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万見
- PDB-4f1v: Subatomic resolution structure of a high affinity periplasmic pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f1v
タイトルSubatomic resolution structure of a high affinity periplasmic phosphate-binding protein (PfluDING) bound with phosphate at pH 8.5
要素Putative alkaline phosphatase
キーワードPHOSPHATE-BINDING PROTEIN / venus flytrap / phosphate binding protein / pstS / DING
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transmembrane transport / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phosphate ABC transporter, substrate-binding protein PstS / : / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROGENPHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein PstS
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.88 Å
データ登録者Liebschner, D. / Elias, M. / Tawfik, D.S. / Moniot, S. / Fournier, B. / Scott, K. / Jelsch, C. / Guillot, B. / Lecomte, C. / Chabriere, E.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The molecular basis of phosphate discrimination in arsenate-rich environments.
著者: Elias, M. / Wellner, A. / Goldin-Azulay, K. / Chabriere, E. / Vorholt, J.A. / Erb, T.J. / Tawfik, D.S.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Elucidation of the phosphate binding mode of DING proteins revealed by subangstrom X-ray crystallography.
著者: Liebschner, D. / Elias, M. / Moniot, S. / Fournier, B. / Scott, K. / Jelsch, C. / Guillot, B. / Lecomte, C. / Chabriere, E.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年5月23日ID: 3G63
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32012年10月17日Group: Database references
改定 1.42012年11月21日Group: Database references
改定 1.52017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative alkaline phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3113
ポリマ－39,1191
非ポリマー1922
水24,6451368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.960, 124.900, 40.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative alkaline phosphatase


分子量: 39119.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: SBW25 / 遺伝子: PFLU_2427 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3K8K1
#2: 化合物 ChemComp-PI / HYDROGENPHOSPHATE ION / 水素ホスファ-ト


分子量: 95.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO4P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.75 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.88→62.5 Å / Num. obs: 254891 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G63

3g63
PDB 未公開エントリ


解像度: 0.88→62.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.534 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13981 10362 4 %RANDOM
Rwork0.12542 ---
obs0.126 248683 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å2-0.11 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.88→62.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2679 0 10 1368 4057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0561.9394875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9537365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7265520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.16225.259135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26915490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5981513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02809
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.66236753
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.8285674
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.8457325
LS精密化 シェル解像度: 0.88→0.903 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 741 -
Rwork0.296 17832 -
obs--96.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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