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- PDB-4f4k: DNA Polymerase I Large Fragment Complex 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f4k
タイトルDNA Polymerase I Large Fragment Complex 6
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3')
  • DNA polymerase
キーワードTransferase/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / closed form / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 ...DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wang, W. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Structures of a High-fidelity DNA Polymerase
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis.
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
履歴
登録2012年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
D: DNA polymerase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,26812
ポリマ－148,3156
非ポリマー9526
水25,8701436
1
A: DNA polymerase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2544
ポリマ－74,1583
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27420 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0148
ポリマ－74,1583
非ポリマー8565
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.810, 109.220, 150.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 287-878 / 変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
遺伝子: polA, GK2730 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3')


分子量: 2675.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 3991.610 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Template Strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 1442分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN THE UNIPROT DATABASE. IT DIFFERS FROM UNP Q5KWC1 BY THIS SINGLE RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 53% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 100mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 187320 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 27.797 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 21.29
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.690.5043.61170828304611100
1.69-1.810.2776.4418304131868199.9
1.81-1.950.1779.379758417867163.9
1.95-2.140.08518.2215711027190199.9
2.14-2.390.05525.7310457118583177.6
2.39-2.760.04133.5812395421442199.9
2.76-3.380.03341.0110352418117199.7
3.38-4.780.0346.967719913999198.3
4.78-500.02752.85425247793196.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1026精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2HVI

2hvi


解像度: 1.6→30.062 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.15 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 8168 4.55 %Inherited free reflections from 2HVI plus 5% randomly generated reflections beyond 1.98 resolution
Rwork0.1709 ---
obs0.1719 179455 88.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.12 Å2 / Biso min: 5.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9294 828 54 1436 11612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35314452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.394101
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61820.26762890.23465483577286
1.6182-1.63720.262940.2255582587688
1.6372-1.65720.24463000.21395697599789
1.6572-1.67820.25533040.21195788609290
1.6782-1.70020.23463030.20075748605191
1.7002-1.72350.23833120.19425938625092
1.7235-1.74810.2313130.18875938625193
1.7481-1.77420.23143150.18745986630193
1.7742-1.8020.21413170.18016017633494
1.802-1.83150.21783170.17916035635295
1.8315-1.86310.20773200.17576070639095
1.8631-1.89690.20972580.17584910516887
1.9334-1.97290.23792210.17624196441786
1.9729-2.01580.18782320.17086297652997
2.0158-2.06270.18222260.16216434666098
2.0627-2.11420.16952450.15796398664399
2.1142-2.17140.18122580.15866390664899
2.1714-2.23520.1692440.15925096534093
2.2352-2.30740.1864840.15812510259488
2.3074-2.38980.18262630.15896457672099
2.3898-2.48540.19352580.16296468672699
2.4854-2.59850.20052690.16466453672299
2.5985-2.73540.20342790.1726481676099
2.7354-2.90670.20812920.17696471676399
2.9067-3.13090.19083110.17876491680299
3.1309-3.44550.17883370.16576456679399
3.4455-3.94320.17483260.15656386671297
3.9432-4.96430.16993390.14566515685499
4.9643-30.06750.19953420.19716596693897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.72971.07940.28772.06040.18341.72630.04670.2771-0.4340.12730.0898-0.11360.52080.2058-0.13980.45780.1190.02470.2522-0.02960.2504119.8704-59.792725.3716
24.1722.1304-1.06273.2908-0.50931.4402-0.15670.70320.1336-0.32030.24640.28550.14950.0053-0.10440.32520.0481-0.02230.34030.01850.1543113.6922-52.047516.9618
30.7702-0.35860.14391.344-0.19161.949-0.1192-0.22240.02040.32350.1098-0.02520.25210.46850.00560.1989-0.0492-0.030.14940.00860.1488117.549-38.616646.5338
40.7813-0.9999-0.14012.185-0.14250.9175-0.0499-0.06750.00510.02940.07020.14150.0235-0.004-0.00460.2468-0.0439-0.00680.1395-0.00770.164104.7292-23.931649.1826
51.1066-0.0382-0.17651.35480.44351.3434-0.0383-0.1770.12570.32110.078-0.2504-0.03530.80560.00370.2567-0.0503-0.0590.40610.01460.1757128.0116-32.9642.3088
61.3111-0.8033-1.03542.50060.2131.32220.0132-0.38910.37850.15760.2784-0.4756-0.44870.5734-0.2620.3809-0.14360.00430.446-0.07880.3109128.7731-14.337732.5998
70.72960.7116-0.33341.14720.13042.6338-0.0955-0.1755-0.05310.2835-0.0452-0.5059-0.01061.02770.12290.23510.0266-0.06630.6290.03660.2383133.7937-36.535740.5182
81.6078-0.26530.26071.67320.50231.42370.04410.0503-0.1711-0.07440.0098-0.08230.16950.1528-0.04330.09930.0352-0.01170.0884-0.01420.0875137.9593-47.8155-9.4004
90.44450.298-0.03631.4497-0.60980.8892-0.06750.17420.09-0.3810.15970.1112-0.0055-0.0577-0.09270.18030.00310.00520.1410.00130.1245122.5716-20.2746-30.9265
100.9072-0.0829-0.08511.16280.70711.2260.0310.0910.2228-0.1171-0.06540.0996-0.1871-0.08430.02980.07390.0086-0.00170.09170.01580.1298118.1781-18.3224-8.7915
114.2912-0.5163-0.24171.4787-0.89181.3324-0.30060.15090.1022-0.34060.21510.3797-0.026-0.0980.14450.3323-0.0432-0.0740.1688-0.0330.2615108.8787-28.07640.048
122.93841.3995-0.81542.9080.01671.8177-0.02680.01160.442-0.4285-0.11260.3192-0.35770.07230.17720.27840.0048-0.05950.18810.02390.1893109.6167-28.060537.93
133.35761.3438-2.05491.2949-0.36654.0603-0.09490.30840.2146-0.19990.1189-0.42710.13570.1174-0.06820.160.03680.04030.11710.03520.2659129.739-18.4855-26.9751
141.0328-0.7023-0.49110.938-0.57681.99130.09320.16330.2545-0.29840.0723-0.3116-0.34010.2681-0.13240.1711-0.04720.06940.16340.01290.1894131.3613-17.3644-24.0291
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 298:409)A298 - 409
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 410:467)A410 - 467
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 468:522)A468 - 522
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 523:604)A523 - 604
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 605:676)A605 - 676
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 677:780)A677 - 780
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 781:876)A781 - 876
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resseq 298:467)D298 - 467
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resseq 468:604)D468 - 604
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resseq 605:876)D605 - 876
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 21:29)B21 - 101
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 2:12)C2 - 12
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resseq 21:29)E21 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resseq 1:12)F1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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