PDB-4evn: Crystal Structure of Fab CR6261 (somatic heavy chain with germlin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4evn

タイトル

Crystal Structure of Fab CR6261 (somatic heavy chain with germline-reverted light chain)

要素

Fab Heavy Chain
Fab Lambda Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / influenza HA

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.851 Å

データ登録者

Whittle, J.R.R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural and genetic basis for development of broadly neutralizing influenza antibodies.
著者: Lingwood, D. / McTamney, P.M. / Yassine, H.M. / Whittle, J.R. / Guo, X. / Boyington, J.C. / Wei, C.J. / Nabel, G.J.

履歴

登録	2012年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月31日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4evn.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4evn.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4evn_validation.pdf.gz	538.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4evn_full_validation.pdf.gz	578.9 KB	表示
XML形式データ	4evn_validation.xml.gz	111 KB	表示
CIF形式データ	4evn_validation.cif.gz	152.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/4evn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gbm 3gbn
類似構造データ	5ywf-2 2aj3-3 4h20-d 5wkz-d 1b4j-d 4c83-1 6a0x-1 4why-2 1jgu-d 3g6a-1 4yr6-1 6jc2-d 3mnv-1 6rco-1 4c83-2 5waw-d 5ibu-2 4tuk-d 6vtu-d 6p4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab Heavy Chain

B: Fab Lambda Light Chain

C: Fab Heavy Chain

D: Fab Lambda Light Chain

E: Fab Heavy Chain

F: Fab Lambda Light Chain

G: Fab Heavy Chain

H: Fab Lambda Light Chain

I: Fab Heavy Chain

J: Fab Lambda Light Chain

K: Fab Heavy Chain

L: Fab Lambda Light Chain

M: Fab Heavy Chain

N: Fab Lambda Light Chain

O: Fab Heavy Chain

P: Fab Lambda Light Chain

389 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Fab Heavy Chain

B: Fab Lambda Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Fab Heavy Chain

D: Fab Lambda Light Chain

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3

E: Fab Heavy Chain

F: Fab Lambda Light Chain

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4

G: Fab Heavy Chain

H: Fab Lambda Light Chain

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5

I: Fab Heavy Chain

J: Fab Lambda Light Chain

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6

K: Fab Heavy Chain

L: Fab Lambda Light Chain

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7

M: Fab Heavy Chain

N: Fab Lambda Light Chain

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8

O: Fab Heavy Chain

P: Fab Lambda Light Chain

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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.110, 159.270, 176.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	Fab Heavy Chain 分子量: 25778.137 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab Lambda Light Chain 分子量: 22890.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM imidazole pH 6.5, 17.5% polyethylene glycol 8,000, and 3% 2-methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射	モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→55.014 Å / Num. all: 88033 / Num. obs: 86892 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 52.61 Å² / R_sym value: 0.17 / Net I/σ(I): 11.27
反射シェル	解像度: 2.85→2.92 Å / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.851→55.014 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2928	2022	2.33 %	RANDOM
R_work	0.2299	-	-	-
all	0.2314	86858	-	-
obs	0.2314	86858	96.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 27.678 Å² / k_sol: 0.269 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.2253 Å²	0 Å²	0.175 Å²
2-	-	10.6365 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.4112 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.851→55.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25293	0	0	0	25293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	25965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.232	35486
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.856	8988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	4088
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4545

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
1	3	E	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
1	4	G	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	5	I	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	K	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
1	7	M	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	8	O	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
2	1	A	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063
2	3	E	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
2	4	G	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
2	5	I	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
2	6	K	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
2	7	M	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
2	8	O	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8508-2.9221	0.461	102	0.4189	3971	X-RAY DIFFRACTION	63
2.9221-3.0011	0.4329	139	0.3327	6171	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0011-3.0894	0.386	146	0.2872	6149	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0894-3.1891	0.327	149	0.2737	6217	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1891-3.3031	0.336	149	0.2685	6182	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3031-3.4353	0.352	148	0.2686	6178	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4353-3.5916	0.3135	148	0.2618	6200	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5916-3.7809	0.3334	149	0.2517	6225	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7809-4.0177	0.3466	143	0.2553	6195	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0177-4.3278	0.3093	148	0.2212	6273	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3278-4.7631	0.2632	147	0.1826	6211	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7631-5.4519	0.2329	147	0.1879	6260	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4519-6.8667	0.2446	152	0.1987	6275	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8667-55.0244	0.2158	155	0.1885	6329	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9319	0.466	0.7849	2.021	0.2177	3.0891	0.3708	-0.3946	-0.5027	0.485	0.0957	-0.1307	0.1022	-0.1164	-0.2629	0.5099	-0.1382	-0.2302	0.4471	0.1074	0.2747	-21.2195	-8.8544	47.5731
2	0.6846	-0.2609	-0.0568	1.8549	-0.5092	0.6502	-0.0397	0.018	-0.15	-0.0056	-0.0314	-0.0731	0.1338	0.0782	0.0636	0.051	-0.0039	0.0427	0.0421	0.0516	0.0829	-22.6423	30.8976	2.7537
3	1.2671	0.9215	0.1339	2.4438	0.571	0.4395	0.0099	-0.1951	0.0981	0.2196	0.0342	-0.0171	0.0433	0.0491	-0.018	0.1018	-0.049	0.0869	0.116	-0.0341	0.0461	21.2572	32.6273	32.4397
4	3.0324	0.7263	0.3033	1.7072	0.7376	3.5993	0.5405	0.2446	-0.2922	-0.0842	-0.5989	0.3124	-0.2117	-1.1522	-0.1084	0.493	0.1257	-0.1207	0.9149	-0.1814	0.2781	19.9454	27.9751	67.0507
5	1.3533	0.419	-0.8331	1.4722	0.2327	3.3987	0.1643	0.1263	0.1032	0.0373	-0.1484	-0.0785	-0.165	0.0201	0.0101	0.3365	-0.1204	-0.0953	0.8845	0.2012	0.2437	-20.0377	-2.4048	82.4586
6	2.1704	-0.3639	-0.8441	1.1342	0.4133	1.6993	0.145	0.1818	0.328	-0.2021	-0.0868	0.0446	-0.3069	-0.1668	0.0261	0.0479	0.1542	0.0157	0.0299	0.0044	-0.003	18.3918	-4.4057	-17.5355
7	1.9191	-0.7381	0.5101	2.8183	0.3551	2.2089	0.326	0.4465	-0.2904	-0.7105	-0.4518	0.1635	0.2477	0.1102	0.0975	0.385	0.2444	-0.0018	0.4141	-0.0444	0.1423	-19.3706	24.8044	-32.3224
8	0.5429	-0.1139	0.0706	1.2646	0.2949	0.2596	0.01	-0.0144	-0.0754	0.1184	0.0489	-0.0688	0.0222	0.0187	0.0727	0.0308	0.0634	-0.0086	-0.0226	-0.0685	-0.0175	22.6136	-9.4721	17.8424
9	1.4766	-0.2474	-0.1688	1.4279	0.2665	0.529	0.1362	0.1325	-0.1514	-0.0876	-0.0267	0.0764	-0.0147	0.0419	0.0521	0.0401	0.0316	-0.0021	0.0915	-0.1267	0.1555	-14.2361	-11.0511	11.0373
10	1.2353	-0.6171	-0.3119	2.4901	-0.9858	0.8647	0.0166	-0.4889	0.0757	0.6108	-0.0835	-0.3809	-0.2668	0.2667	-0.0413	0.1543	-0.1255	-0.1488	0.2576	0.0637	0.0714	-15.8585	35.6479	38.9526
11	1.1644	0.0897	0.4433	2.0268	-0.4952	0.5733	-0.0129	0.2221	0.0871	-0.2357	0.0083	0.0518	0.0084	0.0747	-0.0016	0.0394	-0.0015	-0.0269	0.0591	0.0417	0.0254	14.2195	31.9761	-4.296
12	4.3436	-0.0043	-0.3915	1.3688	-0.7096	2.4727	-0.4763	0.2377	0.3262	-0.2935	0.2332	0.3163	-0.1416	-0.1762	0.1239	0.5624	0.1648	-0.2386	0.724	-0.1862	0.3202	18.3923	30.5884	103.3246
13	3.6601	-0.3708	-0.5729	1.056	0.0434	0.9354	-0.0841	0.1231	0.1746	-0.0876	-0.0058	-0.1764	-0.0108	0.1213	-0.0226	0.0802	-0.0651	0.0279	0.3959	0.1706	0.1263	-19.004	-7.3208	118.5713
14	2.9834	1.078	-0.227	2.0425	-0.1975	1.0321	-0.1182	-0.0042	0.1173	0.0604	0.0392	0.3446	0.039	-0.3069	0.009	0.0839	0.0274	0.0645	0.5323	0.068	0.1612	15.9519	-7.7413	-53.4227
15	3.3228	0.696	0.3116	0.341	-0.1016	1.1196	-0.2217	0.016	0.1124	0.0517	0.115	-0.1373	0.1964	0.4375	-0.0538	0.5155	0.3006	-0.2399	0.717	-0.176	0.3663	-18.3363	30.0892	-68.6193
16	0.8388	-0.9142	-0.0345	2.757	-0.3033	1.2086	0.2043	-0.8809	-0.3273	1.1192	-0.0788	0.2886	-0.103	-0.1313	-0.0168	0.7108	-0.3363	0.0516	0.7802	0.1872	0.3389	15.8703	-10.9328	54.4484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN B AND RESID 3:109 )	A	1 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN B AND RESID 3:109 )	B	3 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:109 )	C	1 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN D AND RESID 3:109 )	D	3 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN E AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN F AND RESID 3:109 )	E	1 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN E AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN F AND RESID 3:109 )	F	3 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 3:109 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:116 )	H	3 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 3:109 ) OR ( CHAIN G AND RESID 1:116 )	G	1 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN I AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN J AND RESID 3:109 )	I	1 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN I AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN J AND RESID 3:109 )	J	3 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN K AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN L AND RESID 3:109 )	K	1 - 116
12	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN K AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN L AND RESID 3:109 )	L	3 - 109
13	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN M AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN N AND RESID 3:109 )	M	1 - 116
14	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN M AND RESID 1:116 ) OR ( CHAIN N AND RESID 3:109 )	N	3 - 109
15	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN P AND RESID 3:109 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:116 )	P	3 - 109
16	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN P AND RESID 3:109 ) OR ( CHAIN O AND RESID 1:116 )	O	1 - 116
17	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN B AND RESID 113:215 )	A	117 - 228
18	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN B AND RESID 113:215 )	B	113 - 215
19	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN D AND RESID 113:215 )	C	117 - 228
20	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN D AND RESID 113:215 )	D	113 - 215
21	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN E AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN F AND RESID 113:215 )	E	117 - 228
22	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN E AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN F AND RESID 113:215 )	F	113 - 215
23	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN H AND RESID 113:215 ) OR ( CHAIN G AND RESID 117:228 )	H	113 - 215
24	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN H AND RESID 113:215 ) OR ( CHAIN G AND RESID 117:228 )	G	117 - 228
25	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN I AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN J AND RESID 113:215 )	I	117 - 228
26	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN I AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN J AND RESID 113:215 )	J	113 - 215
27	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:215 )	K	117 - 228
28	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN K AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN L AND RESID 113:215 )	L	113 - 215
29	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN M AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN N AND RESID 113:215 )	M	117 - 228
30	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN M AND RESID 117:228 ) OR ( CHAIN N AND RESID 113:215 )	N	113 - 215
31	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN P AND RESID 113:215 ) OR ( CHAIN O AND RESID 117:228 )	P	113 - 215
32	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN P AND RESID 113:215 ) OR ( CHAIN O AND RESID 117:228 )	O	117 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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