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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ez1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of acetylcholine binding protein (AChBP) from Aplysia Californica in complex with alpha-conotoxin BuIA | ||||||
要素 |
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キーワード | CHOLINE BINDING PROTEIN/TOXIN / CHOLINE BINDING PROTEIN-TOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region ...host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) Conus bullatus (ナツメイモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Talley, T.T. / Reger, A.S. / Kim, C. / Sankaran, B. / Ho, K. / Taylor, P. / McIntosh, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Pairwise interaction of alpha-conotoxin BuIA Pro6 with the beta subunit of nicotinic acetylcholine receptor 著者: Filchakova, O.M. / Talley, T.T. / Reger, A.S. / Kim, C. / Ho, K. / Han, K. / Taylor, P. / McIntosh, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ez1.cif.gz | 221.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ez1.ent.gz | 184 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ez1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ez1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ez1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26212.105 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 18-236 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) プラスミド: pFLAG-CMV-3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1314.597 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 44-56 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus bullatus (ナツメイモ) / 参照: UniProt: P69657 #3: 化合物 | ChemComp-MN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.25 M magnesium chloride, 20% w/v PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月31日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→45 Å / Num. all: 43898 / Num. obs: 41072 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.49 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 7.529 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.905 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.49→2.555 Å / Total num. of bins used: 20
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