PDB-4exb: Putative aldo-keto reductase from Pseudomona aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4exb

タイトル

Putative aldo-keto reductase from Pseudomona aeruginosa

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pseudomona / aldo-keto reductase / NADP+ binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Schnell, R. / Schneider, G. / Sandalova, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The AEROPATH project targeting Pseudomonas aeruginosa: crystallographic studies for assessment of potential targets in early-stage drug discovery.
著者: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...

履歴

登録	2012年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4exb.cif.gz	289.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4exb.ent.gz	234.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4exb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4exb_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4exb_full_validation.pdf.gz	493.8 KB	表示
XML形式データ	4exb_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	4exb_validation.cif.gz	69.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xu8C 4avfC 4avrC 4avyC 4b79C 4b7cC 4b7xC 4b9aC 4b9eC 4es6C 4etrC 4exaC 1ynpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xu1-d 4nu0-d 3l2z-d 4exa-1 4exa-2 4xtw-d 7d6m-d 3rux-d 1t8n-d 4h18-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

E: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

190 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Putative uncharacterized protein

E: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.331, 119.036, 150.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	4 - 30
2	1	1	2	B	4 - 30
3	1	1	2	C	4 - 30
4	1	1	2	D	4 - 30
5	1	1	2	E	4 - 30
6	1	1	2	F	4 - 30
1	1	2	2	A	43 - 219
2	1	2	2	B	43 - 219
3	1	2	2	C	43 - 219
4	1	2	2	D	43 - 219
5	1	2	2	E	43 - 219
6	1	2	2	F	43 - 219
1	1	3	2	A	227 - 268
2	1	3	2	B	227 - 268
3	1	3	2	C	227 - 268
4	1	3	2	D	227 - 268
5	1	3	2	E	227 - 268
6	1	3	2	F	227 - 268

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 31628.807 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA4992 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HUH3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.35 詳細: 0.1M of bis-Tris-methane pH 6.35, 0.1 M sodium malonate and 16 % (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→42.1 Å / Num. all: 44634 / Num. obs: 44634 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6293 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YNP

1ynp

解像度: 2.75→41.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 16.428 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27396	2250	5 %	RANDOM
R_work	0.24263	-	-	-
all	0.24421	42346	-	-
obs	0.24421	42346	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→41.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11574	0	0	107	11681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	11741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	8011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.261	1.977	15877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.935	3	19436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.438	5	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.892	23.139	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.492	15	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.024	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	13169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2365
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.577	1.5	7490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.069	1.5	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.126	2	11920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.423	3	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.627	4.5	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	156	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	2	B	156	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	3	C	156	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	4	D	156	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	5	E	156	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	6	F	156	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	1	A	176	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	2	B	176	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	3	C	176	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
1	4	D	176	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	5	E	176	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	6	F	176	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
1	1	A	156	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
1	2	B	156	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	3	C	156	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	4	D	156	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	5	E	156	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	6	F	156	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	1	A	176	MEDIUM THERMAL	0.05	2
1	2	B	176	MEDIUM THERMAL	0.05	2
1	3	C	176	MEDIUM THERMAL	0.06	2
1	4	D	176	MEDIUM THERMAL	0.06	2
1	5	E	176	MEDIUM THERMAL	0.05	2
1	6	F	176	MEDIUM THERMAL	0.06	2
2	1	A	1004	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	2	B	1004	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	3	C	1004	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	4	D	1004	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	5	E	1004	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	6	F	1004	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	1	A	1242	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	2	B	1242	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	3	C	1242	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	4	D	1242	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	5	E	1242	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	6	F	1242	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	1	A	1004	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	2	B	1004	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
2	3	C	1004	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	4	D	1004	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	5	E	1004	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	6	F	1004	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
2	1	A	1242	MEDIUM THERMAL	0.05	2
2	2	B	1242	MEDIUM THERMAL	0.05	2
2	3	C	1242	MEDIUM THERMAL	0.05	2
2	4	D	1242	MEDIUM THERMAL	0.05	2
2	5	E	1242	MEDIUM THERMAL	0.06	2
2	6	F	1242	MEDIUM THERMAL	0.05	2
3	1	A	241	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	2	B	241	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	3	C	241	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	4	D	241	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	5	E	241	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	6	F	241	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	1	A	248	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	2	B	248	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	3	C	248	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	4	D	248	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	5	E	248	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	6	F	248	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	1	A	241	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	2	B	241	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
3	3	C	241	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	4	D	241	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
3	5	E	241	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
3	6	F	241	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	1	A	248	MEDIUM THERMAL	0.05	2
3	2	B	248	MEDIUM THERMAL	0.04	2
3	3	C	248	MEDIUM THERMAL	0.04	2
3	4	D	248	MEDIUM THERMAL	0.05	2
3	5	E	248	MEDIUM THERMAL	0.04	2
3	6	F	248	MEDIUM THERMAL	0.04	2

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	157	-
R_work	0.366	2941	-
obs	-	-	95.35 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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