PDB-4ezq: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezq

タイトル

Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with the C-terminal part of pyrrhocoricin (residues 12 to 20)

要素

Chaperone protein DnaK
Pyrrhocoricin

キーワード

CHAPERONE/PEPTIDE BINDING PROTEIN / chaperone / peptide binding / CHAPERONE-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Pyrrhocoris apterus (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PDB ENTRY 1DKZ / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zahn, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Studies on the Forward and Reverse Binding Modes of Peptides to the Chaperone DnaK.
著者: Zahn, M. / Berthold, N. / Kieslich, B. / Knappe, D. / Hoffmann, R. / Strater, N.

履歴

登録	2012年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezq.cif.gz	97.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezq.ent.gz	76.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ezq_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ezq_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	4ezq_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	4ezq_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eznC 4ezoC 4ezpC 4ezrC 4eztC 4ezwC 4ezxC 4ezyC 4ezzC 4f00C 4f01C 4hy9C 4hybC 1dkx 1dky 1dkz 3dpo 3dpp 3dpq 3qnj 4e81 4ezs 4ezu 4ezv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dkx-2 4ezt-1 4ezr-1 1dkz-2 1dky-2 4f00-1 4ezy-1 4ezz-1 4ezs-1 4ezu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

ソフトウェアが定義した集合体
99.8 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

A: Chaperone protein DnaK

B: Pyrrhocoricin

ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.620, 116.700, 38.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-728- HOH

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 23820.777 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0014, dnaK, groP, grpF, JW0013, seg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド	Pyrrhocoricin 分子量: 1128.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in Pyrrhocoris apterus 由来: (合成) Pyrrhocoris apterus (昆虫) / 参照: UniProt: P37362
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.75 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射	モノクロメーター: Si - 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 14498 / % possible obs: 98.7 % / R_merge(I) obs: 0.047
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.37 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
REFMAC	with PDBID 1DKZ	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	with PDBID 1DKZ	位相決定

精密化

構造決定の手法: PDB ENTRY 1DKZ / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 18.122 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32075	292	2 %	RANDOM
R_work	0.23545	-	-	-
obs	0.23707	14178	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.313 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1701	0	0	39	1740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.887	1.974	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.516	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.026	26.667	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.525	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.356	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	15	-
R_work	0.334	926	-
obs	-	-	95.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7946	-2.0582	1.3823	3.249	-2.7509	2.5957	0.0632	0.1307	-0.4642	0.307	-0.2528	0.1376	-0.4433	0.2613	0.1896	0.3549	-0.0057	-0.1014	0.2052	0.1007	0.5106	-15.6688	-2.5115	-19.3326
2	5.6916	-3.6837	2.0686	8.8306	-1.5182	3.3885	0.3247	0.2428	0.493	-0.2543	-0.4441	-0.8003	-0.1402	-0.1673	0.1193	0.1529	-0.0076	0.0605	0.1331	0.0687	0.1297	-11.2692	-15.7471	-16.4952
3	2.4381	-1.3145	0.4617	8.5637	1.7983	2.1833	0.2897	0.001	-0.1938	0.4995	-0.1532	-0.3844	0.2464	-0.1776	-0.1365	0.1436	-0.0815	-0.0501	0.1622	0.0478	0.101	-12.0765	-27.1438	-11.2864
4	3.4851	-5.1996	-0.1391	8.7149	0.4034	1.0241	0.1914	0.1738	0.0138	-0.14	-0.4166	0.3776	-0.1401	-0.253	0.2252	0.1691	-0.031	0.0602	0.2569	-0.0062	0.2591	-19.3798	-15.5745	-13.4331
5	10.0335	-2.879	-0.2187	41.1468	5.5324	0.758	-0.2696	0.4156	2.7681	-0.9995	0.3345	-0.519	-0.1159	0.12	-0.065	0.3846	-0.0519	-0.1994	0.4982	-0.008	1.1173	3.6291	-14.536	-7.7706
6	6.0444	-7.947	-1.2974	36.8301	3.8071	1.961	-0.3741	-0.0639	-0.399	-0.3889	0.4073	1.2003	0.4363	-0.1236	-0.0332	0.3081	-0.0377	-0.1491	0.2138	-0.0055	0.1527	5.4487	-44.2674	-12.1036
7	3.3869	-0.1711	-0.9303	8.02	1.393	3.256	-0.0306	-0.2689	-0.2022	0.0934	0.0977	0.1257	0.2064	0.2251	-0.0671	0.2367	0.0678	-0.1421	0.2267	-0.0389	0.1123	12.1351	-40.4027	-8.9693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	389 - 399
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	400 - 422
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	423 - 474
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	475 - 516
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	517 - 535
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	536 - 559
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	560 - 604

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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