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- PDB-2gpe: Structure of the DNA-binding domain of E. Coli Proline Utilizatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gpe
タイトルStructure of the DNA-binding domain of E. Coli Proline Utilization A (PUTA)
要素Bifunctional protein putA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PUTA / RIBBON-HELIX-HELIX / DNA-BINDING DOMAIN / PROLINE CATABOLISM / PROLINE UTILIZATION A
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / proline biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cytoplasmic side of plasma membrane / flavin adenine dinucleotide binding ...proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / proline biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cytoplasmic side of plasma membrane / flavin adenine dinucleotide binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PutA, RHH domain / Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Met repressor-like / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase ...: / PutA, RHH domain / Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Met repressor-like / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Arc Repressor Mutant / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jenkins, J.L. / Larson, J. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of the DNA-binding domain of Escherichia coli proline utilization A flavoprotein and analysis of the role of Lys9 in DNA recognition.
著者: Larson, J.D. / Jenkins, J.L. / Schuermann, J.P. / Zhou, Y. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2006年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein putA
B: Bifunctional protein putA
C: Bifunctional protein putA
D: Bifunctional protein putA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1078
ポリマ－23,8314
非ポリマー2764
水1,22568
1
A: Bifunctional protein putA
B: Bifunctional protein putA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0544
ポリマ－11,9152
非ポリマー1382
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6050 Å2
手法PISA
2
C: Bifunctional protein putA
D: Bifunctional protein putA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0544
ポリマ－11,9152
非ポリマー1382
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.731, 55.731, 125.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a dimer. There are two dimers in the asymmetric unit with chain labels A/B and C/D.

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional protein putA


分子量: 5957.746 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-52 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: putA / プラスミド: pKA8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: P09546
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M AMMONIUM SULFATE, 0.05M BIS-TRIS, 30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE (15/4 EO/OH). N-TERMINAL HIS TAG REMOVED BY TREATMENT WITH TEV PROTEASE , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50.9 Å / Num. obs: 16253 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.03 % / Biso Wilson estimate: 32.313 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 25.5 / Scaling rejects: 1601
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.29 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. measured all: 13007 / Num. unique obs: 1549 / Χ2: 1.58

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å25.45 Å
Translation2.5 Å25.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4LDzデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AY0

2ay0


解像度: 1.9→50.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.216 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 815 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.205 ---
obs-16185 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1470 0 20 68 1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.091.9622084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3255195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.13622.92365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37215275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.311515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3921.5989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56221536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0693637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6414.5543
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 59 -
Rwork0.257 1067 -
obs-1126 97.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.8442-30.6666-1.3821105.767127.757512.24820.5234-0.8771-0.10240.3178-0.16740.68830.5229-0.9262-0.3560.4081-0.29910.11890.22310.13430.1766-35.6684-8.6151-1.3028
216.751926.2893-18.676995.2436-71.659254.0428-0.1151-0.5455-1.18890.34860.1079-2.1538-1.1824-0.11710.00720.07270.13210.1132-0.09680.07560.1788-32.03456.8072-1.0765
30.9786-5.4144-4.113447.70683.813337.5086-0.45880.3690.04860.2502-0.2622.5342-0.8169-1.74680.72080.03660.0269-0.0533-0.11890.01280.1367-30.795911.111-6.0691
44.5919-2.7987-6.542926.33826.62589.6053-0.44770.4630.2838-0.37410.08250.5862-0.4834-0.14070.36520.0224-0.0463-0.0612-0.19480.0349-0.0914-27.33828.9006-9.8272
58.69213.1861.831322.353631.33544.7676-0.31731.640.1576-0.2588-0.3897-0.1167-1.58840.24720.70710.083-0.09160.0151-0.08110.0813-0.1474-24.64525.8994-15.3724
67.08312.67581.50114.17165.722119.6492-0.61840.36150.5987-0.70390.694-0.7687-0.16771.133-0.0756-0.0241-0.0428-0.0163-0.12150.0044-0.1211-24.30581.204-16.2834
717.6804-9.948312.309815.6357-3.214921.0739-0.10520.2079-0.4633-0.41550.27470.63250.7051-0.0588-0.1694-0.0431-0.03460.0179-0.2003-0.0086-0.209-26.8863-3.1439-9.2783
817.0201-11.39579.746318.18-13.712810.47740.45180.1539-0.2432-1.1743-0.2154-0.56811.2470.2138-0.23640.00080.00760.0502-0.1418-0.0363-0.2111-22.4228-5.6443-5.0718
913.72352.91567.895815.1235-9.554713.24120.0064-0.3446-0.358-0.49910.0012-0.83120.70110.7602-0.0076-0.12850.04360.0321-0.0802-0.0233-0.1196-18.0029-6.0093-0.1064
1035.9633-2.8266.468922.2747-2.630413.3424-1.2844-0.97420.81971.33290.8464-1.8622-0.82910.12190.4380.09740.1288-0.10370.0633-0.05860.1363-12.6559-8.21454.4365
1113.0869-1.5696-3.4799101.33122.6445.80981.57630.47610.5446-3.1308-2.09441.9099-1.1767-1.4710.51810.28750.146-0.14380.1460.12320.4422-35.69044.5108-2.8971
1226.9297-14.548318.693429.19-27.276826.81-1.10251.16280.547-0.35120.74390.48310.0068-0.16930.35860.0463-0.104-0.0924-0.14980.029-0.0153-31.5394-11.6884-2.2774
135.88691.71262.747338.436622.504252.4332-0.39190.0271-0.09410.2632-0.41582.12530.9186-1.2280.8076-0.0824-0.01950.0337-0.1690.0231-0.0602-29.285-12.45762.9075
149.02425.0856-0.475521.6777-4.232519.49870.1306-0.5238-0.477-0.383-0.1066-0.2690.31940.6392-0.0241-0.17750.03260.0125-0.17020.0369-0.1811-25.4946-9.94085.6332
1518.214819.383917.367323.339414.540825.47540.2733-1.0538-0.70950.3493-0.0296-0.9480.82670.0589-0.2437-0.20930.0066-0.0013-0.02020.0437-0.1117-21.5843-6.264111.6948
164.4057-2.3339-1.078818.00966.864711.5228-0.1562-0.7572-0.25440.28220.183-0.2789-0.4241-0.5468-0.0268-0.1813-0.0413-0.0113-0.01830.0076-0.2173-25.4851-0.773911.0765
1716.825812.7361-12.10512.2031-2.417226.46410.0384-0.68430.5781-0.17710.07910.5044-0.7097-0.1208-0.1174-0.18480.0556-0.0231-0.1168-0.0356-0.1759-26.2781.48754.2941
1811.312910.9284-8.493416.6191-10.423620.3033-0.1862-0.1320.56920.3545-0.0868-0.2998-0.64790.90910.273-0.137-0.0384-0.0227-0.1299-0.0246-0.1509-21.49553.7304-0.5577
1939.201111.2842-5.686634.9199-2.578724.2819-0.3610.3373-0.3421-0.10960.2544-3.0449-0.91271.79310.1066-0.0078-0.10350.06590.0534-0.00270.022-17.31234.1466-6.3219
2035.9811-14.1218.541223.48155.63816.5328-0.26260.99761.498-2.23710.768-1.715-1.07922.4008-0.50540.1574-0.19550.16620.51850.1580.1739-15.6397.7757-10.7464
213.742113.01290.5603125.994124.59726.4370.90050.06760.4924-1.52690.09820.8325-0.6129-1.2526-0.99870.43730.4017-0.17-0.04490.21370.2135-36.2159-18.6484-15.8287
2222.615-26.64566.8472123.5587-31.755729.64380.05321.14050.0317-2.12641.1301-0.05831.2485-0.3886-1.1833-0.0312-0.0886-0.122-0.05870.0803-0.0488-32.634-33.8639-17.9935
2317.04291.937719.586112.750315.60741.5810.2222-0.7116-0.78950.2942-0.1421.13581.0948-1.4275-0.08020.0148-0.0403-0.1263-0.18460.06580.0129-30.6732-38.0253-12.2748
247.83573.869711.035517.799810.87718.41620.3429-0.2631-0.5003-0.1949-0.1830.24530.70540.0029-0.1598-0.09580.0371-0.0658-0.22860.0388-0.1239-25.8324-35.1115-7.5339
2522.0893-0.16857.547150.82.281317.7105-0.3172-0.2695-0.78020.45040.6937-1.59870.60250.6802-0.3765-0.23030.0041-0.0378-0.07370.0489-0.1914-20.9514-30.9244-1.0118
2612.28914.47554.310513.665-4.739424.28280.24690.12670.15030.0412-0.16620.4151-0.85630.1064-0.0807-0.15950.012-0.0109-0.20530.0183-0.1971-26.4837-24.8158-5.2752
2716.1168.8435-3.625721.174-15.892825.4075-0.0264-0.0820.10220.6142-0.0457-0.1739-0.76320.4620.072-0.13530.0171-0.0639-0.1962-0.0081-0.2558-24.773-23.9583-10.6963
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329.96319.5985-7.7654.7255-42.267432.65980.8699-1.27550.56490.7861-0.12920.7124-0.94340.381-0.74070.19850.09160.0812-0.12360.0042-0.0381-32.2163-15.6033-15.0495
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3413.9561-1.758-3.616510.96756.559920.9859-0.310.67680.609-0.19350.00890.22-1.1513-0.10060.3012-0.01270.022-0.0874-0.13290.015-0.1827-26.1975-17.2073-24.4735
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3715.707-4.383511.6423.684-9.221932.65970.14510.5923-0.5666-0.12960.0909-0.0750.42580.1803-0.236-0.09160.0053-0.0295-0.2042-0.0293-0.1705-25.0646-28.1714-20.1459
3823.97063.02084.621413.955-8.257916.8597-0.17450.4054-0.206-0.03010.0451-0.2939-0.03190.52450.1293-0.10790.0513-0.0591-0.1362-0.0639-0.1543-20.4078-31.0507-15.0595
3939.486914.705312.432628.33872.228947.4397-0.09950.8834-0.4079-0.7962-0.1697-0.50850.51980.57810.2692-0.12460.0869-0.0522-0.0973-0.040.0081-15.951-33.0916-12.3789
40328.1553-6.489953.7609283.7334-53.646818.55710.27860.7961-3.1384-5.19960.3239-1.7558-0.8511-3.7477-0.60240.27610.1523-0.22110.6602-0.41610.4332-8.0154-35.4775-10.6538
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 72 - 7
22AA8 - 118 - 11
33AA12 - 1512 - 15
44AA16 - 1916 - 19
55AA20 - 2320 - 23
66AA24 - 2924 - 29
77AA30 - 3430 - 34
88AA35 - 3835 - 38
99AA39 - 4239 - 42
1010AA43 - 4843 - 48
1111BB2 - 82 - 8
1212BB9 - 129 - 12
1313BB13 - 1613 - 16
1414BB17 - 2017 - 20
1515BB21 - 2521 - 25
1616BB26 - 2926 - 29
1717BB30 - 3430 - 34
1818BB35 - 3935 - 39
1919BB40 - 4340 - 43
2020BB44 - 4744 - 47
2121CC2 - 72 - 7
2222CC8 - 118 - 11
2323CC12 - 1512 - 15
2424CC16 - 2216 - 22
2525CC23 - 2623 - 26
2626CC27 - 3127 - 31
2727CC32 - 3532 - 35
2828CC36 - 3936 - 39
2929CC40 - 4340 - 43
3030CC44 - 4744 - 47
3131DD2 - 82 - 8
3232DD9 - 129 - 12
3333DD13 - 1613 - 16
3434DD17 - 2217 - 22
3535DD23 - 2623 - 26
3636DD27 - 3127 - 31
3737DD32 - 3732 - 37
3838DD38 - 4138 - 41
3939DD42 - 4542 - 45
4040DD46 - 4946 - 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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