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- PDB-4exp: Structure of mouse Interleukin-34 in complex with mouse FMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4exp
タイトルStructure of mouse Interleukin-34 in complex with mouse FMS
要素
  • Interleukin-34
  • Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードCYTOKINE/TRANSFERASE / extended 4-helix bundle / immunoglobunin / beta-sandwich / CYTOKINE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-34-mediated signaling pathway / Other interleukin signaling / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation ...interleukin-34-mediated signaling pathway / Other interleukin signaling / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage differentiation / olfactory bulb development / host-mediated activation of viral process / ruffle organization / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / cytokine binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of chemokine production / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / osteoclast differentiation / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to ischemia / cytokine activity / regulation of actin cytoskeleton organization / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / regulation of cell shape / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-34 / Interleukin-34 / Interleukin-34 superfamily / Interleukin 34 / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain ...Interleukin-34 / Interleukin-34 / Interleukin-34 superfamily / Interleukin 34 / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Interleukin-34
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, H. / Leo, C. / Chen, X. / Wong, B.R. / Williams, L.T. / Lin, H. / He, X.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: The mechanism of shared but distinct CSF-1R signaling by the non-homologous cytokines IL-34 and CSF-1.
著者: Liu, H. / Leo, C. / Chen, X. / Wong, B.R. / Williams, L.T. / Lin, H. / He, X.
履歴
登録2012年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-34
X: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6566
ポリマ－51,7712
非ポリマー8854
水3,567198
1
A: Interleukin-34
X: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子

A: Interleukin-34
X: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,31212
ポリマ－103,5434
非ポリマー1,7708
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_754-x+2,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)44.713, 135.340, 203.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-34 / IL-34


分子量: 20547.934 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il34 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8R1R4
#2: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / FMS / CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 31223.330 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Csf1r, Csfmr, Fms / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09581, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG3000, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M lithium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日
放射モノクロメーター: Kohzu Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 15606 / Num. obs: 15606 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1503 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4EXN AND 3EJJ

4exn

3ejj


解像度: 2.8→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2793 772 4.9 %RANDOM
Rwork0.2485 14834 --
obs-15606 99.3 %-
溶媒の処理Bsol: 55.4216 Å2
原子変位パラメータBiso max: 150.62 Å2 / Biso mean: 85.7185 Å2 / Biso min: 6.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.219 Å20 Å20 Å2
2---14.158 Å20 Å2
3---16.377 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3584 0 56 198 3838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.271
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.91 Å /
反射数%反射
Rfree80 -
obs1503 96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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