PDB-4f0b: Crystal structure of the glutathione transferase URE2P1 from Phan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f0b

タイトル

Crystal structure of the glutathione transferase URE2P1 from Phanerochaete chrysosporium.

要素

THIOL TRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / THIOL TRANSFERASE / GST fold / oxydized glutathione

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Phanerochaete chrysosporium (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Didierjean, C. / Favier, F. / Roret, T.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Atypical features of a Ure2p glutathione transferase from Phanerochaete chrysosporium.
著者: Thuillier, A. / Roret, T. / Favier, F. / Gelhaye, E. / Jacquot, J.P. / Didierjean, C. / Morel-Rouhier, M.

履歴

登録	2012年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f0b.cif.gz	201.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f0b.ent.gz	162.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gxoS 4f0c S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x85-2 7kp9-d 7d6a-1 6xm8-d 3gx0-1 6op0-d 4iel-2 3vwx-1 2zjc-d 1jtz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (8) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: THIOL TRANSFERASE

B: THIOL TRANSFERASE

ヘテロ分子

52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.907, 53.947, 165.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	THIOL TRANSFERASE 分子量: 25440.002 Da / 分子数: 2 / 断片: PcUre2p1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7A570*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / 酸化型グルタチオン分子量: 612.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂N₆O₁₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: 20% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG-4000, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, MICROBATCH, temperature 277K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.980557 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→48.65 Å / Num. all: 77259 / Num. obs: 77259 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 81.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GXO

3gxo

解像度: 1.45→45.169 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1649	3868	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1408	-	-	-
all	0.142	77182	-	-
obs	0.142	77182	94.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.934 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2988 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.6376 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3388 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3542	0	92	516	4150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.456	5286
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.95	1458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	703

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4675	0.2655	94	0.1852	1736	X-RAY DIFFRACTION	65
1.4675-1.4861	0.2019	111	0.1724	2088	X-RAY DIFFRACTION	75
1.4861-1.5056	0.1809	116	0.1673	2285	X-RAY DIFFRACTION	84
1.5056-1.5262	0.1701	150	0.151	2579	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5262-1.5481	0.1638	136	0.1394	2630	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5481-1.5712	0.1653	126	0.136	2619	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5712-1.5957	0.1504	120	0.1257	2613	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5957-1.6219	0.1452	126	0.1248	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6219-1.6498	0.1451	132	0.1216	2620	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6498-1.6798	0.1408	137	0.1207	2635	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6798-1.7122	0.1485	145	0.1171	2600	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7122-1.7471	0.1494	144	0.1204	2659	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7471-1.7851	0.1345	146	0.1166	2623	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7851-1.8266	0.1311	133	0.1159	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8266-1.8723	0.1434	138	0.1272	2654	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8723-1.9229	0.1656	139	0.1331	2694	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9229-1.9795	0.1826	169	0.1323	2631	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9795-2.0434	0.1649	137	0.1343	2683	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0434-2.1164	0.1615	129	0.1348	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1164-2.2012	0.159	143	0.1323	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2012-2.3014	0.1519	165	0.1329	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3014-2.4227	0.1451	139	0.1387	2717	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4227-2.5745	0.1758	152	0.1402	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5745-2.7732	0.1628	147	0.1448	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7732-3.0522	0.1612	149	0.1454	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0522-3.4937	0.1542	148	0.1369	2781	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4937-4.4012	0.1619	150	0.1401	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4012-45.1912	0.2296	147	0.1918	2981	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7179	0.0373	0.0443	0.5742	-0.1096	0.5193	-0.0832	-0.3456	-0.1662	0.1947	0.0195	-0.0681	0.1202	0.1143	-0.0351	0.0943	0.0275	-0.0106	0.1469	0.0365	0.0657	41.1646	26.1472	36.6476
2	1.9651	0.7313	0.5186	0.949	0.2796	1.0145	-0.0954	-0.1846	-0.2395	0.0116	0.0304	-0.061	0.1751	0.0482	-0.0325	0.1358	0.0007	0.0164	0.1266	0.0501	0.0806	32.3554	20.7882	36.1057
3	1.4328	0.4857	-0.2666	1.2321	-0.5636	1.1203	-0.0441	-0.2302	-0.0905	0.0999	0.0593	0.1124	0.0792	-0.3151	0.0086	0.0822	-0.0187	0.0108	0.1466	0.0367	0.061	22.543	24.0651	34.8601
4	0.847	0.0699	-0.0496	0.6128	0.0076	1.0116	0.0393	-0.4463	0.0708	0.1374	-0.0249	-0.0289	-0.0024	0.0729	-0.0085	0.076	0.0007	-0.0049	0.1447	-0.0042	0.0333	36.596	35.5277	36.9717
5	0.9428	-0.6995	0.159	3.4473	-0.9482	0.5881	0.0234	-0.3678	0.1342	0.2424	-0.0074	-0.0793	-0.2051	0.1912	0.0101	0.1135	-0.0178	-0.0269	0.1798	-0.0446	0.1111	49.4103	42.405	32.7402
6	1.3029	0.1847	0.3938	1.4857	0.615	1.5523	-0.0452	0.0009	0.0945	0.0244	0.0576	-0.1495	-0.1089	0.1273	-0.0119	0.0413	0.0012	-0.0039	0.0432	-0.0069	0.0513	41.8471	41.3365	22.1894
7	0.9062	0.0722	0.0415	1.2554	0.1431	1.1917	0.0319	0.0029	-0.2047	-0.0928	0.0251	0.0321	0.2015	-0.1094	0.0097	0.0824	-0.0111	-0.0209	0.038	0.004	0.0867	28.8746	21.1201	13.4199
8	1.9073	0.5851	0.3232	0.6176	0.0728	0.5646	0.0011	0.0357	-0.1592	-0.0806	0.0009	-0.0467	0.0539	0.0304	-0.0154	0.0661	0.0101	0.0057	0.0303	-0.0071	0.0524	37.6136	28.3407	8.034
9	1.2915	-0.0391	-0.1228	0.5454	-0.039	1.0476	-0.002	-0.039	-0.0724	-0.0402	0.0226	-0.0341	0.1012	0.1335	-0.0061	0.0439	0.0108	0.0014	0.0528	0.0013	0.0543	46.2788	28.8018	20.4047
10	0.8424	-0.0613	-0.1083	0.594	-0.2782	1.4834	-0.0076	-0.0514	-0.1906	-0.0167	-0.0104	-0.0357	0.2319	0.1816	0.0178	0.081	0.0307	0.0084	0.0648	0.0069	0.1068	48.1865	22.1164	20.5626
11	0.681	-0.171	0.126	0.7696	0.3682	1.0801	0.0208	0.0628	0.2978	-0.0367	0.0093	-0.0593	-0.2421	-0.0125	0.0104	0.0767	-0.0021	0.0109	0.0188	-0.0111	0.1076	31.518	56.225	15.3985
12	0.695	-0.0565	-0.1204	2.8502	2.2575	2.8591	0.0161	0.0906	0.1185	-0.0773	0.0139	-0.0825	-0.1874	-0.1193	0.0225	0.0917	0.0042	0.0048	0.055	0.0068	0.0644	32.704	52.3485	6.075
13	0.8127	-0.0134	-0.089	0.5241	0.072	1.0097	0.0081	0.0032	0.0911	-0.0245	0.0037	-0.0576	-0.087	0.0919	-0.0068	0.0423	-0.0094	0.0073	0.0259	0.0017	0.0607	39.4509	48.4489	12.436
14	1.3061	-0.7636	0.6419	1.4369	-1.0071	1.767	-0.0273	-0.1445	0.2718	0.073	-0.036	-0.2201	-0.2845	0.1787	0.0274	0.1214	-0.0233	-0.0028	0.1452	-0.0645	0.1237	33.9867	53.9384	34.0432
15	1.0197	0.222	0.5885	0.7716	0.5262	1.6971	0.019	-0.0401	0.0149	-0.0042	-0.0197	0.0463	0.0438	-0.0517	0.0028	0.0235	0.0015	0.008	0.0179	0.007	0.0412	25.7609	36.375	19.0602
16	0.7752	-0.0331	-0.03	1.5079	0.9788	1.8553	0.037	-0.0755	-0.0464	0.0274	-0.0579	0.0619	0.0348	-0.1453	0.0218	0.0337	-0.0152	-0.0033	0.0648	0.0143	0.0581	17.2122	31.6555	20.6909
17	1.6733	0.3309	-0.6722	1.0766	-0.4635	1.7175	0.0975	-0.0773	0.1272	0.1177	-0.0546	0.1738	0.025	-0.2647	-0.0162	0.0722	-0.0068	0.0172	0.1155	-0.0512	0.072	19.7919	48.7585	32.0301
18	1.9194	0.3182	-0.4126	1.7432	-0.0137	0.3971	-0.0296	0.0294	0.0954	-0.0787	-0.0294	0.0763	-0.0309	-0.1828	-0.0005	0.0393	0.0025	0.0094	0.0432	-0.0044	0.0419	20.6101	44.5912	17.8407
19	0.8663	0.4129	-0.184	1.0866	-0.2756	0.4538	0.0165	-0.0164	0.1559	-0.0435	-0.0236	0.149	-0.0766	-0.0833	-0.0186	0.0624	0.0156	-0.0015	0.0793	-0.0104	0.0841	15.6624	49.6131	19.4797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 34:49)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 50:72)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 73:95)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 96:108)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 109:124)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 125:144)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 145:166)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 167:193)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 194:224)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 5:33)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 34:49)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 50:95)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 96:108)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 109:144)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 145:166)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 167:177)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 178:193)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 194:224)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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