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- PDB-4ewi: Crystal structure of the NLRP4 Pyrin domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ewi
タイトルCrystal structure of the NLRP4 Pyrin domain
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING / NLR proteins / Death Domain / Pyrin Domain / NLRP4 / ASC / Innate immune system / inflammasome / apoptosis / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / IRF3-mediated induction of type I IFN / negative regulation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / regulation of inflammatory response / molecular adaptor activity / inflammatory response / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain ...: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Eibl, C. / Hessenberger, M. / Puehringer, S. / Page, R. / Diederichs, K. / Peti, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Analysis of the NLRP4 Pyrin Domain.
著者: Eibl, C. / Grigoriu, S. / Hessenberger, M. / Wenger, J. / Puehringer, S. / Pinheiro, A.S. / Wagner, R.N. / Proell, M. / Reed, J.C. / Page, R. / Diederichs, K. / Peti, W.
履歴
登録2012年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7855
ポリマ－27,6182
非ポリマー1673
水72140
1
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8452
ポリマ－13,8091
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9413
ポリマ－13,8091
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
ヘテロ分子

A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,57010
ポリマ－55,2364
非ポリマー3346
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area6990 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.107, 62.107, 124.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-310-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 4 / Cancer/testis antigen 58 / CT58 / PAAD and NACHT-containing protein 2 / PYRIN and NACHT-containing ...Cancer/testis antigen 58 / CT58 / PAAD and NACHT-containing protein 2 / PYRIN and NACHT-containing protein 2 / PYRIN-containing APAF1-like protein 4 / Ribonuclease inhibitor 2


分子量: 13809.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP4, NALP4, PAN2, PYPAF4, RNH2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 / 参照: UniProt: Q96MN2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M Disodium tartrate, 2.2 M Ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841, 0.97958, 0.97973, 0.9719
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918411
20.979581
30.979731
40.97191
反射解像度: 2.28→40.76 Å / Num. all: 13300 / Num. obs: 13300 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.82
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 2097 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHELXD位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1009)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.28→40.759 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2455 623 4.7 %Random
Rwork0.2073 ---
all0.209 13245 --
obs0.209 13245 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.477 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.3137 Å20 Å2-0 Å2
2--11.3137 Å2-0 Å2
3----22.6274 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→40.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 7 40 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6262189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.398650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.50950.33021610.27943064X-RAY DIFFRACTION99
2.5095-2.87250.33371460.25763117X-RAY DIFFRACTION100
2.8725-3.61870.28031560.22623148X-RAY DIFFRACTION100
3.6187-40.76530.20271600.18013293X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.49890.06372.04217.6471-3.22347.2219-0.1395-0.1502-0.4062-0.20510.0744-0.03980.73710.68290.0650.6424-0.00630.08810.45380.04530.445920.414536.421613.5441
27.69050.4837-1.72323.5417-0.7696.9517-0.3378-0.5653-0.53790.37790.02810.45960.4874-0.78940.30970.8099-0.09040.1460.53330.03410.59128.26833.283221.2854
39.9248-0.74081.74864.6236-0.49327.7241-0.1492-0.66420.14110.22780.23860.12090.2011-0.0916-0.08940.509-0.01760.0870.3044-0.01990.37615.19644.86517.7915
46.3778-2.73481.44348.6053-4.20292-0.07180.18760.81530.8116-0.17960.246-1.38550.1490.25140.604-0.0476-0.07860.3258-0.02890.501211.947656.40834.546
55.60960.28320.58173.68743.26628.78220.06130.8523-0.345-0.6122-0.25590.7518-0.3241-1.10820.19460.53750.0054-0.17140.78850.05580.58563.199249.9851-5.4976
66.60241.1306-1.03467.0644-0.21574.3052-0.18740.5195-0.1069-0.68630.0355-0.20680.1878-0.3420.15190.5768-0.0494-0.03130.46030.02030.364415.333147.27640.0801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:22 )A8 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 23:54 )A23 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 55:95 )A55 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 8:22 )B8 - 22
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 23:54 )B23 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 55:94 )B55 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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