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万見
- PDB-4f24: Crystal structures reveal the multi-ligand binding mechanism of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f24
タイトルCrystal structures reveal the multi-ligand binding mechanism of the Staphylococcus aureus ClfB
要素Clumping factor B
キーワードCELL ADHESION / Dev-IgG fold / CK10 / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide ...: / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.509 Å
データ登録者Yang, M.J. / Xiang, H. / Wang, J.W. / Liu, B. / Chen, Y.G. / Liu, L. / Deng, X.M. / Feng, Y.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures Reveal the Multi-Ligand Binding Mechanism of Staphylococcus aureus ClfB
著者: Xiang, H. / Feng, Y. / Wang, J.W. / Liu, B. / Chen, Y.G. / Liu, L. / Deng, X.M. / Yang, M.J.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clumping factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9976
ポリマ－39,8761
非ポリマー1225
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.423, 94.423, 86.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Clumping factor B / Fibrinogen receptor B / Fibrinogen-binding protein B


分子量: 39875.512 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 197-542 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: clfB, SAR2709 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GDH2
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M LiSO4, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 30% polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.509→47.211 Å / Num. all: 13816 / Num. obs: 13816 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 61.11 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.5079-2.7026197
2.7026-2.9746198
2.9746-3.40491100
3.4049-4.28931100
4.2893-47.21981100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F27

4f27


解像度: 2.509→42.227 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2887 687 4.97 %
Rwork0.2329 --
obs0.2355 13815 99.06 %
all-13816 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.951 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 188.64 Å2 / Biso mean: 76.1017 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1286 Å2-0 Å20 Å2
2---2.1286 Å2-0 Å2
3---4.2572 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.509→42.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 5 0 2579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1693536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.762931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005466
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5089-2.70260.32831350.29042516265197
2.7026-2.97450.36691360.26692552268898
2.9745-3.40480.3141420.239125952737100
3.4048-4.2890.25911410.200126592800100
4.289-42.23320.2761330.237128062939100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.914 Å / Origin y: -13.0685 Å / Origin z: 9.3452 Å
111213212223313233
T0.204 Å20.0202 Å2-0.0724 Å2-0.3388 Å2-0.024 Å2--0.2326 Å2
L1.6986 °2-0.0815 °20.0605 °2-4.5055 °21.2345 °2--2.0999 °2
S0.0472 Å °0.1262 Å °-0.3141 Å °-0.1439 Å °-0.2741 Å °-0.0405 Å °0.1351 Å °-0.4096 Å °0.1396 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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