[日本語] English
万見
- PDB-4etq: Vaccinia virus D8L IMV envelope protein in complex with Fab of mu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4etq
タイトルVaccinia virus D8L IMV envelope protein in complex with Fab of murine IgG2a LA5
要素
  • (anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, ...) x 2
  • IMV membrane protein
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / variable domain / constant domain / IgG2a / IgG domain / CDR / hypervariable region / neutralizing antibody / beta sheet / carbonic anhydrase fold / loose knot / chondroitin-sulfate binding site / delta 262 / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / virion membrane / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Immunoglobulins / Roll ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Cell surface-binding protein OPG105
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Matho, M.H. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Vaccinia Virus Envelope Protein D8 and Its Recognition by the Antibody LA5.
著者: Matho, M.H. / Maybeno, M. / Benhnia, M.R. / Becker, D. / Meng, X. / Xiang, Y. / Crotty, S. / Peters, B. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2012年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, heavy chain
L: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, light chain
A: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, heavy chain
B: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, light chain
X: IMV membrane protein
C: IMV membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,82717
ポリマ－157,1056
非ポリマー72211
水8,863492
1
H: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, heavy chain
L: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, light chain
C: IMV membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8588
ポリマ－78,5533
非ポリマー3065
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, heavy chain
B: anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, light chain
X: IMV membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9699
ポリマ－78,5533
非ポリマー4176
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.021, 91.156, 103.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 XC

#3: タンパク質 IMV membrane protein / D8L IMV envelope protein


分子量: 31321.184 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
株: Acam2000 / 遺伝子: D8L, VACAC2_124, VACCL3_124, VAC_DPP17_124 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1M1K6

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, heavy chain


分子量: 23926.680 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
解説: BALB/c splenocytes fused with mouse myeloma SP2/0 cells
Cell: hybridoma / 遺伝子: IgG2a, IGHV1S127*01
#2: 抗体 anti-vaccinia D8L antigen murine monoclonal IgG2a antibody LA5, light chain


分子量: 23304.697 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
解説: BALB/c splenocytes fused with mouse myeloma SP2/0 cells
Cell: hybridoma / 遺伝子: IgG2a, IGKV4-55*01 germ line

-
非ポリマー , 5種, 503分子

#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月15日
詳細: Sample to detector distance: 185-650 mm, maximum vertical offset: 208 mm
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 77173 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 2.235 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1830.45973231.393193.2
2.18-2.263.10.39676681.43197.7
2.26-2.373.10.33878121.521199.3
2.37-2.493.10.28478071.605199.7
2.49-2.653.10.21678211.852199.4
2.65-2.853.10.15977892.204199.1
2.85-3.143.10.11478112.705198.6
3.14-3.593.10.08177383.184198.2
3.59-4.523.20.06277343.535197.4
4.52-403.20.04776702.736195.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å36.2 Å
Translation4 Å36.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1NSN AND 3JXF

1nsn

3jxf


解像度: 2.1→36.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2545 / WRfactor Rwork: 0.2046 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.808 / SU B: 13.442 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.2573 / SU Rfree: 0.2087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1533 2 %RANDOM
Rwork0.2016 ---
obs0.2026 77145 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.02 Å2 / Biso mean: 42.432 Å2 / Biso min: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10196 0 39 492 10727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1231.94714432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97351327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08424.414444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.923151674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4851535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3761.56597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.693210709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06133986
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6124.53715
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 90 -
Rwork0.268 5221 -
all-5311 -
obs--91.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9070.3672-0.30352.3955-1.14744.9262-0.1401-0.0670.11150.1050.08650.1659-0.4197-0.25230.05360.16120.1133-0.08830.1339-0.03740.1742-6.74219.458122.3345
22.21780.09490.01386.5081.9122.9263-0.00140.1166-0.2062-0.1652-0.0773-0.01140.17660.0420.07870.063-0.0259-0.03410.04020.02980.0691-4.42824.8885-11.0162
30.5623-0.6921-0.17472.9162.58413.283-0.0923-0.1262-0.04680.04860.04360.13990.1514-0.02320.04870.09450.0445-0.03520.07540.00730.10861.8329-11.056921.0054
40.8180.3047-0.49136.9825-3.80035.15840.06230.08850.0668-0.3707-0.3066-0.84660.01680.6620.24430.1190.0190.05670.18510.04090.226510.1415-1.8113-13.6779
52.99970.143-0.69893.3961-0.31253.52220.1048-0.29490.17290.1255-0.17310.1083-0.2395-0.10310.06830.0704-0.00540.03050.2125-0.040.09743.972127.781898.6338
60.86451.1325-0.9162.5229-2.1993.89470.04630.03180.1210.3520.07730.17-0.3892-0.2248-0.12350.16470.06540.01410.0531-0.0140.069913.674432.519771.1828
71.47530.1506-0.54817.57522.01691.9706-0.05190.2465-0.1635-0.33340.00680.28920.0841-0.13070.0450.0445-0.0312-0.03830.0850.01510.076818.744628.4538.3794
80.7692-0.3681-0.72733.04691.70183.59120.0295-0.0227-0.10360.06340.0034-0.0735-00.0189-0.03290.0189-0.0027-0.02860.02190.00820.051422.524412.275370.5238
90.79920.733-1.08735.1746-3.53244.28970.07180.0360.0004-0.2686-0.2463-0.4195-0.02490.42630.17450.0553-0.0020.02140.1197-0.01380.080133.222721.851436.4134
102.9688-1.12910.30335.0949-0.68865.23420.0587-0.2027-0.06220.10290.02250.598-0.2398-0.5718-0.08110.05790.05890.00710.34470.01590.1926-11.90175.696151.0756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H2 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2H120 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3L2 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4L108 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5X2 - 236
6X-RAY DIFFRACTION6A2 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7A120 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9B108 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10C3 - 235

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る