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- PDB-4f2m: Crystal structure of a TGEV coronavirus Spike fragment in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2m
タイトルCrystal structure of a TGEV coronavirus Spike fragment in complex with the TGEV neutralizing monoclonal antibody 1AF10
要素
  • (monoclonal antibody 1AF10, ...) x 2
  • Spike protein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / beta-barrel / immunoglobulin / virus entry / virus neutralization / cellular receptor / aminopeptidase N / glycosylation / virus membrane / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD) / Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 ...Coronavirus S1 glycoprotein, central receptor binding domain (RBD) / Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
TGEV virulent Purdue (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Reguera, J. / Santiago, C. / Mudgal, G. / Ordono, D. / Enjuanes, L. / Casasnovas, J.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural bases of coronavirus attachment to host aminopeptidase N and its inhibition by neutralizing antibodies.
著者: Reguera, J. / Santiago, C. / Mudgal, G. / Ordono, D. / Enjuanes, L. / Casasnovas, J.M.
履歴
登録2012年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: monoclonal antibody 1AF10, heavy chain
B: monoclonal antibody 1AF10, light chain
C: monoclonal antibody 1AF10, heavy chain
D: monoclonal antibody 1AF10, light chain
E: Spike protein
F: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,67713
ポリマ－140,6386
非ポリマー2,0397
水362
1
A: monoclonal antibody 1AF10, heavy chain
B: monoclonal antibody 1AF10, light chain
E: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2286
ポリマ－70,3193
非ポリマー9093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: monoclonal antibody 1AF10, heavy chain
D: monoclonal antibody 1AF10, light chain
F: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4497
ポリマ－70,3193
非ポリマー1,1304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.770, 106.050, 103.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Spike protein


分子量: 23191.023 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 481-650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TGEV virulent Purdue (ウイルス) / 株: SC11 / 遺伝子: S / プラスミド: pBJ5-GS / 細胞株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q0PKZ5

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 monoclonal antibody 1AF10, heavy chain


分子量: 23643.396 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Fab fragment prepared by papain digestion / Cell: hybridoma
#2: 抗体 monoclonal antibody 1AF10, light chain


分子量: 23484.758 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Fab fragment prepared by papain digestion / Cell: hybridoma

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M 1,2,3-octanetriol isomer T, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. all: 35787 / Num. obs: 33913 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4997 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→25 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1 / 位相誤差: 27.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 1704 5.05 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.2178 33913 94.7 %-
all-35787 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.586 Å2 / ksol: 0.264 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9591 Å2-0 Å215.3985 Å2
2--14.9343 Å20 Å2
3----5.9752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8862 0 134 2 8998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20712549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.5985612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.04680.4021510.35652577X-RAY DIFFRACTION85
3.0468-3.09670.3921390.33782558X-RAY DIFFRACTION85
3.0967-3.150.36791250.32662597X-RAY DIFFRACTION85
3.15-3.20710.3461430.3092565X-RAY DIFFRACTION85
3.2071-3.26870.30731550.29392545X-RAY DIFFRACTION86
3.2687-3.33530.35151330.29072587X-RAY DIFFRACTION84
3.3353-3.40760.24861430.26632520X-RAY DIFFRACTION85
3.4076-3.48670.30491650.26232533X-RAY DIFFRACTION85
3.4867-3.57360.27951220.26992583X-RAY DIFFRACTION84
3.5736-3.66990.32231140.26542560X-RAY DIFFRACTION84
3.6699-3.77750.34131280.25782577X-RAY DIFFRACTION84
3.7775-3.8990.24971210.23752538X-RAY DIFFRACTION84
3.899-4.03780.251380.21662538X-RAY DIFFRACTION85
4.0378-4.19870.24851300.19852540X-RAY DIFFRACTION83
4.1987-4.38880.22431370.18082517X-RAY DIFFRACTION83
4.3888-4.61870.2211480.16762527X-RAY DIFFRACTION83
4.6187-4.9060.17391210.15522521X-RAY DIFFRACTION83
4.906-5.28130.21451520.16762889X-RAY DIFFRACTION95
5.2813-5.80650.20221510.17613012X-RAY DIFFRACTION100
5.8065-6.63240.28481480.21093012X-RAY DIFFRACTION100
6.6324-8.30270.22991680.19173020X-RAY DIFFRACTION100
8.3027-24.64270.17861620.1852880X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3748-0.3961-0.83041.16740.25281.09980.01010.01830.07390.01630.1054-0.0672-0.19290.123400.2288-0.0504-0.10710.2080.0450.1789-93.444318.5847102.7875
21.44371.0591-0.56960.9689-0.00750.4458-0.02920.47160.0388-0.1233-0.15740.21180.217-0.44610.00580.3557-0.1239-0.07380.3675-0.0870.3232-107.61261.951398.1823
30.9779-0.11110.00081.3940.36921.24140.1708-0.4690.47-0.03190.1927-0.059-0.32690.20870.00050.4689-0.09470.1070.2477-0.15810.3985-10.314813.408632.7423
41.2268-1.64720.0551.47740.45450.8882-0.2011-0.2259-0.22860.17560.16760.22470.3126-0.2440.01450.3086-0.1196-0.01410.247-0.03870.331-15.2107-7.265425.7649
50.54380.139-0.68740.79510.38130.73830.49720.25210.48090.6044-0.20910.9901-0.5163-0.6540.0270.4855-0.07830.2630.5153-0.01920.8123-125.704628.1846118.834
61.12550.0814-1.93051.0908-0.61232.43590.33240.81830.288-0.37350.04911.2398-0.2263-1.02031.10690.41080.1212-0.1660.92640.17531.0381-134.414425.7389105.4055
71.03970.50611.10050.96660.06312.04480.23880.04540.3756-0.26280.0908-0.4963-0.01750.7601-0.04030.5088-0.22190.21110.6325-0.18030.579321.22030.600215.6874
80.9747-0.6308-0.27610.2969-0.07140.80120.146-0.70090.2064-0.04290.1452-0.0092-0.03310.58220.00890.3582-0.0567-0.04040.5814-0.160.207120.4281-12.770423.9432
91.497-1.4135-0.9186-0.6252-0.04990.9096-0.10520.75920.0372-0.0914-0.2199-0.05370.23-0.3286-0.00010.5259-0.05910.17750.4330.01590.4864-71.2531-0.255374.8216
102.2910.0329-1.61610.755-0.06621.85490.28440.74060.36110.14590.0628-0.0164-0.4247-0.37570.05260.39640.06530.03340.7461-0.01730.2267-45.41372.350750.2086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:122
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 1:108
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 1:122
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 1:108
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 123:219
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 109:213
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and resid 123:220
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and resid 109:211
9X-RAY DIFFRACTION9chain E
10X-RAY DIFFRACTION10chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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