PDB-4ezt: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezt

タイトル

Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with heliocin (residues 14 to 21)

要素

Chaperone protein DnaK
Heliocin

キーワード

CHAPERONE/PEPTIDE BINDING PROTEIN / chaperone / peptide binding / CHAPERONE-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Heliothis virescens (蝶・蛾)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PDB ENTRY 1DKZ / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zahn, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Studies on the Forward and Reverse Binding Modes of Peptides to the Chaperone DnaK.
著者: Zahn, M. / Berthold, N. / Kieslich, B. / Knappe, D. / Hoffmann, R. / Strater, N.

履歴

登録	2012年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezt.cif.gz	98.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezt.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ezt_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ezt_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	4ezt_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	4ezt_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eznC 4ezoC 4ezpC 4ezqC 4ezrC 4ezwC 4ezxC 4ezyC 4ezzC 4f00C 4f01C 4hy9C 4hybC 1dkx 1dky 1dkz 3dpo 3dpp 3dpq 3qnj 4e81 4ezs 4ezu 4ezv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dkz-2 4ezr-1 4ezy-1 4ezs-1 1dkx-2 4ezq-1 4ezz-1 4f00-1 4ezu-1 4ezv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

A: Chaperone protein DnaK

B: Heliocin

ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.676, 116.618, 37.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 23820.777 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0014, dnaK, groP, grpF, JW0013, seg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド	Heliocin 分子量: 1184.504 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-21 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in Heliothis virescens. C-terminus is amidated. 由来: (合成) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P83427
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日
放射	モノクロメーター: Si - 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. obs: 14621 / % possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.036
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.387 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
REFMAC	with PDBID 1DKZ	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	with PDBID 1DKZ	位相決定

精密化

構造決定の手法: PDB ENTRY 1DKZ / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 11.591 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27075	732	5 %	RANDOM
R_work	0.2201	-	-	-
obs	0.22259	13869	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.923 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1721	0	0	36	1757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.972	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.097	5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.67	26.42	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.327	15	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.186	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	48	-
R_work	0.255	892	-
obs	-	-	97.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1581	8.1036	7.4359	22.0564	20.0824	18.3157	-0.0397	0.0958	-0.1139	-0.2848	0.2946	-0.3871	-0.2645	0.2435	-0.2549	0.1941	-0.0313	-0.0379	0.1624	-0.0115	0.4092	63.0371	115.2884	38.7754
2	1.8674	1.0063	-0.0561	3.848	-0.8371	0.9339	0.2505	0.0286	0.0537	-0.35	-0.2813	0.0031	0.0836	0.1999	0.0307	0.1496	0.1014	-0.0091	0.1561	-0.0355	0.0899	58.8998	93.1489	31.5243
3	3.4996	3.2393	-0.4297	5.4258	-0.3445	0.4517	0.254	-0.1008	0.299	-0.1238	-0.3918	0.0216	0.0038	0.2716	0.1379	0.1249	0.0826	0.0659	0.2718	0.0629	0.2505	62.6221	101.7596	31.4583
4	2.7851	2.7284	-0.2695	9.9277	-1.7182	1.2829	-0.2162	0.1047	-0.0168	-0.2486	0.2963	-0.2691	0.232	-0.1081	-0.08	0.1378	-0.0216	-0.0594	0.127	0.0191	0.053	40.0376	77.6959	27.7816
5	2.6631	-0.4487	-1.1787	6.7266	-2.4495	2.9025	0.1305	0.3316	-0.0877	0.1573	-0.0265	0.1838	0.1571	-0.1682	-0.1041	0.2043	-0.1057	-0.1127	0.2167	0.0633	0.1183	34.1445	77.1187	31.591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	389 - 398
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	399 - 471
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	472 - 526
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	527 - 578
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	579 - 605

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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