:133)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 134:142)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 143:194)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 195:229)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 230:386)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 387:564)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 565:756)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 757:965)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 60:138)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 139:167)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 168:228)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 229:386)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 387:567)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 568:615)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 616:803)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 804:965)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 283:314)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 315:328)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 329:365)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 366:400)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain E and resid 401:422)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain E and resid 423:430)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 283:290)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 291:328)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain F and resid 329:366)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain F and resid 367:400)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain F and resid 401:416)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain F and resid 417:429)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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