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- PDB-6acx: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis Mfd in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6acx
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis Mfd in complex with ADP + Pi at 3.5 A resolution.
要素Mycobacterium smegmatis Mfd
キーワードHYDROLASE / Transcription repair coupling factor / Mfd / Transcription regulation / Transcription Coupled Nucleotide Excision Repair.
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily ...Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Transcription-repair-coupling factor / Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Putta, S. / Fox, G.C. / Walsh, M.A. / Rao, D.N. / Nagaraja, V. / Natesh, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentBT/HRD/35/02/19/2009 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for nucleotide-mediated remodelling mechanism of Mycobacterium Mfd
著者: Putta, S. / Prabha, S. / Bhat, V. / Fox, G.C. / Walsh, M.A. / Rao, D.N. / Nagaraja, V. / Natesh, R.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycobacterium smegmatis Mfd
B: Mycobacterium smegmatis Mfd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,2119
ポリマ－266,8772
非ポリマー1,3347
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 2 molecules in crystal asymmetric unit. Exists as monomer in physiological condition. Mild hexamer fraction exist along with monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area97140 Å2
2
A: Mycobacterium smegmatis Mfd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2496
ポリマ－133,4381
非ポリマー8105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area50080 Å2
手法PISA
3
B: Mycobacterium smegmatis Mfd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9623
ポリマ－133,4381
非ポリマー5232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area49020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.659, 160.440, 214.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mycobacterium smegmatis Mfd


分子量: 133438.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cloned from Genomic DNA of Mycobacterium smegmatis
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: mfd / プラスミド: pETMsMfd
詳細 (発現宿主): Amplified from Genomic DNA, Cloned into pET28a
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: I7G7M2, UniProt: A0R3C5*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 100mM HEPES sodium pH 7.2, 0.2M Na2So4, 20% PEG3350 / PH範囲: 7.2 - 7.5 / Temp details: Room temperatur

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo Strem
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年3月1日 / 詳細: HELIOS MX
放射モノクロメーター: HELIOS MX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→31.73 Å / Num. obs: 35989 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 43.755 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.245 / Rsym value: 0.22 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.66 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4329 / CC1/2: 0.353 / Rpim(I) all: 0.305 / Rrim(I) all: 0.711 / Rsym value: 0.637 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: 000)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AC8

6ac8


解像度: 3.5→30.103 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 1768 4.92 %
Rwork0.2262 --
obs0.2286 35902 96.64 %
原子変位パラメータBiso mean: 69.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30.103 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17165 0 79 105 17349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52423989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.71810565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-3.59460.3581230.30632588X-RAY DIFFRACTION97
3.5946-3.70020.33081230.27682610X-RAY DIFFRACTION97
3.7002-3.81940.30831570.26192564X-RAY DIFFRACTION96
3.8194-3.95560.30511190.2572584X-RAY DIFFRACTION96
3.9556-4.11360.28981310.24132593X-RAY DIFFRACTION96
4.1136-4.30030.25121260.22492574X-RAY DIFFRACTION96
4.3003-4.52630.25521260.21242605X-RAY DIFFRACTION96
4.5263-4.80890.27381590.20422531X-RAY DIFFRACTION95
4.8089-5.17840.26471360.21582580X-RAY DIFFRACTION95
5.1784-5.69640.30351290.22672588X-RAY DIFFRACTION95
5.6964-6.51340.25671440.22692677X-RAY DIFFRACTION97
6.5134-8.17880.25731360.21262770X-RAY DIFFRACTION100
8.1788-30.10380.22731590.18132870X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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