PDB-4esx: Crystal structure of C. albicans Thi5 complexed with PLP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4esx

タイトル

Crystal structure of C. albicans Thi5 complexed with PLP

要素

Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13

キーワード

TRANSFERASE / Thiamin pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate synthase activity from histidine and PLP / 転移酵素 / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Huang, S. / Fenwick, M.K. / Zhang, Y. / Lai, R. / Hazra, A. / Rajashankar, K. / Philmus, B. / Kinsland, C. / Sanders, J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Thiamin pyrimidine biosynthesis in Candida albicans : a remarkable reaction between histidine and pyridoxal phosphate.
著者: Lai, R.Y. / Huang, S. / Fenwick, M.K. / Hazra, A. / Zhang, Y. / Rajashankar, K. / Philmus, B. / Kinsland, C. / Sanders, J.M. / Ealick, S.E. / Begley, T.P.

履歴

登録	2012年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2017年5月10日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4esx.cif.gz	263.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4esx.ent.gz	212.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4esx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4esx_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4esx_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	4esx_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	4esx_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eswC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vb8-2 1pxt-d 1afw-d 4h65-d 4gp4-d 4fa7-d 4g71-d 5w2p-1 4g72-d 1j3n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13

B: Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.157, 100.458, 126.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pyrimidine biosynthesis enzyme THI13 分子量: 38934.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_02199 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4YMW2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride, pH 5.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 36139 / Num. obs: 36139 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.24	5	0.69	1781	0.822	1	99.8
2.24-2.28	4.9	0.604	1775	0.85	1	99.4
2.28-2.32	4.5	0.586	1781	0.84	1	98.9
2.32-2.37	5.3	0.489	1795	0.833	1	99.9
2.37-2.42	5.3	0.446	1788	0.832	1	99.3
2.42-2.48	5.3	0.399	1802	0.86	1	99.9
2.48-2.54	5.2	0.347	1796	0.864	1	99.4
2.54-2.61	5.2	0.317	1802	0.855	1	99.8
2.61-2.69	5.1	0.28	1771	0.869	1	99.3
2.69-2.77	4.8	0.234	1812	0.886	1	99.3
2.77-2.87	4.7	0.194	1800	0.914	1	99
2.87-2.99	5.3	0.168	1789	0.912	1	99.4
2.99-3.12	5.3	0.136	1799	0.967	1	98.7
3.12-3.29	5.2	0.114	1806	0.972	1	99
3.29-3.49	5.1	0.086	1824	1.008	1	98.8
3.49-3.76	4.6	0.065	1797	1.064	1	98.8
3.76-4.14	5.4	0.056	1824	1.109	1	98.8
4.14-4.74	5.2	0.048	1830	1.123	1	97.7
4.74-5.97	4.8	0.046	1842	0.91	1	97.7
5.97-50	4.9	0.037	1925	0.881	1	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: The H66G mutant structure determined at 1.6 angstrom

解像度: 2.2→48.349 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8304 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2275	1847	5.13 %	Random
R_work	0.1709	-	-	-
obs	0.1738	36004	98.94 %	-
all	-	36139	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.305 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.68 Å² / B_iso mean: 34.4569 Å² / B_iso min: 14.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.4567 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.4661 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.9228 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.349 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4921	0	0	318	5239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	6839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	879
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.251	1863

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.2595	0.2865	146	0.2034	2593	2739	100
2.2595-2.326	0.307	132	0.211	2578	2710	99
2.326-2.4011	0.2778	147	0.2025	2635	2782	100
2.4011-2.4869	0.2507	142	0.1896	2601	2743	100
2.4869-2.5865	0.2597	126	0.1931	2611	2737	100
2.5865-2.7042	0.2918	144	0.1923	2631	2775	100
2.7042-2.8467	0.2958	140	0.181	2603	2743	99
2.8467-3.0251	0.2151	150	0.1711	2610	2760	99
3.0251-3.2586	0.2472	146	0.173	2623	2769	99
3.2586-3.5864	0.2243	124	0.1656	2652	2776	99
3.5864-4.1052	0.2038	146	0.1501	2628	2774	99
4.1052-5.1711	0.1741	148	0.1309	2648	2796	98
5.1711-48.3604	0.2044	156	0.1874	2744	2900	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0001	-0.0004	0.0052	-0.0001	0.0028	0.1019	-0.2369	0.3523	-0.4563	-1.0458	0.1252	0.2521	0.5664	-0.4429	0.0017	0.6116	0.0014	0.0297	0.5165	-0.1216	0.3743	44.3893	26.875	-0.5265
2	0.8414	-0.178	0.5946	0.8779	-0.3914	1.5477	0.0048	0.094	-0.2127	-0.084	-0.0072	-0.0487	0.0419	0.0492	0.0001	0.2037	0.0176	0.002	0.1876	-0.011	0.2284	34.5617	29.1651	20.038
3	2.1618	0.6494	-0.5218	1.7754	0.2263	2.391	0.1892	-0.3098	0.0243	0.2061	0.0182	0.105	-0.0341	-0.1326	0.0026	0.2036	0.0075	0.0187	0.2263	0.0151	0.1872	15.9258	38.1237	33.7972
4	0.929	0.299	0.0657	0.1311	0.154	0.5111	0.3787	-0.9246	0.1424	0.3915	-0.4329	-0.461	-0.2098	0.1039	0.0268	0.4198	-0.107	0.0175	0.461	-0.1293	0.4037	20.9114	39.5003	41.6033
5	1.6585	0.6385	0.0584	2.0897	0.5607	1.3661	0.0678	-0.1903	-0.3331	0.1609	-0.0838	-0.0101	0.0265	0.1186	0.0003	0.2265	0.0154	-0.0305	0.2254	0.0242	0.2538	40.39	32.6723	27.5932
6	0.7718	-0.268	-0.1718	0.588	0.0172	0.8555	0.0635	-0.4609	-0.7878	0.1527	-0.0871	-0.1115	0.0808	-0.006	0.0014	0.3144	0.0106	-0.0423	0.2703	0.1103	0.4471	29.5537	16.8702	30.919
7	1.6149	-0.2473	0.0871	1.3197	0.0288	1.8985	-0.072	0.0982	-0.2106	-0.0622	0.1048	0.0394	0.0302	-0.0017	-0.0001	0.2067	0.002	0.0064	0.2107	-0.0332	0.198	30.7816	38.328	4.487
8	1.7428	-0.2611	-0.6234	1.6745	0.0795	1.0139	0.0788	0.2389	0.2293	-0.1179	-0.0573	-0.1251	-0.1401	0.097	0.0001	0.2702	-0.0197	0.0123	0.259	0.0122	0.2503	50.4523	55.7216	6.6204
9	0.8512	-0.2554	0.3205	0.9753	-0.2318	0.1409	0.2057	0.3892	-0.0184	-0.299	-0.077	0.0975	-0.0716	-0.2004	0.0007	0.4291	0.0121	0.0372	0.3034	-0.044	0.3884	44.8456	64.2381	6.7452
10	0.9034	-0.7857	-0.0279	0.7952	-0.0587	1.7552	-0.1515	0.3033	-0.1462	-0.3671	0.3508	-0.0784	-0.0628	0.1026	0.0013	0.2326	-0.0473	0.0167	0.3561	-0.1109	0.2365	28.4984	39.1621	-3.6265
11	0.5566	0.2092	-0.4244	0.3997	-0.026	0.3781	0.0312	0.0187	0.4576	0.0216	-0.0602	0.2136	-0.2135	-0.1603	-0.0008	0.2925	0.0462	0.02	0.2413	0.0013	0.2671	23.3845	54.5717	10.5236
12	0.81	0.0004	-0.6534	0.6661	-0.3663	0.8849	-0.0041	0.6604	0.3006	-0.2703	0.1219	-0.158	-0.0346	-0.0628	0	0.3271	0.0016	-0.0134	0.4378	-0.0363	0.236	35.33	45.8168	-10.5714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -2:5)	A	-2 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 6:84)	A	6 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 85:173)	A	85 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 174:194)	A	174 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 195:266)	A	195 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 267:307)	A	267 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid -1:84)	B	-1 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 85:171)	B	85 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 172:193)	B	172 - 193
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 194:224)	B	194 - 224
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 225:263)	B	225 - 263
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 264:307)	B	264 - 307

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)