PDB-4exm: The crystal structure of an engineered phage lysin containing the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4exm

タイトル

The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of T4-lysozyme

要素

Pesticin, Lysozyme Chimera

キーワード

TOXIN / HYDROLASE / bacterial lysin

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seddiki, N. / Noinaj, N. / Fairman, J.W. / Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Buchanan, S.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
著者: Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Keller, P.W. / Chaturvedi, K.S. / Seddiki, N. / Fairman, J.W. / Noinaj, N. / Kirby, T.L. / Henderson, J.P. / Steven, A.C. / Hinnebusch, B.J. / Buchanan, S.K.

履歴

登録	2012年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4exm.cif.gz	507.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4exm.ent.gz	421.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4exm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4epaC 4epfSC 4epiC 2lzmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4epi-1 5w33-2 3vva-d 6mg7-d 6w5l-d 6oej-1 6yjb-1 1oyh-d 1z2l-d 2v8v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Pesticin, Lysozyme Chimera

B: Pesticin, Lysozyme Chimera

C: Pesticin, Lysozyme Chimera

D: Pesticin, Lysozyme Chimera

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pesticin, Lysozyme Chimera

D: Pesticin, Lysozyme Chimera

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pesticin, Lysozyme Chimera

C: Pesticin, Lysozyme Chimera

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.427, 108.427, 109.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Pesticin, Lysozyme Chimera / Endolysin / Lysis protein / Muramidase 分子量: 39700.004 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: G182R,C267T,C267A,R307I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: pst, YP_pPCP06, YPPCP1.05c, E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57159, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 1-167 OF PESTICIN (UNP Q57159) AND RESIDUES 4-165 OF T4 ...PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 1-167 OF PESTICIN (UNP Q57159) AND RESIDUES 4-165 OF T4 LYSOZYME (UNP P00720).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% w/v PEG3350, 0.25 M calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 44328 / Num. obs: 44328 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.773 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1038)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4EPF AND 2LZM

4epf

2lzm

解像度: 2.6→29.801 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 30.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2513	2238	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1986	-	-	-
obs	0.2014	44328	99.89 %	-
all	-	44328	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9800	0	0	75	9875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.967	13440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.83	3717
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1738

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6566	0.3821	158	0.3067	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-2.7183	0.3845	153	0.2998	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7183-2.7863	0.3478	137	0.2738	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7863-2.8616	0.3585	120	0.2522	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8616-2.9457	0.3036	136	0.2545	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9457-3.0407	0.3325	134	0.2435	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0407-3.1492	0.3536	148	0.2332	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1492-3.2752	0.2972	127	0.2323	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2752-3.424	0.2626	144	0.2202	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.424-3.6043	0.2878	139	0.2111	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6043-3.8297	0.2594	148	0.2003	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8297-4.1246	0.2672	144	0.1914	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1246-4.5384	0.232	130	0.1661	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5384-5.1921	0.2008	149	0.1589	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1921-6.5302	0.2437	130	0.1984	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5302-29.8034	0.1864	141	0.1722	2619	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8149	-2.2379	1.5053	5.2673	-0.841	5.0091	-0.1033	-0.4687	0.0523	0.4	0.1131	-0.0576	-0.0358	-0.2825	-0.0427	0.4774	-0.0186	0.0109	0.3963	-0.0478	0.2803	10.5417	30.4317	1.1835
2	4.5204	-0.621	2.4337	6.18	1.6024	4.1475	-0.1476	-1.7943	0.0315	-0.2389	0.4889	-0.6874	0.2806	1.8004	-0.4167	0.7977	0.3262	0.1484	1.4821	-0.0535	0.8072	39.9263	12.2081	2.0745
3	8.0296	-0.5002	-1.7602	7.9049	1.8089	8.5896	-0.2652	0.7316	-0.0274	-0.9578	0.1424	0.9494	0.1918	-0.5853	0.1799	0.6325	-0.0178	0.0345	0.5879	0.0995	0.7415	34.9665	11.7446	-13.7724
4	6.4042	2.2009	-0.8567	5.9425	-1.2485	5.9656	0.0724	0.088	-0.4198	-0.0429	-0.1149	0.2506	0.0503	-0.6152	-0.1062	0.5296	-0.0231	0.017	0.513	-0.0375	0.3508	3.2576	27.4347	-25.4108
5	6.381	2.0289	-0.5911	5.7484	-0.9355	6.0239	-0.0814	0.5732	-0.0522	-0.5399	0.2271	-0.025	0.118	-0.2543	-0.0573	0.4967	0.0203	0.0169	0.3522	-0.0425	0.299	13.4979	34.1509	-35.2792
6	7.3598	1.1168	1.9702	5.3643	1.5534	7.1016	-0.5446	1.9939	0.32	-0.409	0.7404	-0.3285	-0.6258	1.5833	-0.0991	0.7115	-0.3819	-0.0717	1.1231	0.0972	0.797	37.8087	52.334	-32.7767
7	8.7211	0.0447	3.2233	4.5365	1.9089	6.9592	0.1509	2.03	-0.905	-0.1134	0.3676	-0.6695	0.46	1.8322	-0.5658	0.5382	-0.0729	-0.1054	1.0385	-0.1175	0.9437	38.3463	43.5459	-32.2035
8	9.5503	-0.3209	3.3296	4.6194	2.0088	6.9608	-0.367	-1.3779	0.0234	1.1839	0.4522	0.4137	0.135	-0.446	-0.0699	0.841	0.0694	0.0191	0.6657	0.0995	0.6773	36.0628	50.6266	-12.5228
9	2.0053	-0.2603	1.3814	4.7454	0.6285	6.8135	-1.0201	0.1304	1.5296	0.1533	0.3297	0.9368	-1.1529	-0.192	0.5865	0.7496	0.0716	-0.1586	0.4874	0.0074	1.0409	32.4142	59.5849	-19.8233
10	3.8746	3.0056	0.7009	6.644	2.0363	0.6162	-0.1883	0.0134	-0.5127	-1.0312	0.2159	-0.1675	-0.4319	-0.5898	-0.0798	0.8092	-0.048	0.0325	0.6631	-0.0113	0.5057	5.0775	15.6017	-29.4116
11	5.2561	-0.3752	-0.3757	6.6348	-0.1015	8.7889	0.1714	-0.3602	-0.4232	0.2098	-0.1294	-0.0205	0.3899	0.0265	-0.0932	0.4982	-0.1094	-0.0766	0.4355	-0.0084	0.4579	-3.2306	2.5456	-24.7374
12	1.978	0.6469	0.1158	2.1596	3.3688	7.8637	-0.0352	0.3648	0.1451	-0.6136	0.325	-0.4502	-0.9919	-0.42	-0.3244	0.8264	-0.0736	-0.0129	0.5701	0.0623	0.6503	4.8693	-28.5251	-30.1052
13	3.215	-2.9481	-0.6615	6.4513	2.1428	0.9966	-0.354	-0.0012	0.5897	0.7852	0.3396	-0.1625	0.4609	-0.5488	-0.035	0.8048	0.0842	-0.0387	0.7095	-0.0198	0.5242	5.2173	47.0608	-1.9903
14	4.9435	1.0554	0.8369	6.2848	0.1634	8.0721	0.1559	0.4187	0.4013	-0.2383	-0.0548	0.016	-0.4672	-0.005	-0.1344	0.5125	0.1165	0.0658	0.4463	-0.0068	0.4664	-3.2956	60.0096	-6.4669
15	1.5956	-0.6135	-0.1429	2.0341	3.5226	5.9686	-0.0876	-0.3846	-0.078	0.6054	0.3404	-0.4507	0.9093	-0.575	-0.2136	0.9219	0.0909	0.0287	0.6447	0.0928	0.6997	4.7827	91.1213	-1.2946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 169 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 170 through 229 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 230 through 333 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 19 through 63 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 64 through 169 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 170 through 191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 192 through 249 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 250 through 312 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 313 through 332 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3 through 45 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 46 through 157 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 158 through 333 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 3 through 45 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 46 through 157 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 158 through 333 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)