PDB-2i28: Solution Structure of alpha-Conotoxin BuIA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i28

タイトル

Solution Structure of alpha-Conotoxin BuIA

要素

Alpha-conotoxin BuIA

キーワード

TOXIN / alpha-helix / beta-turn / two disulfide bonds / C-terminal amidation

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Chi, S.-W. / Kim, D.-H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Han, K.-H.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: NMR structure determination of alpha-conotoxin BuIA, a novel neuronal nicotinic acetylcholine receptor antagonist with an unusual 4/4 disulfide scaffold
著者: Chi, S.-W. / Kim, D.-H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Han, K.-H.

履歴

登録	2006年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i28.cif.gz	61.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i28.ent.gz	41.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i28_validation.pdf.gz	333.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i28_full_validation.pdf.gz	418.3 KB	表示
XML形式データ	2i28_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	2i28_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2moa-d 2m61-d 2nay-d 1xga-d 1dg2-d 1gnb-d 5xer-d 7css-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin BuIA

1.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin BuIA 分子量: 1314.597 Da / 分子数: 1 / 断片: Alpha-conotoxin BuIA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Conus bullatus. / 参照: UniProt: P69657
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
2	4	1	2D NOESY
2	5	1	2D TOCSY
2	6	1	DQF-COSY

-
試料調製

詳細

内容: 5mM alpha-conotoxin BuIA; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0	3.04	1 atm	278 K
2	0	3.04	1 atm	288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	分類
VNMR	collection
NMRPipe	解析
CNS	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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