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- PDB-4esw: Crystal structure of C. albicans Thi5 H66G mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4esw
タイトルCrystal structure of C. albicans Thi5 H66G mutant
要素Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13
キーワードTRANSFERASE / Thiamin pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate synthase activity from histidine and PLP / 転移酵素 / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NMT1/THI5 family / SsuA/THI5-like / NMT1/THI5 like / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fenwick, M.K. / Huang, S. / Zhang, Y. / Lai, R. / Hazra, A. / Rajashankar, K. / Philmus, B. / Kinsland, C. / Sanders, J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Thiamin pyrimidine biosynthesis in Candida albicans : a remarkable reaction between histidine and pyridoxal phosphate.
著者: Lai, R.Y. / Huang, S. / Fenwick, M.K. / Hazra, A. / Zhang, Y. / Rajashankar, K. / Philmus, B. / Kinsland, C. / Sanders, J.M. / Ealick, S.E. / Begley, T.P.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13
B: Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6354
ポリマ－77,2502
非ポリマー3842
水14,736818
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.386, 99.474, 126.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13


分子量: 38625.164 Da / 分子数: 2 / 変異: H66G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_02199 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4YMW2
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 15% PEG 4K, 100 mM citrate, pH 5.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.9792
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.9194
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年2月11日
ADSC QUANTUM 3152CCD2012年2月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.91941
Reflection冗長度: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 22.71 / 数: 831131 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.02 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 106130 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.095099.810.0370.8768
3.254.0999.910.0531.018
2.843.2510010.0841.1218.2
2.582.8499.810.1321.1147.7
2.392.5899.910.1861.0718
2.252.3910010.2521.0598.1
2.142.2599.810.3241.0527.4
2.052.1499.910.4441.0257.8
1.972.0599.910.6630.9677.8
1.91.9798.910.980.9457.3
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 92106 / Num. obs: 92106 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.634.30.48145600.8971,299.2
1.63-1.664.30.42745450.891,299.5
1.66-1.694.20.37545810.9131,299.8
1.69-1.724.20.31545710.8891,299.8
1.72-1.764.20.27345530.8821,299.7
1.76-1.84.20.24845940.9031,299.8
1.8-1.8540.21445930.8971,299
1.85-1.93.90.17244430.9521,297
1.9-1.954.50.16345970.9861,299.8
1.95-2.024.50.1345970.921,299.8
2.02-2.094.50.10646000.9371,299.9
2.09-2.174.40.08746200.9161,299.9
2.17-2.274.30.07746350.9681,299.5
2.27-2.3940.05944660.8771,296.9
2.39-2.544.50.05246330.8811,299.2
2.54-2.744.60.04646280.9031,299.6
2.74-3.014.50.03946760.9151,299.7
3.01-3.454.10.03346090.9931,297.5
3.45-4.344.50.02647130.9371,299.1
4.34-504.20.02348920.7861,298.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→39.084 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.8995 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.83 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1906 4617 5.02 %Random
Rwork0.1622 ---
obs0.1637 92025 99.04 %-
all-92106 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.568 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 75.6 Å2 / Biso mean: 16.6677 Å2 / Biso min: 4.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5524 Å20 Å2-0 Å2
2--0.5571 Å2-0 Å2
3----0.0047 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5391 0 26 818 6235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065835
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0557938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4762209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61760.20911460.19872790293696
1.6176-1.63660.25031680.19652856302499
1.6366-1.65660.2491580.20362890304899
1.6566-1.67750.21941660.188829103076100
1.6775-1.69960.21931490.185929063055100
1.6996-1.72290.22251720.175928443016100
1.7229-1.74750.22931560.171829303086100
1.7475-1.77360.19851440.168229113055100
1.7736-1.80130.20231410.166728883029100
1.8013-1.83080.20751720.16842880305299
1.8308-1.86240.20311440.16052877302197
1.8624-1.89630.17881430.15132833297698
1.8963-1.93270.21541340.157129323066100
1.9327-1.97220.19521400.156729273067100
1.9722-2.01510.18791440.16329153059100
2.0151-2.06190.2131420.160129263068100
2.0619-2.11350.16071560.155629203076100
2.1135-2.17060.19611480.153129303078100
2.1706-2.23450.17931480.154229363084100
2.2345-2.30660.18241370.15362956309399
2.3066-2.38910.20021670.15322771293896
2.3891-2.48470.19291530.15092922307599
2.4847-2.59780.19141550.162629373092100
2.5978-2.73470.20671590.17229373096100
2.7347-2.9060.18391640.171129513115100
2.906-3.13030.18031640.172429563120100
3.1303-3.44510.20411440.16362905304997
3.4451-3.94320.16221600.14562966312699
3.9432-4.96640.14421700.133930113181100
4.9664-39.09550.21191730.18953095326898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8879-0.0903-0.13630.4174-0.13750.5220.0344-0.0129-0.01430.03130.00020.0236-0.0184-0.0358-0.02490.0551-0.0043-0.00540.0389-0.00420.048625.754833.3627.8069
21.02060.1629-0.12840.8159-0.0420.51910.0097-0.0455-0.11190.0238-0.0135-0.07580.02220.03560.00110.04750.0076-0.01120.0440.0040.053637.642726.809929.1314
31.49790.5981-0.63861.6902-0.5552.07060.022-0.328-0.09490.369-0.006-0.01160.1965-0.0658-0.02070.24420.0106-0.01040.24890.0060.045135.275331.583546.3761
40.8081-0.19560.06731.1526-0.05621.1377-0.01240.0917-0.0906-0.05020.0391-0.00840.03180.0288-0.010.0394-0.00090.00350.045-0.01020.036430.778438.07124.4673
51.3056-0.2464-0.29021.10470.11870.74570.05660.12230.078-0.0622-0.0439-0.0266-0.12140.0280.00810.0606-0.02350.00960.04140.00260.0648.857357.02036.3797
60.80760.0775-0.32480.6159-0.01370.67750.01090.17910.0152-0.08330.02910.0273-0.0568-0.0863-0.03250.04790.0003-0.00150.0780.00080.033930.000246.9618-1.9536
73.93970.6138-0.62853.1245-0.21523.52440.00410.40420.333-0.37180.1148-0.1325-0.67710.0147-0.10410.2736-0.01180.02460.14820.05290.207231.528365.4668-2.0667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -2:207)A-2 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 208:308)A208 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 309:339)A309 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid -2:85)B-2 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 86:199)B86 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 200:309)B200 - 309
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 310:339)B310 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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